大腸菌ゲノムのコンタミネーションが検出限界以下のPfu DNAポリメラーゼ Pfu DNA polymerase, UltraPure
掲載日情報：2013/10/03 現在Webページ番号：8058
高いFidelity(正確性)を必要とするPCR反応に広く使用されているPfu DNA polymeraseは，Pyrococcus furiosus由来の耐熱性DNA polymeraseです。 3'→5'エキソヌクレアーゼ活性による高い校正活性を有しています。
しかし，PCR酵素のFidelityは，バッファー条件によって容易に変動することが知られています。本製品のPfu DNA polymeraseは，各ロット毎に添付の反応BufferとdNTPを用いてFidelityを検定し，Taq DNA polymeraseの10倍以上であることを確認しています。
また，PCR酵素へのホスト大腸菌ゲノムのコンタミネーションが，しばしば実験を混乱させる要因になることが報告されています。本製品は高度に精製されており，発現宿主である大腸菌ゲノムDNAは検出されません。
Pfu DNAポリメラーゼ(Pfu DNA Polymerase)の特長
- 高いをFidelityを要求するPCR反応に適しています。
- 添付の酵素と10 × Reaction Buffer，dNTPの組み合わせで各ロット毎のPCR反応における増幅能を確認しています（図1参照）。
- ホストである大腸菌ゲノムのコンタミネーションは，現在のBioDynamics Laboratory社の検定基準の下限値である0.05分子/unit未満を保証しています（図2及び図3参照）。
図1： 本製品を用いて，λDNAを鋳型として種々のサイズのDNA断片を増幅した結果
0.8％アガロースゲル電気泳動。分子量マーカーは，Dynamaker DNA High D (#DM112)
図2： 本製品とA社製品のDNA polymerase中の大腸菌ゲノムのコンタミネーションの比較
各1 unit酵素中の大腸菌16S rRNA領域を40サイクルの高感度のPCR反応にて増幅した結果。矢印は大腸菌16S rRNA領域からの増幅断片（366 bp）の位置を示す。A社製品のPfu DNA polymeraseとすべてのPfu関連製品から，大腸菌ゲノムが検出されていることがわかる。”Native”はPyrococcus furiosusより精製されたものであるが，検出された増幅断片をTAクローニングし，シークエンスを行った結果，Pyrococcus由来ではなく大腸菌由来のrRNAであることが確認された。精製過程で汚染されたものと思われる。
3.5％アガロースゲル電気泳動。分子量マーカーは，DynaMarker DNA Low D (#DM112)
大腸菌ゲノムのコンタミネーション検定法
各製品ロット毎のコンタミネーションを，direct PCR法により高感度に検定しています。このアッセイ法では，大腸菌ゲノムを1分子まで検出可能です。
図3： 大腸菌ゲノムのコンタミネーションの検定
1 unitのPfu DNA polymeraseに，外部から量の異なる大腸菌ゲノム（0分子～1分子）を添加し，大腸菌16S rRNA領域検出用プライマーを用いて40 サイクルの direct PCRを行った。矢印で示した位置に，大腸菌16S rRNA領域由来のバンド（366 bp）が検出された。外部から添加した大腸菌ゲノムの平均分子数は，0分子～1分子と少ないことから各チューブの中にゲノムが存在する確率（0分子, 1分子, 2分子, 3分子…）は，ポアソン分布に従っている。40バッチ中何個のバッチで大腸菌ゲノムが検出されるかは，理論値として右端に示している。実際の実測値は，右から2列目に示している。これら実測値は，理論値に近く，本方法で1分子の大腸菌ゲノムが，検出できていることを示している。また，外部から大腸菌ゲノムを添加していない場合では，40バッチの検定でもバンドが検出されていない。このことから，大腸菌ゲノムのコンタミネーションは，1 unitあたり0.05分子未満（理論値1.95バッチ未満）であることがわかる。
[在庫・価格 ：2018年04月20日 18時20分現在]
| 詳細 | 商品名 | 商品コード | メーカー | 包装 | 価格 | 在庫 | 納期 | 文献数 | リスト | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Pfu DNA Polymerase, UltraPure (with dNTP) データシート |
DE131 |
BDLバイオダイナミクス BioDynamics Laboratory Inc.（株式会社バイオダイナミクス研究所） |
1 set | ¥6,200 | 1個 | - | 0 | 追加 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Pfu DNA Polymerase, UltraPure データシート |
DE130 |
BDLバイオダイナミクス BioDynamics Laboratory Inc.（株式会社バイオダイナミクス研究所） |
1 set | ¥4,800 | 3個以上 | - | 0 | 追加 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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[在庫・価格 ：2018年04月20日 18時20分現在]
Pfu DNA Polymerase, UltraPure (with dNTP)
文献数：0
- 商品コード：DE131
- メーカー：BDL
- 包装：1set
- 価格： ¥6,200
- 在庫：1個
- 納期：-
| 説明文 |
大腸菌ゲノムのコンタミネーションが検出限界以下のPfu DNA ポリメラーゼ(Pfu DNA Polymerase)。セット内容：Pfu DNA polymerase (2.5 units/μl) 100 units, 10×Reaction Buffer 1000μl |
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| 法規制等 | |||
| 保存条件 | -20℃ | 法規備考 | |
| 掲載カタログ |
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[在庫・価格 ：2018年04月20日 18時20分現在]
| 詳細 | 商品名 | 商品コード | メーカー | 包装 | 価格 | 在庫 | 納期 | 文献数 | リスト | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DynaMarker, DNA Low D データシート |
DM112 |
BDLバイオダイナミクス BioDynamics Laboratory Inc.（株式会社バイオダイナミクス研究所） |
1 set | ¥15,000 | 3個以上 | - | 0 | 追加 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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[在庫・価格 ：2018年04月20日 18時20分現在]
DynaMarker, DNA Low D
文献数：0
- 商品コード：DM112
- メーカー：BDL
- 包装：1set
- 価格： ¥15,000
- 在庫：3個以上
- 納期：-
| 説明文 |
DNA分子量ラダーマーカー(DNA Ladder Marker)。Ready-to-LoadのDNA分子量マーカー。50～1,000 bp。6×BPB loading dye(1 ml)添付。容量：1 ml(5～10μl/lane)。容量：1 ml(5～10μl/lane) |
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| 法規制等 | |||
| 保存条件 | -20℃ | 法規備考 | |
| 掲載カタログ |
ニュース2017年2月15日号 p.12 |
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| 製品記事 |
DynaMarker DNA Ladder Marker |
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