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CRISPR gRNAライブラリー（GeneScript社）
効率的なスクリーニングのためのゲノムワイドgRNAライブラリー CRISPR gRNAライブラリー（GeneScript社）
掲載日情報：2024/01/18 現在Webページ番号：70905
GenScript社では、ヒトおよびマウスの遺伝子をゲノムワイドにノックアウトするGeCKOライブラリーや、ヒトやマウスのゲノム上の各遺伝子の転写を活性化するCRISPR Synergistic Activating Mediator（SAM）ライブラリーなど、Broad Instituteにより検証済みのさまざまなgRNAライブラリーをご提供しています。
また、CRISPRノックアウト、CRISPRaおよびCRISPRi用に完全なカバレッジと均一な分布を有する、完全にカスタマイズされたgRNAライブラリーもあります。
追加しました。
- CRISPRライブラリーの用途
- CRISPR gRNAライブラリーの種類
- カスタムCRISPR gRNAライブラリー
- ノックアウトライブラリー
- 転写活性化ライブラリー（CRISPR 転写活性化SAMライブラリー）
- 経路特異的ライブラリー
- ご注文方法／価格／納期
CRISPRライブラリーの用途
CRISPR技術を使用したスクリーニングは、簡便性、特異性、汎用性に優れていることから極めて有用です。ゲノムワイドのGeCKOおよびSAMライブラリーは、ヒトまたはマウスの全遺伝子をターゲット（各遺伝子をノックアウト、または転写を活性化）するように設計されています。ライブラリーを増幅した後パッケージングを行い、宿主細胞に形質導入することで変異株を作製します。続いて、作製した変異株を特定の条件下（ポジティブまたはネガティブセレクションなど）でスクリーニングすることで、情報伝達経路における重要な遺伝子変異を同定することができます。
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CRISPR gRNAライブラリーの使用法
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CRISPR gRNAライブラリーの種類
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カスタムCRISPR gRNAライブラリー
GenScript社独自のアレイ化された、半導体ベースの高品質なオリゴヌクレオチド合成プラットフォームを用いて、CRISPRノックアウト、CRISPRa、およびCRISPRi用の完全なカバレッジと、均一な分布を有する完全にカスタマイズされたgRNAライブラリーです。
特長
- 最高のライブラリーカバレッジ：NGS解析で>99%のカバレッジが得られます。
- Feng Zhangの研究室よりライセンスの供与を受けたDualまたはAll-in-one CRISPRベクター、またはカスタムベクターへクローニングします。
- フレキシブルな量（μg～mgレベル）で、ウイルスパッケージングにそのまま使用できるプラスミドフォーマットでお届けします。
- 配列の制限はありません。
- 納期：最短7週間
ワークフロー例
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アレイ化された半導体ベースのオリゴヌクレオチドを用いたgRNAライブラリー構築のワークフロー
先進の半導体技術を用い、一本鎖オリゴヌクレオチドとして精密に合成します。PCRによる増幅後、二本鎖gRNAを選択ベクターにクローニングし、スクリーニングライブラリーを作製します。通常は、効率的な形質導入のため、高力価のウイルス産生に最適化されたレンチウイルスベクターが使用されます。
実施例
gRNAの100%カバレッジと均一な分布（NGS解析）
62,804種類の多様なgRNAからなるgRNAライブラリーを構築した。NGS解析により構築したgRNAライブラリーは、100%のカバレッジを示した。さらに、90%／10%の割合が<5であることから、目的のgRNAはライブラリー内で均等に分布し、最大のスクリーニング効率が得られるとともに、確実な同定を行うことができた。
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ノックアウトライブラリー
ゲノムスケールCRISPRノックアウト（GeCKO）v2ライブラリーは、ヒトやマウスの細胞において、目的の表現型の発生する機能喪失型変異の迅速なスクリーニングに有用です。GenScript社では、Broad Instituteからのライセンスに基づき、Feng Zhang研究室で開発されたGeCKO v2 CRISPRライブラリーのすべてをご提供しています。
ご利用にあたって
GeCKOライブラリーは、マウスおよびヒトゲノム中の各遺伝子とmiRNAを標的とするgRNAの混合プールです。また、改良されたGeCKO v2ライブラリーには、コントロールとして機能するnon-targeting gRNAが含まれており、改良されたレンチウイルスベクターを用いた高力価なレンチウイルスの産生、および初代培養細胞への高効率なトランスフェクションに最適です。
GeCKOライブラリーは、ヒトやマウスの初代培養細胞、幹細胞、がん細胞、安定発現細胞株において使用されています。さらに、さまざまな条件下における細胞の生存に必須となる遺伝子や、その欠失によってがん細胞の薬物耐性の発生に関与する遺伝子の同定も可能です1。
GeCKO v2ライブラリーはAとBが各1/2で構成されているライブラリーで、1遺伝子当たり3個のgRNAが含まれています。両ライブラリーにはコントロールとして1,000個のnon-targeting sgRNAが含まれています。また、AライブラリーにはmiRNAをターゲットとするgRNA（4 sgRNAs/miRNA）も含まれています。全ライブラリーをカバーするためにA/Bライブラリーを同時にご購入いただけますが、その場合はより多くの細胞が必要になるため、最初はAライブラリーでスクリーニングすることをおすすめします。
参考文献
