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CRISPR-Cas9スクリーニングライブラリー Dharmacon CRISPR-Cas9 Screening Library

掲載日情報:2020/05/12 現在Webページ番号:68927

guide RNAによるゲノム編集ツール CRISPR-Cas9特集

プール化(pooled)sgRNAまたはアレイ化(arrayed)crRNAによってハイスループットゲノム編集実験が可能となります。
機能喪失スクリーニングは、遺伝子機能および相互作用を発見するための強力な前向き遺伝的アプローチです。

多数のターゲット遺伝子に対応した多種類のsgRNA発現用レンチウイルス粒子を混合したプール化sgRNAライブラリーは、DNAレベルで数百、数千の遺伝子をノックアウトする機能喪失スクリーニングを、NGSを用いることによって大規模なインフラを必要とせずに簡素化できます。

本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。
Dharmacon製品(メーカー略称:DHA)につきまして、2023年4月1日より製品ご注文時にHandling Fee(手数料)を本体価格とは別にご請求させていただきます。詳細は「Handling Feeについてのご案内」をご確認下さい。
Horizon|Dharmacon製品をご注文いただくには、事前にユーザー登録が必要です。ご注文方法の詳細はこちらをご覧下さい。

導入事例

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選択ガイド

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ライブラリー 化学合成sgRNA
(デザイン済み)
化学合成crRNA
(デザイン済み)
レンチウイルスsgRNA
(デザイン済み)
品名 Edit-R synthetic sgRNA Library
Cherry-Pick synthetic sgRNA Library
Cherry-Pick CRISPR (knockout) crRNA Library Edit-R Pooled Lentiviral sgRNA Library
種類 アレイ化、カスタム(Cherry-pick) カスタム(Cherry-pick) プール化
動物種 ヒト ヒト、マウス ヒト、マウス
形態 96または384ウェルプレートに分注した凍結乾燥品 数百~数千のターゲット遺伝子に対するsgRNA発現用レンチウイルス粒子の混合物を、マイクロチューブに分注した製品
フォーマット Pool:1遺伝子あたり配列デザインが異なる3種類のsgRNAの混合物を1ウェルに分注
Individual:1遺伝子につき1~3配列から選択、1配列ごとに分注(Cherry-Pickのみ)
Pool:1遺伝子あたり配列デザインが異なる4種類のcrRNAの混合物を1ウェルに分注
Individual:1遺伝子につき1~5配列から選択、1配列ごとに分注(Cherry-Pickのみ)
遺伝子あたり5~10個のsgRNA発現用レンチウイルス粒子を混合
細胞への導入方法 ・トランスフェクション試薬
・エレクトロポレーション法
・レンチウイルスで導入
アッセイ方法 1遺伝子1ウェルのレイアウトのため、さまざまな表現型を解析可能(表現型の観察に充分なゲノム編集効率を得る必要あり)
・High Content Analysis、レポーターアッセイ、酵素活性解析など
sgRNAを保有する細胞のポピュレーション変化を測定
・細胞死または生存率の測定
・セルソーターによって選択可能(蛍光または細胞表面マーカーの発現が必要)
スクリーニング実施時間 遺伝子数に応じてスケールアップ 相対的に短時間、少数の培養器で実験可能
データ解析 表現型を1遺伝子1ウェルで直接解析可能 次世代シークエンスデータの解析が必要

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特長

■豊富な組み合わせ済みライブラリーとカスタムライブラリー

遺伝子ファミリー全体、Druggable、または生物学的パスウェイ研究用の組み合わせ済みライブラリーをご用意しています。カスタムライブラリーはCherry-Pick Library Toolで遺伝子名やリストをアップロードすることにより簡単にライブラリーを作製し、オーダーすることができます。

■遺伝子ノックアウト効率と特異性の高いCRISPR-Cas9ライブラリー

アレイ化およびプール化ライブラリーはいずれも、Horizonのアルゴリズム(Edit-R algorithm)による遺伝子ノックアウト効率と特異性の高いデザイン済みガイドRNAでライブラリー化されています。


