さまざまな細菌培養物から全ゲノムをアセンブリします ロングリードバクテリア全ゲノム受託解析サービス（Zymo Research社）
掲載日情報：2025/05/20 現在Webページ番号：72138
Zymo Research社では、細菌の種類に関わらず、さまざまな細菌培養物からゲノムDNAを抽出し、HiFiリードを用いた高精度ロングリードによるシークエンシングデータをもとにした全ゲノムアセンブリ受託解析サービスを承ります。ゲノムアセンブリレポートには、シーケンス読み取り分布、アセンブリ結果の概要、分類予測、ゲノム注釈の概要、抗菌薬耐性遺伝子の特定、および環状ゲノムマップが含まれます。
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| High Molecular Weight DNA Extraction | Comprehensive Assembly Analysis | Powered by PacBio HiFi Sequencing | ||
| 機械的に溶解した細菌を用いたDNA抽出によりHNW DNAを調製します。 | シークエンスアセンブリ、株レベルの分類割り当て、アノテーションなどが可能です。 | PacBio認定プロバイダーによる試料の認定を行います。 |
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バクテリア全ゲノム受託解析サービスの内容
| シークエンシングのプラットフォーム | PacBio社Sequel ⅡeまたはRevio |
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| シークエンシングの方式 | SMRT Cell 8M/24M |
| 送付していただく試料 | 抽出ゲノムDNAまたは細胞培養物 |
| DNA抽出方法 | • ZymoBIOMICS Magbead DNA/RNA Kit（#R2135） • ZymoBIOMICS RNA Miniprep Kit（#R2001） |
| ライブラリー調製方法 | • PacBio社SMRTbell prep kit 3.0 （with SMRTbell cleanup beads）またはPacBio社HiFi plex prep kit 96 • PacBio社Barcoded Adapter Plate 3.0 |
| シークエンス解析 | 得られたHiFiリードは、flye v2.9.2と hifiasm v0.19.8を用いてアセンブリを行います。最良のアセンブリを選択し、レポートを作成します。アセンブリされたドラフトまたは完全ゲノムはprokka v1.14.5によりアノテーションします。ゲノムの分類群については、gtdbtk v2.3.2を用いて予測します。抗菌薬耐性遺伝子と毒性遺伝子は、Diamondを用いてNCBIからキュレートされたデータベースに対し、リード検索によって特定します。 |
| データの視覚化 | CGviewを用いた環状ゲノムマップの作成 |
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バクテリア全ゲノム受託解析サービスの概要
機械的破砕による高分子（HMW）DNAの抽出
難溶解性細菌を用いたDNA抽出
さまざまな難溶解性細菌分離株から抽出したDNA断片のサイズ分布
試料は、効率的な抽出を行うためにZymoBIOMICS 96 DNA MagBead KitとMiniprep Kitを用いて処理した。
HiFiリードによる高精度なアセンブリ
99.99%以上の精度の一貫したゲノムアセンブリ
さまざまな難溶解性細菌分離株のゲノムアセンブリ
HiFiシークエンスデータは一貫してQ値>40を示した。
高度なゲノムアセンブリとアノテーション
論文使用データに対応する高いフィデリティのゲノムとアノテーション
Pseudomonas aeruginosaの環状ゲノムマップ（全長：6,792,216 bps）
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納品されるレポートの例
さまざまなレベルの難溶解性細菌分離株からのDNA断片のサイズ分布
ゲノムアセンブリレポートには、シークエンスリード分布、アセンブリ結果の概要、分類予測、ゲノムアノテーションの概要、抗菌薬耐性遺伝子の特定、および環状ゲノムマップが含まれています。
サンプルレポート
以下の項目をクリックすると、それぞれのサンプルレポートをご覧いただけます。
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バクテリア全ゲノム受託解析サービスの流れ
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| ①お問い合わせ | ②試料の送付 | ③報告書の納品 |
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ご注文方法／価格
詳細は下記☞ 当社受託・特注品担当までお問い合わせ下さい。
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