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正確で詳細なバイオインフォマティクス情報をご提供します！ ATCC® Genome Portalのご紹介

掲載日情報：2026/03/02 現在Webページ番号：72805

アメリカン タイプ カルチャー コレクション /
ATCC / American Type Culture Collection
[メーカー略称：ACC]

ATCC®では取り扱っている各種細胞や微生物に関して、正確かつ詳細な各種バイオインフォマティクス情報をATCC® Genome Portalにてご提供しています。本ページではATCC® Genome Portalについてご紹介します。
※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。

ATCC Genome Portalメイン画面

ATCC® Genome Portalトップページ
上記画像をクリックするとリンク先を表示します。


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細胞や微生物に関する正確なバイオインフォマティクスデータについて

研究者が信頼できる科学的相関を導くには、厳密に検証され追跡可能なゲノムデータが必要です。しかし公開されている配列は、信頼性・品質・配列情報の出所に関する情報（プロベナンス）が不足していることが少なくありません。このギャップを埋めるため、ATCC®は標準化したシークエンス、アセンブリ、アノテーションのパイプラインを開発し、認証済み微生物株から抽出した高品質の参照ゲノムを販売するとともに、ATCC® Genome Portalを通じて細胞株の全エクソームおよびRNA-seqデータも提供しています。


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ATCC® Genome Portalの特長

  • One Codexとの提携により提供されている、ISO 9001準拠のクラウドベースのプラットフォームです。
  • 対話式で閲覧できます。
  • ATCC®の信頼性高い認証済み参照グレードの微生物および細胞株に直接紐づけられたオミクスデータを提供する唯一のプラットフォームです。
  • 高度なシークエンシング技術と厳格な品質管理に基づき、高品質のゲノム、エクソーム、RNA-seqデータセットを提供します。
  • 6,500のゲノム、500のエクソーム、3,000のトランスクリプトームを網羅しています。
  • 比較ゲノム研究、バイオマーカーまたは遺伝子変異の探索、AIモデル学習などの用途に最適です。
  • ATCC®製品をご購入された方は、該当製品のNGSデータを無料でご覧になれます。
  • 賛助会員（Supporting Member）になられた方は、すべての微生物または細胞についての閲覧やバイオインフォマティクスツールのご使用ができ、このデータは四半期ごとに更新・追加されます。

※ 賛助会員（Supporting Member）に関する最新情報やご登録方法については、こちらおよびこちらをご確認下さい。


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ATCC® Genome Portal（Microbe）においてできること

ATCC® Genome Portalのより詳細な情報はテクニカルドキュメントをご確認下さい。
※ 賛助会員（Supporting Member）に関する最新情報やご登録方法については、こちらおよびこちらをご確認下さい。

  • 公開されているゲノムについて、塩基配列または遺伝子名で検索。
  • 最新の系統樹を用いた製品検索。
  • シークエンシングが行われていない製品についてNGS解析のリクエスト。
  • 分類名、分類階級、株の別名、分離源、ATCC® No.（商品コード）、基準株の状況、バイオセーフティレベル、特定タグなどによるゲノム検索。
  • ゲノムアセンブリ統計と品質指標の表示。
  • 全ゲノムアラインメントによる公開ゲノム間の近縁性の同定。
  • 対応する認証済みATCC®生体試料のご案内。
  • ご購入された微生物株に対応したゲノムアセンブリのダウンロード（用意されている場合のみ）。
  • ［Supporting Memberのみ］：微生物コレクションのアセンブリ、アノテーション、メチル化、レジストーム（Resistome：抗菌薬耐性遺伝子の総体）データのダウンロード（提供開始後）。
  • ［Supporting Memberのみ］：不一致レポート（Discrepancy Report）機能を利用し、任意のシークエンスデータをATCC®参照グレードゲノムに連携させ、SNP、indel、欠失などの遺伝的差異の評価。
項目無料
（非会員）		Supporting
Member
生物種／ゲノムのメタデータ、アセンブリ、アノテーションの閲覧○○
ゲノムの検索○○
対応する認証済みATCC®生体試料のご案内○○
ゲノムアセンブリ／アノテーションのダウンロードご購入品のみ全製品
REST-API（バイオインフォマティクスツール）へのアクセス不可○
不一致レポート機能を用いた遺伝的差異の評価別途、都度
費用支払い		○
（利用可能回数はコース
により異なる）
フルアクセス可能な人数－コースにより異なる

