単一アミノ酸レベルで網羅的なエピトープ解析を行います DECODE法によるエピトープ解析受託サービス

理化学研究所の上田 泰己 チームリーダー（東京大学教授）らの共同研究グループが開発したDECODE^*1法を用いたエピトープ解析受託サービスです。この方法は、抗体に高い親和性を持つペプチド配列を選択・回収（ペプチドセレクション）し、GPU搭載の高性能PCを用いた次世代シークエンス（NGS）解析によってエピトープ情報を「単一アミノ酸レベル」で特定します。さらにタンパク質データベース全体から交差反応性を予測することが可能です。この特長によって、モノクローナル抗体のエピトープ情報を特定するだけでなく、非特異結合の解析やポリクローナル抗体の交差反応性の解析も可能です。

＊1 DECODE：Decoding Epitope Composition by Optimized-mRNA-display, Data analysis, and Expression sequencing
※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。

＊2 解析できるのは線状エピトープに対する認識のみです。立体構造や糖鎖などの修飾に対する認識は解析できません。
＊3 タンパク質データベースに登録のない配列についてはご相談下さい。
＊4 9抗体以上ご依頼の場合も、8抗体分の解析料は8万円／抗体です。なお、解析項目の追加や高度な解析などがある場合、追加料金が別途必要になります。

※ 高度な解析や解析対象の追加、全タンパク質の計算結果のご提供についてはご相談下さい。

c-fosに対する3種類のクローン違い（クローンⅠ、クローンⅡ、クローンⅢ）の抗体をDECODE法により評価した。DECODE法を用いて抗体が結合する部位とホットスポットを同定し、収束した上位20%のアミノ酸をシークエンスロゴとして可視化した（下図シークエンスロゴ）。DECODEスコアの高い配列（12アミノ酸残基）を化学合成し、各抗体との結合をELISA法にて評価したところ、DECODEによって特定された配列を認識することが分かった。また、予測されたホットスポット残基のうち2つのアミノ酸に変異を加えたペプチドと抗体との結合を同様に評価したところ、変異体には結合しなかったことからDECODE法が単一アミノ酸レベルで正確なエピトープを識別していることが分かった（下図ELISAによる評価）。 ゲノムワイドな交差反応性を推定するために、UniProtから得られたすべてのマウスタンパク質のDECODEスコアを評価したところ、クローンⅠ、クローンⅡは高い特異性を示したのに対し、クローンⅢは他のタンパク質との交差反応性を示した（下図、ゲノムワイドな交差反応性）。

※ ELISAによる評価は、本サービスの解析項目に含まれません。

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＊5 解析できる抗体は、一次構造（線状エピトープ）を認識する抗体です。立体構造や糖鎖などの修飾の解析には対応していません。
＊6 5 μg以下の抗体量の場合はご相談下さい。

納期の目安は2か月です^*7。ご注文方法の詳細は当社受託・特注品担当（下記参照）までお問い合わせ下さい。

＊7 毎月月末の最終営業日（土日祝祭日の場合はその前営業日）をメーカー試料到着締切日とし、そこから約2か月（目安）で解析データを納品いたします。