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メーカー：	Horizon社Dharmacon製品 OriGene Technologies TransOMIC Technologies
	Horizon社Dharmacon製品(メーカー略称：DHA)のRNAiコレクション，cDNAコレクション，Yeastコレクションなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら OriGene Technologies社(メーカー略称：ORI)のTrueClone / TrueORF / TrueORF Gold cDNAクローンなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら TransOMIC Technologies社(メーカー略称：TOT)のRNAiコレクション，cDNAコレクション，Yeastコレクションなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら
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HOME> 受託サービス・特注品> ゲノミクス・エピジェネティクス> DNAシークエンシング> eSHAPE RNA 二次構造解析受託サービス

RNA二次構造をハイスループットに予測できます eSHAPE RNA 二次構造解析受託サービス

掲載日情報：2023/12/26 現在Webページ番号：70225

エクリプスバイオイノベーションズ /
Eclipse BioInnovations, Inc.
[メーカー略称：ECB]

Selective 2'-Hydroxyl Acylation analyzed by Primer Extension（SHAPE）法によって、in vitro転写されたRNAの二次構造の解析を行う受託サービスです。

SHAPE法とは
特長
解析内容
解析例
参考資料
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ご注文方法／価格

SHAPE法とは

RNAは分子中で相補的な塩基同士で結合してループを形成する、あるいは一本鎖のままの部分もあるというように複雑な二次構造をとり、その構造はRNAの機能にとって重要であると考えられています。

SHAPE（SHAPE-MaP、Selective 2'-Hydroxyl Acylation analyzed by Primer Extension and Mutational Profiling）法は、RNA二次構造の柔軟性を1塩基レベルの解像度で測定する手法です。この手法では、2-Methylnicotinic acid imidazolide（NAI）と標的RNAを反応させた後に、逆転写によって合成したcDNA配列をシークエンシングします。

図をクリックすると拡大します（🔍）

NAIはRNAに含まれる各塩基の2'-OH基と反応し付加体を形成する性質を持ち、RNA鎖の構造が緩んでいる（塩基対を形成せず、ループ構造または一本鎖となっている）部分においては一部の塩基がNAIと反応します。一方で、RNA二次構造中で塩基対を形成している部分には反応しません。NAIと反応した塩基には逆転写によって変異が誘発されるため、cDNAにおける変異の発生率をコントロール処理と比較することで、RNA二次構造中で塩基対を形成している部位を1塩基レベルで同定することができます。
SHAPE法は、NMRや結晶構造解析などの手法と比較すると、よりハイスループットな解析が可能で、かつ予測アルゴリズムよりも高い精度での構造同定が可能です。

動画 Interrogating RNA Structure and Translation Dynamics with SHAPE and Ribosome Profiling

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特長

1塩基レベルの解像度でRNA二次構造中の塩基対形成、非形成を予測できます。
最小限のシークエンス深度で10,000×を超える、極めて深いRNAカバレッジが得られます。
高い精度と再現性が得られます。

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解析内容

解析の概要

本サービスでは、1 μg以上のin vitro転写RNAをご提供いただき、下記の手順で解析を行います。

RNAを熱変性し、in vitroでリフォールディングさせる。
NAIまたはDMSO（ネガティブコントロール）で処理し、クリーンアップ処理する。
アダプター配列を付加し、逆転写によってcDNAを合成する。
合成したcDNAにさらにアダプター配列を付加する。
PCRで増幅し、ライブラリーを調製する。
調製したライブラリーをシークエンシングする。NAI処理試料とDMSO処理試料の間でシークエンシング結果を比較し、標的RNAの各ポジションにおける変異の発生率をプロットする。

納品データ

解析後、下記のデータを納品いたします。

データの種類	フォーマット	概要
シークエンス生データ	FASTQ	シークエンサーから直接読み込んで、試料ごとに単離したデータです。
RNAアラインメントデータ	BAM	下流の追加解析のためにPCR duplicateを除去し、目的のRNAにアラインメントされたリードです。
変異の発生率	TSV	NAI処理した試料とDMSO処理（コントロール処理）した試料のRNA塩基ごとの変異の発生率のデータです。
eSHAPE反応性	BEDGRAPH SHAPE	1,000倍超のカバレッジが得られた目的RNAの各位置におけるIQR正規化済み反応性スコアです。IGVのようなゲノムビューアで可視化する、またはフォールディング予測をガイドするためのRNA構造解析への入力データとして使用するといった用途向けになります。
eSHAPEサマリーレポート	HTML	eSHAPE解析の結果をインタラクティブな表とプロットでまとめたレポートです。目的RNAのQC metrics、カバレッジ、変異の発生率、反応性データが含まれます。
反応性比較レポート	HTML	複数の条件またはRNAを比較した場合の反応性差のレポートです。インタラクティブなプロットと、有意差がみられる部位をp値とともに示した結果表を含みます。