- Sanjana, N.E., et al., "Improved vectors and genome-wide libraries for CRISPR screening.", Nat. Methods, 11(8), 783～784 (2014). [PMID：25072903]
製品概要
| ライブラリー | シークエンス情報 | |
|---|---|---|
| Human | GeCKO Library A | ☞ 65,383 sequences；
|
| GeCKO Library B | ☞ 58,028 sequences；
|
|
| Mouse | GeCKO Library A | ☞ 67,405 sequences；
|
| GeCKO Library B | ☞ 62,804 sequences；
|
|
製品ラインナップ
| 品名 | ベクターマップ | 包装 | 商品コード | 価格・納期 | |
|---|---|---|---|---|---|
| Human | GeCKO Library A | 25 μg | SC1771-25 | ☞ お問い合わせ | |
| 100 μg | SC1771-100 | ||||
| 200μg | SC1771-200 | ||||
| 25 μg | SC1774-25 | ||||
| 100 μg | SC1774-100 | ||||
| 200μg | SC1774-200 | ||||
| GeCKO Library B | 25 μg | SC1777-25 | |||
| 100 μg | SC1777-100 | ||||
| 200μg | SC1777-200 | ||||
| 25 μg | SC1780-25 | ||||
| 100 μg | SC1780-100 | ||||
| 200μg | SC1780-200 | ||||
| Mouse | GeCKO Library A | 25 μg | SC1783-25 | ☞ お問い合わせ | |
| 100 μg | SC1783-100 | ||||
| 200μg | SC1783-200 | ||||
| 25 μg | SC1843-25 | ||||
| 100 μg | SC1843-100 | ||||
| 200μg | SC1843-200 | ||||
| GeCKO Library B | 25 μg | SC1849-25 | |||
| 100 μg | SC1849-100 | ||||
| 200μg | SC1849-200 | ||||
GeCKOライブラリー納品物
- 25 μgに分注された（Industrialグレード）プールライブラリーです。カタログ製品として25 μg、100 μg（4×25 μg） および200 μg（8×25 μg）があります。製品データシート、MSDS、およびCOA（分析証明書）が添付されます。
- マウスGeCKOライブラリーA （Dualベクター）: 100 μgのプールライブラリー（Researchグレード）。
- 100 μg単位で、最大900 μgまでスケールアップ可能です。Researchグレードの代わりに、Industrialグレードでも製造できます。
- 最終プロジェクトレポートには、Sanger sequencingによるABIファイル、およびNGSテストによる統計概要が記載されています。ご希望に応じて、NGSの生データも提供します。
GeCKOライブラリーの使用方法
GeCKOライブラリーは、ゲノムの全遺伝子およびmiRNAをターゲットするCRISPRガイドRNAの混合プールです。各gRNAは、高力価ウイルスを産生するように最適化されたレンチウイルスベクターにクローニングされており、初代培養細胞または培養細胞株に効率的に形質導入することができます。
使用上の注意
細胞集団には、GeCKOライブラリープールを低いMOIで形質導入し、特定の細胞に1個以下のgRNA が入るようにする必要があります。形質導入後、スクリーニングの開始前に、NGSを使用したディープシークエンシングを実行して細胞プール内のgRNA発現を評価する必要があります。スクリーニングの最後には、2回目のNGSのラウンドを行ってデータ分析を実行し、画面の過程で失われたガイドまたは強化されたガイドを特定する必要があります。GeCKOライブラリースクリーニングから真の陽性ヒットを特定するためには、複数のガイドが濃縮された遺伝子を特定する必要があります。
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転写活性化ライブラリー（CRISPR 転写活性化SAMライブラリー）
SAMライブラリーは、ゲノムワイドな機能獲得スクリーニングにおいて強力な転写の活性化を誘導します。
SAMライブラリーは、1回のスクリーニングでゲノム中の各コード領域に対して強力かつ特異的な転写活性化を誘導することにより、ヒト細胞での機能獲得スクリーニングが可能です。CRISPR/Cas9 Synergistic Activation Mediator（SAM）は、内在性遺伝子の転写機能を強力に活性化するように設計されたタンパク質複合体です。
SAMは、ガイドRNAによりゲノム中の特定の遺伝子座を標的とするCas9ヌクレアーゼの特異性とリプログラミングの簡便性を利用しています。SAM複合体には、3つの転写活性化ドメイン（VP64、P65、HSF1）が含まれています。転写開始位置の200 bp上流以内の部位を標的とすると、相乗的に転写を活性化できます。SAMシステムは、切断活性を無くしたCas9を使用しており、内在性ゲノムのDNA鎖が切断されないことを確認しています。
ヒトのゲノムワイドSAMライブラリーは、RefSeqデータベース（23,430種のアイソフォーム）内にある既知のコードされたアイソフォームのすべてを活性化することができ、機能獲得スクリーニングに有用です。このライブラリーは、ヒトおよびマウスの初代培養細胞、幹細胞、がん細胞、安定型発現細胞におけるスクリーニングに使用されています。SAMライブラリースクリーニングにより、さまざまな条件下で細胞の生存に不可欠な遺伝子や、その欠失によってがん細胞において薬剤耐性を発生させる遺伝子を同定することができます。
参考文献