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ATCC® Genome Portal（Cell Line）においてできること

ATCC® Genome Portalのより詳細な情報はテクニカルドキュメントをご確認下さい。
※ 賛助会員（Supporting Member）に関する最新情報やご登録方法については、こちらおよびこちらをご確認下さい。

  • 細胞株名またはATCC® No.（商品コード）で細胞製品を検索。由来組織のタイプまたは疾患状態で並べ替え。
  • 細胞製品、および対応した全エクソームやRNA-seqのサマリーデータの閲覧。
  • 全エクソームおよびRNA-seqの品質管理データの閲覧。
  • 対応する認証済みATCC®生体試料のご案内。
  • ご購入された細胞株に対応した製品メタデータ、全エクソームの臨床バリアントまたはバリアントコール、およびRNA-seqリードカウントのダウンロード。
  • ［Supporting Memberのみ］：すべての細胞製品のメタデータ、全エクソーム、RNA-seqデータのダウンロード（提供開始後）。
項目無料
（非会員）		Supporting
Member
細胞メタデータ、全エクソーム、RNA-seqサマリー、シークエンスQCデータの閲覧○○
対応する認証済みATCC®生体試料のご案内○○
ClinVarまたはバリアントデータのダウンロードご購入品のみ全製品
遺伝子リードカウントデータのダウンロードご購入品のみ全製品
細胞製品のメタデータのダウンロードご購入品のみ全製品
REST-API（バイオインフォマティクスツール）へのアクセス不可○
フルアクセス可能な人数－コースにより異なる

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ATCC® Genome Portalに対する研究者の声

「私たちの研究ではATCC®から購入した生物のゲノム配列を頻繁に参照する必要があります。ATCC® Genome Portalは最良のリソースの1つだと思います。」
Liben Chen, (Research Scientist), The Johns Hopkins University.

「研究に必要な高品質の全ゲノムシークエンスデータを簡単に見つけられます。」
Nan-yeong Go, ToolGen. inc.

「ゲノム配列とアノテーションの正確性を信頼しています。さらに、完全なデータかどうか、信頼できるソース由来かを確認するためにNCBIを検索して回る必要がありません。」
James Crill, (Principal Investigator), Syracuse University


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技術情報

テクニカルドキュメント

タイトルをクリックするとPDFをご覧になれます。

Approach-to-Microbial-Whole-Genome-Sequencing

THE ATCC GENOME PORTAL: OUR APPROACH TO MICROBIAL WHOLE-GENOME SEQUENCING

Approach-to-Cell-Line-Genome-Sequencing>

THE ATCC GENOME PORTAL: OUR APPROACH TO CELL LINE WHOLE-EXOME AND RNA SEQUENCING

学術ポスター

参照品質の微生物ゲノムデータを生成するためのバイオインフォマティクスの一連のプロセスに関する学術ポスターです。
こちらをクリックすると関連した学術ポスターの一覧をご覧になれます。

■ 学術ポスターの例
演題をクリックするとポスターの掲載ページを表示します。

演 題要 旨
Development and Evaluation of Standards for Virome Research ASM Microbe 2018にて発表。Virome（ウイルス叢）標準物質の開発と検証について論じています。
Spike-In Controls for Microbiome Studies ASM Microbe 2019にて発表。マイクロバイオーム研究におけるスパイクインコントロールの有用性について論じています。
The ATCC® Genome Portal - Authenticated Microbial Reference Genomes with Data Provenance Bio-IT World 2023にて発表。ATCC®のバイオインフォマティクス・パイプラインについて論じており、ATCC®所有の認証済み微生物について参照品質ゲノムデータを生成する手法を説明しています。

ブログ

参照品質のゲノムデータの重要性と、それがさまざまな分野においてどのように応用できるかについて説明したブログです。
こちらをクリックすると関連したブログの一覧をご覧になれます。

■ ブログの例
タイトルをクリックするとブログをご覧になれます。

タイトル要 旨
Pan-Lung Cancer Cell Line Transcriptome Profile 多様な肺がん細胞株パネルにおける遺伝子発現プロファイルを捉えた、厳選された高解像度のデータセットを紹介しています。
Supporting Memberships for the ATCC® Genome Portal ATCC® Genome Portalの賛助会員（Supporting Member）の特典について紹介しています。「ATCC®不一致レポート」および「公式REST-API」へのアクセスができます。
Increasing Reproducibility with Next-generation Sequencing Data ATCC® Genome PortalとATCC® Cell Line Landによってもたらされる研究における再現性の向上について説明しています。

