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メーカー：	Horizon社Dharmacon製品 OriGene Technologies TransOMIC Technologies
	Horizon社Dharmacon製品(メーカー略称：DHA)のRNAiコレクション，cDNAコレクション，Yeastコレクションなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら OriGene Technologies社(メーカー略称：ORI)のTrueClone / TrueORF / TrueORF Gold cDNAクローンなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら TransOMIC Technologies社(メーカー略称：TOT)のRNAiコレクション，cDNAコレクション，Yeastコレクションなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら
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活発に翻訳されているすべてのORFを研究するためのオールインワンキット AHARIBO TRANSLATOME RNAseq（Immagina BioTechnology 社）

掲載日情報：2023/02/08 現在Webページ番号：70481

イマジナバイオテクノロジー /
Immagina BioTechnology S.R.L.
[メーカー略称：IBT]

"The ribosome company"を標榜するImmagina Biotechnology社は、オールインワンプロトコール（細胞の溶解～RNAの精製～トランスラトームライブラリー作製）でトランスラトーム解析（translatomic analysis）を行うための革新的なキットAHARIBO Translatome Total RNAseqをリリースしました。従来の解析法は、ポリソームプロファイリングやアフィニティ精製手法に基づく、手間のかかるプロトコルとmRNA／タンパク質レベルの相関が比較的低いという難点がありますが、同社は“AHARIBO（AHA-mediated RIBOsome isolation）”テクノロジーでこれらの障壁を克服しました。

※ Immagina BioTechnology社のAHARIBOテクノロジーの詳細についてはこちらをご覧下さい。

※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。

特長
ワークフローの概要
アプリケーション
キット内容
使用例
価格

特長

1つのキットでまかなえる簡単なオールインワンプロトコールで、さまざまな細胞の溶解～RNAの精製～トランスラトームライブラリー作製まで行うことができ、そのままシークエンシングが行えます。
Illumina社シークエンサー互換の堅牢なライブラリーを効率的に作製できます。
ライブラリーには、より正確なシークエンシングのためのUMI（Unique Molecular Identifier）とデュアルインデックス（Unique Dual Index）が含まれており、シングルリードおよびペアエンドシークエンスに対応しています。
細胞数50,000（少なくとも1 μgの全RNAに相当）から開始できます。
断片化のないプロトコルで、開始点および終了点を含む完全な転写産物を得ることができます。
活性型リボソームと完全長翻訳RNAを並行して単離するためのモジュール、リボソームRNAを除去するためのモジュール、UDIプレートを含むIllumina社シークエンサー互換のNGSライブラリー調製用モジュール、qPCRによる最適なPCRサイクル数を決定するためのモジュールが含まれています。
操作時間は7.5時間以内です。

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ワークフローの概要

ワークフローを略図化したもの

AHARIBO Translatome RNAseqのワークフローとその原理
AHARIBO Translatome RNAseq の原理は、Ribo-MINATI（Minimally Invasive Non-canonical Amino acid Tagging and Isolation of Ribosomes）技術によります。すなわち、細胞にメチオニンのアナログとしてAHA（L-Azidohomoalanine）を添加して新生ペプチド鎖を標識し、翻訳阻害物質sBlock処理により新生ペプチドをリボソーム上に安定化させます。次に、活性型リボソームとそのインタラクトームは、新生鎖に含まれるアジド基とクリック反応で結合する磁気ビーズ（sBeads）によって精製され、その後活性型リボソームに関連するRNAを、AHAタグを利用してプルダウンし、キット中のライブラリー調製モジュールでIllumina社シークエンサー互換のNGSライブラリーの調製を行います。 AHARIBO Ribo-MINATIの説明

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アプリケーション

極微量の試料に対応し、超遠心機やフラクショネーターなどの高価な実験装置を必要としない簡単なワークフローと優れたRNAseqライブラリー調製システムを組み合わせることで、AHARIBO Translatome RNAseqキットは、多くのアプリケーション分野で汎用性の高いツールとなります。本キットは、以下のような細胞培養ベースの幅広いアプリケーションに適しています。

翻訳効率の網羅的な解析
代替スプライスバリアントの研究
アノテーションが不十分な ncRNA の翻訳イベント
基礎研究、臨床研究、創薬・バイオマーカー探索、バイオリアクターでの組換えタンパク質発現の最適化・品質管理などの応用研究分野において、幅広く活用できるツール。
本キットとAHARIBOモジュール（#M-AHA003-P, #M-AHA003-W）との組み合わせにより、トランスラトーム、de novoプロテオーム、リボソーム組成などの様々なプロテオゲノミクスパラメータの測定、翻訳機構の複雑性の探索に応用可能。

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キット内容

1. Pull-down of active ribosomes and full-length translated RNAs

AHA
Lysis buffer
L-Leucine（LL）
sBlock
W-buffer（WB）
sBeads（sB）
Washing solution（WSS）
Ligand（G）
Positive Control Pellet（+CP）

2. rRNA depletion and purification

Hybridization solution (HS)
rRNA depletion probes (rRDP)
Depletion beads (rB)
Depletion solution (DS)
Purification beads (PB)
Purification solution (PS)
Elution buffer 1 (EB1)

3. NGS Library Preparation

Purification beads (PB)
Purification solution (PS)
Elution buffer 1 (EB1)
RT mix (RTM)
RT primer (RTP)
RT enzyme (eRT)
Ligation Mix (LM)
DTT (DTT)
Linker PM (PM)
Ligase (eL)
Bead buffer (BB)
PCR mix (mPCR)
PCR enzyme (ePCR)
Elution buffer 2 (EB2)
qPCR mix (qPCR)
P7 primer (P7)
UDI set B1

4. UDIs plate

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使用例

再現性の検証

AHARIBO Translatome RNAseqは、全ての反復実験間で優れた再現性と相関性を示した。

AHARIBO Translatome RNAseqは、より正確にタンパク質レベルを予測できる。

グローバルな遺伝子発現変化を誘導する処理を行った条件下で本法を実施し、実際のプロテオームとの類似性を確認した。図に示した3種のターゲットについて、total RNAseqとAHARIBO Translatome RNAseqで得られたFold Change（WT vs Treated）の比較を図Aに示す。予想通り、図Bのウェスタンブロット解析により、AHARIBO Translatome RNAseqはtotal RNAseqと比較してタンパク質レベルを予測する能力が高いことが明らかになった。