- Konermann, S., et al., "Genome-scale transcriptional activation by an engineered CRISPR-Cas9 complex.", Nature, 517(7536), 583～588 (2015). [PMID：25494202]
SAMライブラリーの内容物
- ☞ 70,290種類のgRNA配列： ヒトゲノム中の23,430種のユニークコーディングアイソフォームをターゲティングする各3種のsgRNA genome。
- Human ☞ pLenti_sgRNA(MS2)_zeoまたは ☞ pLenti sgRNA(MS2)_puroベクター骨格にクローニングされた、ヒトSAM gRNAライブラリー。
- ☞ 69,225種類のgRNA配列： マウスゲノム中の23,439種のユニークコーディングアイソフォームをターゲティングする各3種のsgRNA genomeと491種のノンターゲティングコントロール。
- Mouse ☞ pLenti_sgRNA(MS2)_puroベクター骨格にクローニングされた、マウスSAM gRNAライブラリー。
- ライブラリーには、同時導入する必要がある、☞ pLenti dCas9-VP64_Blastおよび☞ pLenti MS2-P65-HSF1-Hygroプラスミドが添付されています。
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SAMライブラリー納品物
すべてのSAMライブラリーは、Industrialグレードとなります。発注量を増やすことも可能です。ライブラリーの追加オプションなどに関しては、☞ 受託・特注品担当までお問い合わせ下さい。
製品ラインナップ
| 品名 | ベクターマップ | 包装 | 商品コード | 価格・納期 | |
|---|---|---|---|---|---|
| Human | SAM Library | 25 μg | SC1770-25 | ☞ お問い合わせ | |
| 100 μg | SC1770-100 | ||||
| 200μg | SC1770-200 | ||||
| 25 μg | SC1754-25 | ||||
| 100 μg | SC1754-100 | ||||
| 200μg | SC1754-200 | ||||
| Mouse | SAM Library | 25 μg | SC1844-25 | ☞ お問い合わせ | |
| 100 μg | SC1844-100 | ||||
| 200μg | SC1844-200 | ||||
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SAMライブラリーの構成
SAM複合体は、以下の3つのコンポーネントから構成されています。
- 切断活性を無くしたCas9-VP64融合物
- テトラループとステムループに、2つのMS2 RNAアプタマーを組み込んだsgRNA
- MS2-P65-HSF1活性化ヘルパータンパク質
3つの異なる活性化ドメイン（VP64、p65、HSF1）を複合体に組み込むことで、相乗効果により強力な転写活性化を促進します。これらの3つのコンポーネントは、以下に示す通り、それぞれ別のレンチウイルスベクターにコードされています。SAMの活性化には、これら3因子を同時に細胞に導入する必要があります。ヒトゲノムワイドなSAM gRNAライブラリーの全配列は、☞ こちらをご覧下さい。
VP64、p65、HSF1の3つの異なる活性化ドメインの細胞への導入
機能獲得スクリーニングにおけるSAMライブラリーの使用法
SAMライブラリーは、ゲノムの転写開始点に隣接する上流域を標的とする各種CRISPR gRNAの混合プールです。SAMによる機能獲得遺伝子のスクリーニングには、ヒトのゲノムワイドSAM sgRNAライブラリーに加えて、2種類のSAMコンストラクト（dCas9-VP64およびMS2-P-HSF1）が必要です。
使用上の注意
3つのコンポーネントはすべて、初代細胞または培養細胞株への効率的なレンチウイルス形質導入のため、高力価のウイルスを生成するように最適化されたレンチウイルスベクターで送達されます。細胞集団には、特定の細胞に1 gRNAを超えないようにするために、低いMOIでSAMライブラリープールを形質導入する必要があります。形質導入後、スクリーニングプロトコルの開始前に、NGSを使用したディープシークエンシングを実行して細胞プール内のgRNA発現を評価する必要があります。スクリーニングの最後にNGSの2回目のラウンドが実行され、データ分析を実行し、スクリーニングの過程で失われたガイドまたは強化されたガイドを特定する必要があります。
SAMライブラリーのスクリーニングから真の陽性ヒットを特定するには、複数のガイドが濃縮された遺伝子を特定する必要があります。
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経路特異的ライブラリー
経路にフォーカスしたgRNAライブラリーのプールは、重要な特定の経路を標的化したスクリーニングに最適です。Drug Gene Interactionデータベースで同定された標的遺伝子を使用して設計されており、経路や疾患関連遺伝子を対象としたスクリーニングに有用です。全gRNA配列は、Broad Research Instituteによって事前に設計および検証が行われています。ライブラリーはIndustrialグレードで届けられ、レンチウイルスのパッケージングにすぐ使用できます。ライブラリーに含まれるgRNA配列の詳細については、各経路名をクリックして下さい。
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ご注文方法／価格／納期
※ 詳細は、☞ 当社受託・特注品担当までお問い合せ下さい。
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製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
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