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絶対定量を実現する次世代のPCRシステム（ユーロフィンジェネティックラボ（株）） デジタルPCR (Droplet Digital PCR) 解析受託サービス

掲載日情報：2023/12/04 現在Webページ番号：70898

ユーロフィンジェネティックラボ /
ユーロフィンジェネティックラボ株式会社
[メーカー略称：GLA]

ユーロフィンジェネティックラボ（株）では、デジタルPCRを用いた解析受託サービスを提供しています。

※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。

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デジタルPCR（Droplet Digital PCR、ddPCR）解析とは

デジタルPCRは従来のリアルタイムPCRに比べてはるかに高精度、高感度に定量を行う新しい技術です。絶対定量を行うデジタルPCRは第3世代のPCRと言われています。

デジタルPCRはリアルタイムPCRと全くコンセプトが異なり、試料中のDNAを1ウェル当たり20,000個のドロップレットに分配してPCR増幅を行います。ターゲット遺伝子を含むドロップレットでは増幅により蛍光シグナルがポジティブとなり、ターゲット遺伝子を含まないもしくは試料DNA自体を含まないドロップレットではネガティブとなります。ポジティブなドロップレット数を蛍光により直接カウントすることで、試料中のターゲット遺伝子濃度を絶対定量します。

ユーロフィンジェネティックラボ（株）では、ドロップレットを自動調製するDroplet Generator*を導入しているため、多検体を再現性良く測定することが可能です。

＊ 使用機器 Droplet Generatorについて ☟


デジタルPCR（Droplet Digital PCR） 解析のフロー

図をクリックすると拡大します（🔍）

デジタルPCR（Droplet Digital PCR）解析のフロー

1. ドロップレットの作成

  • 専用カートリッジに調製した試料および専用オイルを分注します。
  • カートリッジをセットした後、試料を微小区画に分割します。
  • ターゲットDNA（■）とバックグラウンドDNA（■）がランダムに分散します。

2. PCR

  • 専用カートリッジの各ウェルで作成したドロップレットを、96ウェルのPCRプレートの各ウェルに移し、シーリングを行います。
  • その後、それぞれの微小区画で個別にPCR反応を行います。

3. ドロップレット蛍光測定およびデータ解析

  • PCR終了後、96ウェルPCRプレートをQX200 Droplet Readerにセットします。
  • 各ウェル内のドロップレットの蛍光を測定し、ポジティブな微小区画の数およびネガティブな微小区画の数を直接カウントします。
  • QuantaSoftソフトウェアを使用し、ポジティブな微小区画の割合からターゲットの濃度(コピー/μl)を算出します。

※ セルフリーDNAの解析は、解析用に専用採血管を準備し、全血より血漿の回収から受託いたします。凍結した血清、血漿からの受託も可能です。

デジタルPCR解析受託サービス項目

特長

  • 高精度：1.1倍の希釈系列も判別可能です。リアルタイムPCRでは困難な低濃度域でも高精度で測定可能です。
  • 高感度：微量な遺伝子発現の定量も可能です。0.001％レベルのレアミューテーションも検出可能です。
  • 絶対定量：コントロールを用いた検量線作製が不要です。エンドポイント測定で増幅効率の影響を低減できます。
  • 幅広い活用例：環境DNAの測定、微生物・病原体の検出、がん研究におけるレアミューテーションの検出などに利用できます。

適用

  • がん研究, 治療耐性のモニタリング
  • 海洋、河川、排水などの環境水、土壌に含まれる微生物などの研究
  • 通常のリアルタイムPCRより高感度のデータを取得

検体提出から解析までの流れ

以下は一例です。詳細は、☞ 当社受託・特注品業務担当までお問い合わせ下さい。

  1. ①核酸またはDNA・RNA抽出・品質評価
  2. ②条件検討
  3. ③デジタルPCR解析
  4. ④データ報告

対応可能な試料の例

  • 全血（EDTA採血管など）
  • 血清, 血漿
  • 組織・細胞
  • FFPEブロック
  • 未染スライド
  • DNA, RNA
  • 対象水域から採取した水
  • 対象地域の土壌から採取した土

基本納品物

  • 試験報告書
  • 解析データ（CD-R / DVD-R）

納期

  • ターゲットプライマープローブ調達：2週間～
  • （予備検討試験）：10営業日～
  • 解析：15営業日～

 ☞ ゲノムDNAのコピー数変異（CNV）解析    ☞ 変異型遺伝子の高感度検出    ☞ 環境中の特定生物種やウイルス種などのDNAのコピー数の解析    ☞ ターゲット遺伝子発現の高感度検出 



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ゲノムDNAのコピー数変異（CNV）解析

デジタルPCRを用いたゲノムDNAのコピー数変異（CNV）解析受託サービスです。ターゲット領域の遺伝子重複、欠失のゲノム上の変化を検出することで、疾患や治療薬剤に関する感受性・抵抗性などの研究をサポートします。


