オープンクロマチン領域のNGS解析による遺伝子スイッチ解析 ATAC-seq受託サービス
掲載日情報：2021/01/27 現在Webページ番号：68189
ご提供いただいた動物細胞試料からATAC-seq解析を行う受託サービスです。エピジェネティックな遺伝子制御に関与することが多いゲノム中のオープンクロマチン領域について、NGS（次世代シークエンシング）解析を行います。
※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。
追加しました。
ATAC-seqとは
ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with sequencing）は、ゲノム中のヌクレオソームや転写因子が結合していない領域であるオープンクロマチン領域をNGS（次世代シークエンシング）解析によりマッピングを行う手法です。Transposaseがオープンクロマチン領域のDNAにのみ作用できることを利用して、NGS用ライブラリーを調製します。
オープンクロマチン領域は、ゲノムの中でもエピジェネティックな遺伝子制御に関与することが多いため、そのマッピングを行うATAC-seqは、多くの研究分野において有用なツールとなっています。
ATAC-seqは、これまでに免疫学2）、神経生物学3）、心血管疾患4）関連の薬理学的研究や、シングルセルを用いたクロマチンへのアクセスしやすさの研究5, 6）などにおいて用いられた実績があります。
追加しました。
関連した特集記事
追加しました。
特長
- 独自試薬の使用により、ATAC-seqのStandard protocol（参考文献1参照）に比べ、3倍以上の読み取りが得られます。
- NGS解読後、最先端のバイオインフォマティクスで解析します。
- 論文に使用可能なデータ形式で、解析結果を納品いたします。
追加しました。
再現性データ
ATAC-seqのStandard protocolとZymo Research社手法の比較
- 独自試薬の使用により、ATAC-seqのStandard protocol（参考文献1参照）に比べて、3倍以上の読み取り。
- ミトコンドリアDNAの混入を低減。
- 重複読み取りを減少。
- アクセス可能な核内DNAの高いカバー率。
Replicate間での再現性
2つのBiological Replicateから得られた結果を、MACS2を用いて解析した。Bedtoolsの交差を使用してピークを比較し、0～5のオーバーラップがほとんどない状態で両方のReplicateに存在する共通のピーク数を決定した。
DNase-seqとの比較
ライブラリー調製時にTransposaseの代わりにDNaseⅠ処理を行うDNase-seqのENCODEプロジェクトデータと、Zymo Research社のATAC-seqのBigWigファイルを、Integrative Genomics Viewer（IGV）で比較した7）。
2つの手法で得られたピークが高く一致していることが示された。
追加しました。
作業内容
- 試料調製およびQCチェック
- ATAC-seqライブラリーの調製（3回／試料）およびTapeStationでのQCチェック
- シークエンシング（シークエンス長150 bpで、5,000～6,000万リード）
- バイオインフォマティクス解析
- レポート作製、データ納品
※ ライブラリー調製後にQCチェックを行い、その結果をご報告いたします。試料の品質に問題がある場合は、シークエンシングのステップに進めないことをご提案いたします。
追加しました。
納品するレポートの例
※ レポート例のPDFファイルについてはこちらをクリックして下さい。
- Phredスコアを示す全リードのFASTQデータ
- 全リードの配列重複レベルの概要
- 全ライブラリーのアラインメントスコア
- 0～1,000 bpのインサートサイズごとのリード数を示すインサートサイズプロット
- リードの総数、適切にペアリングされマップされたリード、常染色体リード、重複リード、ミトコンドリアリードを示す表
- 全ライブラリーおよび同一グループのマージライブラリーでコールされたピークの数
- 全ライブラリーおよび同一グループのマージライブラリーのFraction of reads in peaks（FRiP）スコア
- 個々のライブラリーおよび同一グループのマージライブラリーでコールされたすべてのピークのゲノムアノテーション
- 各グループに属する全ライブラリーを示すPCAプロット
- Replicateおよび異なるグループのライブラリー間のピアソン相関を示す試料類似度ヒートマップ
- FASTQファイル、マップおよびフィルターされたリードを含むBAMファイル、BigWigファイル、ピークを含むNarrowpeakファイル
追加しました。
ご提供いただく試料
凍結保存した動物細胞懸濁液
※ その他の試料については、当社受託・特注品業務担当までお問合せ下さい。
追加しました。
参考文献
- Buenrostro, Jason D., et al., Nature Methods, 10 (12), 1213 (2013). [PMID:24097267]
- Pereira, Renata M., et al., Journal of Leukocyte Biology, 102 (3), 601 (2017). [PMID:28606939]
- Su, Yijing, et al., Nature Neuroscience, 20 (3), 476 (2017). [PMID:28166220]
- Costantino, Sarah, et al., European Heart Journal, 39 (47), 4150 (2017). [PMID:29069341]
- Cusanovich, Darren A., et al., Science, 348 (6237), 910 (2015). [PMID:25953818]
- Buenrostro, Jason D., et al., Nature, 523 (7561), 486 (2015). [PMID:26083756]
- James T. Robinson, et al., Cancer Research, 77 (21), 31 (2017). [PMID:26083756]
追加しました。
ご注文方法／価格
サービスの詳細、ご注文方法については、当社受託・特注品業務担当までお問い合わせ下さい。
※ ご依頼内容に応じて個別にお見積りいたします。お気軽にお問い合わせ下さい。
追加しました。
製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
表示価格に、消費税等は含まれていません。一部価格が予告なく変更される場合がありますので、あらかじめご了承下さい。