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多数の試料の解析にも対応できます 遺伝子発現解析受託サービス(NGS法)

掲載日情報:2011/11/15 現在Webページ番号:4630

次世代シークエンス装置を用いたダイレクトシークエンシング法によりmRNAの発現解析を網羅的に行う受託サービスです。DNAマイクロアレイでは見逃していた低発現量の遺伝子転写産物の捕捉も可能です。また,プローブに依存しない発現解析が可能です。
イルミナ社製Genome AnalyzerⅡx(GAⅡx)またはHiSeq 2000を使用します。


ダイレクトシークエンシング法とDNAマイクロアレイそれぞれで解析可能な遺伝子発現産物の数
ダイレクトシークエンシング法は3'領域タグプロファイリング(下記参照)により解析を行った。


参考文献
Yan, W. A., et al., BMC Genomics, 10, 531 (2009).

ダイレクトシークエンシング法とDNAマイクロアレイの比較

ダイレクトシークエンシング法 DNAマイクロアレイ
解析法の特長 ・配列に基づいた検出のため,解析の特異性が直接示される。 ・ハイブリダイゼーションによる検出のため,結果が間接的。
解析可能な発現産物 ・すべての発現産物。
・未知の発現産物も解析が可能。
・プローブをデザインされた配列。
得られるデータ ・デジタルデータ出力。
・蛍光によるバックグラウンドがない。
・ダイナミックレンジが大きい(1:100,000でも問題なし。読む回数を増やせばより大きくなる)。
・アナログデータ出力。
・蛍光によるバックグラウンドがある。
・ダイナミックレンジが小さい(1:1,000程度)。
データの精度 ・実験者,プロトコール・手技,使用製品による違いがなく,再現性が高い。
・低発現量の産物も検出できる。
・正確性および定量性が高い。
・再現性,感度,正確性,定量性に問題あり。
コストパフォーマンス ・同じ試料を3回ずつDNAマイクロアレイで解析するならば,ダイレクトシークエンシング法の方が安価。

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特長

  • DNAマイクロアレイではスポットされている既知情報の解析に制限されますが,本法ではすべての発現産物を対象にした解析を行います。そのため,以下の特長があります。
  • ・ゲノムや遺伝子の情報の有無にかかわらず解析が可能。
    ・未知の発現産物についても解析が可能。
    ・原核生物,真核生物のいずれも,生物種を選ばずに解析が可能。
    ・遺伝子多型に左右されない解析が可能。
  • プローブデザインの必要がなく,効率的な作業が可能です。
  • データ量が多くダイナミックレンジが広いため,定量化の精度が高くなっています。
  • 再現性が良く,データの信頼度が高くなっています。
  • 配列を明らかにしてからアノテーションを行うため,将来リファレンス情報が拡張された場合に,再度のアノテーションにより最新のデータにアップデートできます。
  • 個々のライブラリーに固有のID配列を付加することで,1レーンで複数サンプルの解析が可能です。

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解析方法

ご依頼・ご研究の内容に応じて,最適な解析方法をご提案いたします。

解析方法 必要試料量 特 長
5'領域タグプロファイリング 30μg mRNAの転写開始点を選択的にシークエンシングすることにより,転写開始点を解明し,各転写産物の量を調べる解析が可能。
3'領域タグプロファイリング 2μg PolyA tail近傍をシークエンシングすることにより,転写産物を網羅的に,また半定量的に解明する発現解析が可能。
mRNAシークエンシング 10μg mRNAの全長をシークエンシングすることにより,全エキソンを考慮した解析が可能。
Small RNAシークエンシング 10μg Small RNAの全長をシークエンシングすることにより,未知のmiRNAの同定やSmall RNAの発現解析が可能。
純度:A260 / A280>1.8の精製全RNA。精製直後にエタノール沈殿させたものに限ります。

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応用例

  • ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)試料の発現解析
  • 保存されている試料の遺伝子発現
  • ゲノム未知生物の転写産物の網羅と発現解析
  • de novoアセンブルによる転写産物のcontig取得
    ・既に得られているデータに基づく発現解析
  • Small RNA解析
  • 未知のmiRNAの同定
  • Small RNAの発現解析
  • 薬剤応答,ストレス応答,細胞分化,発生などにおける発現解析
  • 網羅的な解析
  • 発現量の低い転写産物の発現解析

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ご注文方法

秘密保持契約が必要な場合はご注文前にお知らせ下さい。
詳細は当社受託・特注品業務担当(欄外参照)までお問い合わせ下さい。

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