特長

  • 僅かなコピー数の差も検出できます。
  • PCR効率によるバイアスがなく、より正確な解析が可能です。
  • 制限酵素処理と組み合わせることで、遺伝子のコピーが同じ染色体に存在するタンデムコピーかどうかの解析も可能です。

適用

  • がん研究
  • 遺伝性疾患研究
  • 治療薬剤感受性研究

サービス基本仕様

  1. DNA抽出
  2. 品質評価
  3. デジタルPCR
  4. コピー数算出

対応可能な試料の種類

  • 全血（EDTA採血管など）
  • 血清、血漿
  • 組織・細胞
  • FFPEブロック
  • 未染スライド
  • DNA

※ 上記基準に満たない場合、その他の試料の性状の場合は☞ 当社受託・特注品業務担当までお問い合わせ下さい。


オプションサービス

  • 病理医による各種評価
  • マクロダイセクション
  • DNA抽出

関連するアプリケーション

  • マイクロアレイ ～ コピー数変異（CNV） ～
  • リアルタイムPCR ～ コピー数変異（CNV） ～
  • DNA-FISH

ご注文に際して提供いただきたい情報

以下の情報をご提供いただけると、お見積のご案内がスムーズです（未定の項目があっても構いません）。

  1. ご希望のサービス名（例：デジタルPCR～コピー数変異（CNV）～）
  2. 生物種
  3. 試料の性状（全血、血清、血漿、組織・細胞、FFPEブロック、未染スライド、DNAなど）
  4. 試料数
  5. ターゲット遺伝子名
  6. プライマー・プローブのご提供有無

 ☞ 環境中の特定生物種やウイルス種などのDNAのコピー数の解析    ☞ ターゲット遺伝子の高感度発現解析 


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変異型遺伝子の高感度検出

デジタルPCRを用いた変異型遺伝子を高感度に検出する受託サービスです。リキッドバイオプシー試料や原発巣・転移巣のFFPE試料中などに含まれるがん遺伝子や、がん抑制遺伝子の変異を解析することで、がん研究をサポートします。

特長

  • 0.005～0.1%のレアミューテーションの検出が可能です（BRAF V600Eの検出では0.001%オーダー）。
  • PCR効率によるバイアスがなく、より正確な解析が可能です。
  • 2チャネル（FAM、HEXまたはVIC）で構成されており、同一反応内で野生型と変異型の割合の算出が可能です。

適用

  • がん研究
  • 治療耐性のモニタリング

サービス基本仕様

DNA抽出→濃度測定・品質評価→デジタルPCR解析→変異型遺伝子の定量または野生型遺伝子に対する割合の算出

  1. DNA抽出
  2. 品質評価
  3. デジタルPCR
  4. 変異型遺伝子検出／変異比率算出

※ FFPE試料の場合、HE標本作製の病理医評価に基づく腫瘍領域のマクロダイセクションも実施できます。
※ 条件検討からの実施でカスタムのプライマー・プローブも使用可能です。


解析フロー

変異型遺伝子の高感度検出の解析フロー

図をクリックすると拡大します（🔍）

変異型遺伝子の高感度検出の解析フロー

  1. ☞ 合成・検証したプライマー・プローブ（BIO RAD Laboratories社）のカタログはこちらをご覧下さい。
  2. 市販のDNA・合成遺伝子などを使用し数wellでの検出確認、またはいくつかの濃度条件（7点前後）を振った検出限界の確認を行います。
  3. 温度条件を8点設定し至適条件の検討を行います。
  4. 濃度条件を数点（7点前後）振り、検出限界の検討を行います。

⇨ 上記のアッセイワーク確認または至適条件検討後に実測検体の測定を行います。


対応可能な試料の種類

  • 全血
  • 血清、血漿
  • 組織・細胞
  • FFPEブロック
  • 未染スライド
  • DNA

※ 上記基準に満たない場合、その他の試料の性状の場合は☞ 当社受託・特注品業務担当までお問い合わせ下さい。


報告書内容例

DNA変異解析2Dプロット例

図をクリックすると拡大します（🔍）

DNA変異解析2Dプロット例

野生型（Wild type）と変異型（Mutation）、2種類の蛍光標識を検出し、ドロップレット毎にプロットした図


アニーリング温度の検討結果例

図をクリックすると拡大します（🔍）

アニーリング温度の検討結果例

検出限界の検討結果例

図をクリックすると拡大します（🔍）

検出限界の検討結果例


オプションサービス

  • 腫瘍領域病理医評価（腫瘍領域の面積または有核細胞の中の腫瘍細胞の割合）
  • マクロダイセクション
  • DNA抽出

関連するアプリケーション

  • ミスマッチ修復機構（MMR）関連タンパク質の免疫染色および病理評価
  • 免疫染色（IHC）
  • 病理診断
  • 病理画像解析

ご注文に際して提供いただきたい情報

以下の情報をご提供いただけると、お見積のご案内がスムーズです（未定の項目があっても構いません）。

  1. ご希望のサービス名（例：デジタルPCR～変異解析～）
  2. 生物種
  3. 試料の性状（全血、血清、血漿、組織・細胞、FFPEブロック、未染スライド、DNAなど）
  4. 試料数
  5. ターゲット遺伝子名、変異領域
  6. 解析区分：変異型遺伝子検出／変異比率算出
  7. プライマー・プローブのご提供有無