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Edit-R Synthetic sgRNA(化学合成sgRNA)ライブラリー

(クリックで開閉します)
  • シングルガイドフォーマットで、複雑でゲノム編集が難しい細胞タイプに適しています。
  • デザインアルゴリズムは、タンパク質の機能的なノックアウトの可能性を最大化すると同時に、厳密な特異性チェックによりオフターゲット編集を最小限に抑えます。ヌクレアーゼ耐性を改善するために化学修飾がされています。
  • 信頼性の高い表現型解析のために、遺伝子ごとに3つのユニークなsgRNAデザインがプールされています。
  • 遺伝子ファミリーコレクションが、96または384ウェルプレートで提供されます。
  • 包装容量は0.1、0.25、0.5、1.0 nmolから選択可能です。
  • 製品形態は凍結乾燥品です。

品名をクリックするとHorizon Discovery社のご注文WEBサイトをご覧いただけます。

Edit-R Synthetic sgRNA Library
Human sgRNA Libraries 遺伝子数*1 0.1 nmol library 0.25 nmol library 0.5 nmol library 1.0 nmol library
Whole Genome 19,037 GA-005000-01 GA-005000-025 GA-005000-05 GA-005000-10
Druggable Genome*2 8,340 GA-004600-01 GA-004600-025 GA-004600-05 GA-004600-10
GPCR 390 GA-003600-01 GA-003600-025 GA-003600-05 GA-003600-10
Ion Channel 417 GA-003800-01 GA-003800-025 GA-003800-05 GA-003800-10
Phosphatase 256 GA-003700-01 GA-003700-025 GA-003700-05 GA-003700-10
Protease 527 GA-005100-01 GA-005100-025 GA-005100-05 GA-005100-10
Protein Kinase 746 GA-003500-01 GA-003500-025 GA-003500-05 GA-003500-10
Ubiquitin Enzyme 738 GA-006200-01 GA-006200-025 GA-006200-05 GA-006200-10
Transcription Factor 1,580 GA-005800-01 GA-005800-025 GA-005800-05 GA-005800-10
Drug Target 3,686 GA-004650-01 GA-004650-025 GA-004650-05 GA-004650-10

*1 参照するデータベースにより予告なく変更になる場合があります。
*2 Protease、Protein Kinase、Phosphatase、Transcription Factor、Ubiquitin Enzyme、GPCR、Ion Channel、Drug Target各ライブラリーをセットとした製品です。



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Cherry-Pick Synthetic sgRNA(化学合成sgRNA)ライブラリー

(クリックで開閉します)

Cherry-pickライブラリーは、お客様が選択した遺伝子に対するデザイン済みEdit-R Synthetic sgRNA(化学合成sgRNA)を、96あるいは384ウェルプレートに分注してお届けするサービスです。

  • Cherry-pick library toolは、お客様独自の実験ニーズに合わせてフレキシブルにライブラリーを構築し、プレートレイアウトをカスタマイズできます。
  • ご希望のウェルにコントロールを追加できます。
  • 遺伝子あたり3種類のデザイン済みSynthetic sgRNAを混合したPoolフォーマットと、1配列ごとに分注したIndividualフォーマットがあります。Individualフォーマットは1遺伝子につき1~3配列から選択できます。
  • 最低注文数:20ウェル分の製品(96ウェルプレートの場合)、40ウェル分の製品(384ウェルプレートの場合)
  • 製品形態は凍結乾燥品です。

品名をクリックするとHorizon Discovery社のご注文WEBサイトをご覧いただけます。

Cherry-Pick Synthetic sgRNA(化学合成sgRNA)ライブラリー
品名 動物種 包装
Pool: Edit-R synthetic sgRNA Cherry-pick Library
(3配列の混合物/ウェル)
Human 0.1、0.25、0.5、1.0、2.0 nmol
(1 poolあたり)
Individual: Edit-R synthetic sgRNA Cherry-pick Library
(1配列/ウェル)
0.1、0.25、0.5、1.0、2.0 nmol
(1配列あたり)


