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従来のPNGase Fよりも幅広いN型糖鎖の切断が可能な酵素 PNGase F PRIMETM Glycosidase

掲載日情報:2020/06/12 現在Webページ番号:63571

PNGase F PRIMETMは,PNGase Fを改変した酵素(グリコシダーゼ)で,非常に幅広いN型糖鎖の切断が可能です。同条件下で,野生型PNGase Fでは切断できず,これまで質量分析などで検出できなかった糖鎖構造も解析できます。

PNGase F (Peptide N-Glycosidase F)とは

PNGase Fは,アスパラギン側鎖に結合したN型糖鎖を特異的に切断する糖切断酵素(グリコシダーゼ)で,タンパク質のN型糖鎖修飾の主たる解析ツールとして使用されています。しかし,野生型PNGase FはすべてのN型糖鎖を切断できるわけではありません。本製品は従来のPNGase Fでは検出できない糖鎖構造を切断できます。

PNGase Fの切断

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特長

  • PNGase F PRIMTMは,Flavobacterium meningosepticumからクローン化した変異型グリコシダーゼをE. coliで発現し精製しています。野生型のPNGase Fに比べて幅広いN型糖鎖特異性を示すため,野生型では切断できず,これまで質量分析で検出できなかった糖鎖構造も解析が可能です。
  • 対象タンパク質がN型糖鎖修飾を受けているか,電気泳動で簡便に観察可能です(下記使用例参照)。
  • 変性/非変性タンパク質のいずれも酵素処理が可能です。
  • S/N比が高く,ノイズの少なくシャープなピーク画像を得ることができます。
  • 凍結乾燥品のPNGase F PRIME-LY(#NZS1-LY)もあります。
  • 濃度:1,000,000 unit/ml

活性定義:Achieves complete deglycosylation of 10 μg of RNase B incubated in 1X PBS with 1 μl of PNGase F PRIME™ for 5‐10 minutes at 37°C or room temperature. Separation of reaction products are visualized by SDS‐PAGE.

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使用例

■PNGase F PRIMETMで処理したRNase Bの電気泳動結果

PNGase F PRIME GlycosidaseのMALDI-IMS解析の使用例

PNGase F PRIMETMで30分(Lane 1, 2)または60分(Lane 3, 4)処理したRNase Bを変性させて泳動し,クマシー染色を行った。

■PNGase F PRIMETMで処理した試料のMass Spectrometry / HPLCによる糖鎖解析

PNGase F PRIMEで処理した抗VEGF抗体(IgG1)のMass Spectrometry解析

抗VEGF抗体(IgG1)をPNGase F PRIMETMまたは他社PNGase Fを用いて酵素処理し,Mass Spectrometryで解析した。他社PNGaseFで検出できなかった糖鎖を含む11種類の糖鎖構造が検出できた。

PNGase F PRIMEで処理した血液感染性糖タンパク質FetuinのHPLC解析

天然型の血液感染性糖タンパク質FetuinをPNGase F PRIMETMまたは他社PNGase Fを用いて酵素処理し,HPLCで解析した。PRIMETMで処理した試料では,シャープかつ高いS/N比のシグナルが得られ,また,他社PNGase Fでは得られないピークを検出することができた。

■PNGase F PRIMETMでマウス脳組織のMALDI-IMSによる糖鎖解析

PNGase F PRIME GlycosidaseのMALDI-IMS解析の使用例

PNGase F PRIMETMを用いてマウス脳組織を処理し,MALDI-IMSによりN型糖鎖を解析した。画像中の星マーク(緑,青,赤)のピークの分布を重ねた画像を右記に示す。

■PNGase F PRIMETMで処理した試料のN型糖鎖イメージング解析

PNGase F PRIMEで処理したホルマリン固定パラフィン包埋ヒト前立腺組織のN型糖鎖イメージング解析像

PNGase F PRIMETMを用いて,ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)ヒト前立腺組織切片(5 micron)を処理し,7T MALDI-FTICR Solarix Mass SpectrometryおよびFlexImagin 4.1 Softwareを用いてN型糖鎖のイメージング解析を行った。

左上:H&E stained image (the area of the highest density of tumor shown in the circle)
左下:Typical tumor N-glycan pattern for a single glycan, an Man6 at m/z=1419
右図:two-glycan overlay is shown for the tumor glycan at m/z = 1419 (in green) and a mono-sialylated biantennary glycan at m/z = 1976 (top right panel, orange) and a mono-sialylated and core fucosylated glycan at m/z = 2122 (bottom right panel, blue)

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使用文献

  1. Powers TW., et al., Anal. Chem., 85(20) : 9799-9806 (2013).
  2. Powers TW., et al., PLoS One, 9(9) : e106255 (2014).
  3. Powers TW., et al., Biomolecules, 5(4) : 2554-2572 (2015).

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価格

[在庫・価格 :2021年04月17日 00時13分現在]

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PNGase F PRIME(TM)
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掲載カタログ ニュース2020年11月15日号 p.11
ニュース2020年10月15日号 p.26

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2~3週間 ※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 14
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PNGase F PRIME(TM)

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reagent@funakoshi.co.jp

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