参考文献

  • Yarmosh, D. A., et al., mSphere, 7(3), e0007722(2022). [PMID:35491842]
  • Benton, B., et al., Microbiol. Resour. Announc., 10(47), e0081821(2021). [PMID:34817215]

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ATCC® Genome Portal紹介の動画

ATCC® Genome Portal

画像をクリックするとATCC® Webにて動画をご覧になれます。


ウェビナー（録画版）

演題をクリックすると関連したウェビナー録画版の掲載ページを表示します。

演　題 要　旨
ATCC Genome Portalウェビナー Unlocking the Power of Authenticated Microbial Genomics with the ATCC® Genome Portal

認証された微生物ゲノミクスの力をATCC® Genome Portalにより解き放つ		 ATCC® Genome PortalはISO 9001に準拠したデータベースで、認証されたATCC®菌株にリンクされた何千もの参照品質の微生物ゲノムデータに、研究者はアクセスすることができます。
本ウェビナーでは、ATCC® Genome Portalの主な機能をご紹介します。
　・高度な検索ツール
　・ウェブベースのインターフェース
　・REST-APIによる安全なデータアクセス
　・ゲノムアセンブリを支える科学的厳密性
本ウェビナーのご聴講により、ATCC® Genome Portalが細菌、真菌、原生生物、ウイルスの再現性、データ証明、株レベルのゲノム解析をどのようにサポートしているかを理解することができます。また、微生物ゲノム研究、バイオテクノロジー、感染症研究におけるポータルの役割を示す使用例をご説明します。併せて、研究者がどのようにデータにアクセスできるのか、その新しいサポートメンバーシップモデルがどのように高信頼性ゲノムデータへの持続的なアクセスを保証するのかについてご説明します。
診断薬の研究開発、微生物の多様性の探索、バイオインフォマティクス・パイプラインの構築など、ATCC® Genome Portalは微生物ゲノム研究に欠かせないリソースです。
薬剤耐性菌ウェビナー Combating Antimicrobial Resistance: How ATCC®'s AMR Collection Supports the Global Scientific Community

薬剤耐性（AMR）菌対策へのATCC®のAMRコレクションによる支援		 薬剤耐性（AMR）菌は、2019年に127万人の死亡に関与した世界的な健康危機であり、2050年までに4,000万人の死亡を引き起こすと予測されています。この脅威に対抗するため、ATCC®はWHOの2024年優先病原体リストに関連する100種類のAMR株を厳選したコレクションを用意しました。各株は、VITEK 2（bioMérieux社）およびCLSI（臨床・検査標準協会）のMIC法（最小発育阻止濃度測定試験）を用いて表現型的に特性解析され、全ゲノムシークエンスによるゲノム特性解析が行われます。これには、データのアセンブリ、アノテーション、およびメチル化プロファイルが含まれ、すべてATCC® Genome Portalを通じて公開されています。

Podcast動画

ATCC®の専門家がクラウドベースのデータベースを用いることのメリットとデメリットについて議論し、ATCC® Genome Portalがどのように役立つかをご説明しています。
こちらをクリックすると関連したPodcast動画の一覧をご覧になれます。

■ Podcast動画の例
タイトルをクリックするとPodcast動画の掲載ページを表示します。
※ タイトル中のEpisode No.はPodcast動画全体の通し番号となります。

タイトル要 旨
Episode 15: Bioinformatics Unleashed - Decoding Microbial Mysteries 微生物鑑識における厳格に検証されたデータベースの重要性と、急速な技術革新の影響に焦点を当てて語っています。
Episode 20: A Journey from the Wet Lab to Bioinformatics バイオインフォマティクスとデータサイエンスへの予想外の道のりについて語っています。
Episode 21: The Future of Microbiome Studies - From Research to Practical Application 実用的な応用と最先端研究が交差する、マイクロバイオーム研究の刺激的な未来について深く掘り下げて語っています。

© 2026 American Type Culture Collection. The ATCC trademark and trade name, and any other trademarks listed in this publication are trademarks owned by the American Type Culture Collection unless indicated otherwise.

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お問い合わせ先

（ATCC製品担当）

atcc@funakoshi.co.jp

製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
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