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Cherry-Pick CRISPR (knockout) crRNA(化学合成crRNA)ライブラリー

(クリックで開閉します)

Cherry-pickライブラリーは、お客様が選択した遺伝子に対するデザイン済みEdit-R CRISPR (knockout) crRNAを、96あるいは384ウェルプレートに分注してお届けするサービスです。

  • Cherry-pick library toolは、お客様独自の実験ニーズに合わせてフレキシブルにライブラリーを構築し、プレートレイアウトをカスタマイズできます。
  • ご希望のウェルにコントロールを追加できます。
  • 遺伝子あたり4種類のデザイン済みcrRNAを混合したPoolフォーマットと、1配列ごとに分注したIndividualフォーマットがあります。Individualフォーマットは1遺伝子につき1~5配列から選択できます。
  • 最低注文数:20ウェル分の製品(96ウェルプレートの場合)、40ウェル分の製品(384ウェルプレートの場合)
  • 製品形態は凍結乾燥品です。

品名をクリックするとHorizon Discovery社のご注文WEBサイトをご覧いただけます。

Cherry-Pick CRISPR (knockout) crRNA(化学合成crRNA)ライブラリー
品名 動物種 包装
Pool: Edit-R CRISPR (knockout) crRNA Cherry-pick Library
(4配列の混合物/ウェル)
Human、Mouse 0.1、0.25、0.5、1.0、2.0 nmol
(1 poolあたり)
Individual: Edit-R CRISPR (knockout) crRNA Cherry-pick Library
(1配列/ウェル)
0.1、0.25、0.5、1.0、2.0 nmol
(1配列あたり)


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Edit-R Pooled Lentiviral sgRNA (レンチウイルスsgRNA)ライブラリー

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Edit-R algorithmによる遺伝子ノックアウト効率と特異性の高いデザイン済みEdit-R CRISPR (knockout) Lentiviral sgRNAから選択されています。多数のターゲット遺伝子に対応した多種類のsgRNA発現用レンチウイルス粒子を混合したプール化sgRNAライブラリーは、DNAレベルで数百、数千の遺伝子をノックアウトする機能喪失スクリーニングを、NGSを用いることによって大規模なインフラを必要とせずに簡素化することができます。

  • ヒト、マウスの各ゲノムにわたる遺伝子あたり5~10のsgRNAを幅広く網羅し、ヒットの信頼性と包括的なゲノムスクリーニングを向上します。
  • 使用する細胞に最適なEdit-RレンチウイルスCas9ヌクレアーゼ試薬と組み合わせて使用します。
  • 製品形態はレンチウイルス粒子です。
  • Illumina社の次世代シークエンサーのみに対応しています。

■納品物

  • 分注済みの5×108 TU/ml(±20%)のレンチウイルス粒子
    包装形態:ヒト:10×100 μl(合計1,000 μl)
         マウス:8×25 μl(合計200 μl、5,000コンストラクト以下の場合)または16×25 μl(合計400 μl、5,000コンストラクト以上の場合)
  • NCBI参照配列データベースの遺伝子を標的とする遺伝子あたり5~10個のsgRNA
  • ヒト、マウスのゲノム中のいかなる遺伝子もターゲットとしないことが生物情報学的に確認された100個のnon-targeting sgRNAネガティブコントロール。
  • 最大34のタンパク質をコードする遺伝子(1遺伝子あたり10 sgRNA)を標的とする、最大340の遺伝子特異的sgRNAポジティブコントロール。共通のリファレンス遺伝子(ACTB、GAPDH、LAMB1、およびPPIB)を含みます。
  • 遺伝子アノテーション、sgRNAターゲット配列、コントロールのリストなどのライブラリー情報を含むデータファイル

■検証済みのプロトコルのために推奨される必要な試薬

  • 形質導入最適化のためのベクター対応Edit-R Lentiviral sgRNA Non-targeting Control
  • それぞれ12種類のユニークなインデックスプライマーを含み、以下のために最適化されているEdit-R Pooled sgRNA Indexing PCR and Sequencing Primer Kit A/B
    • ゲノムDNAを鋳型としたsgRNA配列のPCR増幅。
    • ヒット識別のためのIlluminaフローセルを用いるハイスループット&マルチプレックス次世代DNAシークエンス。

品名をクリックするとHorizon Discovery社のご注文WEBサイトをご覧いただけます。

ヒト

Edit-R Pooled Lentiviral sgRNA Library
品名 ヒト
遺伝子数*3
商品コード
Whole Genome18,890下記参照
Druggable Genome6,411VSGH12650
GPCR470VSGH12644
Ion Channel581VSGH12646
Protein Kinase1,139VSGH12643
Phosphatase282VSGH12645
Protease689VSGH12647
Ubiquitin Conjugation564VSGH12648
Apoptosis**VSGH12664
Cell Cycle Regulation**VSGH12661
De-ubiquitinating Enzyme**VSGH12659
Membrane Trafficking**VSGH12657
DNA Damage Response**VSGH12652
Epigenetics**VSGH12653
Nuclear Receptor**VSGH12663
Cytokine Receptor**VSGH12655
Serine Protease**VSGH12658
Tyrosine Kinase**VSGH12662

マウス

Edit-R Pooled Lentiviral sgRNA Library
品名 マウス
遺伝子数*3
商品コード
Whole Genome19,683VSGM11135
Druggable Genome9,827VSGM11134
GPCR498VSGM11128
Ion Channel340VSGM11130
Protein Kinase708VSGM11127
Phosphatase269VSGM11129
Protease533VSGM11131
Apoptosis**VSGM11148
Cell Cycle Regulation**VSGM11145
De-ubiquitinating Enzyme**VSGM11143
Membrane Trafficking**VSGM11141
Epigenetics**VSGM11137
Nuclear Receptor**VSGM11147
Cytokine Receptor**VSGM11139
Serine Protease**VSGM11142
Tyrosine Kinase**VSGM11146

*3 参照するデータベースにより予告なく変更になる場合があります。
表中「**」で示したライブラリーの遺伝子数については当社Dharmacon製品担当までお問い合わせ下さい。

Human Whole Genome Lentiviral Library

Human Whole Genome Lentiviral Libraryは、他の製品と同様のsgRNA発現用レンチウイルス粒子の他に、sgRNAとCas9を1つのコンストラクトから発現するAll-in-oneタイプもあります。

■ All-in-oneタイプ
1つのコンストラクトからsgRNAとCas9を発現するため、Cas9安定発現細胞株の樹立が不要です。Cas9発現のプロモーターがmCMVの製品とhEF1αの製品があります。

品名 デザイン数 包装 商品コード
Edit-R Human All-in-one Lentiviral sgRNA mCMV
- Whole Genome Pooled Library (1 ml)
4 designs 10×100 μl
(2×107 TU/ml)
VSGH12463
8 designs VSGH12465
Edit-R Human All-in-one Lentiviral sgRNA hEF1α
- Whole Genome Pooled Library (1 ml)
4 designs 10×100 μl
(2×107 TU/ml)
VSGH12464
8 designs VSGH12466

■ sgRNA発現タイプ
他の製品と同様にsgRNAを発現します。別途必要な試薬についてはこちらをご覧下さい。

品名 デザイン数 包装 商品コード
Edit-R Human Lentiviral sgRNA
Whole Genome Pooled Library
4 designs 10×100 μl
(5×108 TU/ml)
VSGH12600
8 designs VSGH12601

Indexing PCR and Sequencing Primer(別売品)

品名をクリックするとHorizon Discovery社のご注文WEBサイトを、商品コードをクリックすると価格表をご覧いただけます。

品名 商品コード
Edit-R Pooled sgRNA Indexing PCR and Sequencing Primer Kit A PRM10184
Edit-R Pooled sgRNA Indexing PCR and Sequencing Primer Kit B PRM10185


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メーカー動画

What is a pooled vs arrayed screen?



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製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
表示価格に、消費税等は含まれていません。一部価格が予告なく変更される場合がありますので、あらかじめご了承下さい。