 ☞ ゲノムDNAのコピー数変異（CNV）解析    ☞ ターゲット遺伝子の高感度発現解析 


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環境中の特定生物種やウイルス種などのDNAのコピー数の解析

デジタルPCRを用いて環境中の特定生物種やウイルス種などのDNAのコピー数を解析することで、生物分布調査、公衆衛生、疫学研究のご研究をサポートします。

特長

  • 僅かなコピー数まで検出可能です。
  • PCR効率によるバイアスがなく、より正確な解析が可能です。
  • 反応阻害の影響を受けにくく、また外部標準DNAなどを必要とせず絶対定量ができます。

適用

  • 海洋、河川、排水などの環境水の研究
  • 土壌に含まれる微生物の研究

サービス基本仕様

  1. DNA抽出
  2. 品質評価
  3. デジタルPCR
  4. コピー数算出

対応可能な試料の種類

  • DNA
  • 対象水域から採取した水
  • 対象地域の土壌から採取した土

※ 水からのDNA抽出につきましては、お客様ご自身で濃縮を実施して下さい。
※ その他の試料の性状の場合は☞ 当社受託・特注品業務担当までお問い合わせ下さい。


オプションサービス

  • DNA抽出

関連するアプリケーション

  • リアルタイムPCR ～ コピー数解析（CNV） ～

ご注文に際して提供いただきたい情報

以下の情報をご提供いただけると、お見積のご案内がスムーズです（未定の項目があっても構いません）。

  1. ご希望のサービス名（例：デジタルPCR～環境DNA解析～）
  2. 生物種
  3. 試料の性状（DNA、対象水域から採取した水、対象地域の土壌から採取した土など）
  4. 試料数
  5. ターゲット遺伝子名
  6. プライマー・プローブのご提供有無

 ☞ ゲノムDNAのコピー数変異（CNV）解析    ☞ 変異型遺伝子の高感度検出 


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ターゲット遺伝子の高感度発現解析

デジタルPCRを用いた、ターゲット遺伝子の高感度の発現解析受託サービスです。エンドポイントシグナル数をカウントすることで低発現のターゲット遺伝子発現まで定量することが可能です。

特長

  • ターゲット遺伝子発現の絶対定量が可能です。
  • PCR効率によるバイアスがなく、より正確な解析が可能です。
  • 内部標準遺伝子による補正、プレート間差を気にすることなくデータを取得できます。

適用

  • スクリーニング試験、予備試験などで得られたターゲット遺伝子発現の定量評価
  • vs 病態モデル群、vs 開発品投与群などのターゲット遺伝子発現変化の研究
  • 通常のリアルタイムPCRより高感度のデータの取得
  • 初期の核酸量が少ないケースや、代謝速度が早い反応経路における微量発現mRNAおよびmiRNAの検出

サービス基本仕様

  1. RNA抽出
  2. 品質評価
  3. 逆転写反応
  4. デジタルPCR
  5. シグナルの算出

対応可能な試料の種類

  • total RNA
  • 全血
  • 細胞（5×106～1×107個、凍結ペレットまたはRNAlater浸漬）
  • 組織（5 mm角を超えない大きさ3～5個、凍結またはRNAlater浸漬）
  • FFPEブロック
  • 未染スライド

※ その他の試料の性状の場合は☞ 当社受託・特注品業務担当までお問い合わせ下さい。


オプションサービス

  • マクロダイセクション
  • total RNA抽出

関連するアプリケーション

  • マイクロアレイ ～ 遺伝子発現 ～
  • リアルタイムPCR ～ 遺伝子発現 ～
  • mRNA-ISH

ご注文に際して提供いただきたい情報

以下の情報をご提供いただけると、お見積のご案内がスムーズです（未定の項目があっても構いません）。

  1. ご希望のサービス名（例：デジタルPCR～遺伝子発現～）
  2. 生物種
  3. 試料の性状（total RNA、全血、細胞、組織など）
  4. 試料数
  5. ターゲット遺伝子名
  6. 内部標準遺伝子名
  7. プライマー・プローブのご提供有無

 ☞ ゲノムDNAのコピー数変異（CNV）解析    ☞ 変異型遺伝子の高感度検出    ☞ 環境中の特定生物種やウイルス種などのDNAのコピー数の解析 


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試料送付およびご注文方法について

詳細は、☞ 当社受託・特注品業務担当までお問い合わせ下さい。

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お問い合わせ先

（受託・特注品業務担当）

jutaku@funakoshi.co.jp

製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
表示価格に、消費税等は含まれていません。一部価格が予告なく変更される場合がありますので、あらかじめご了承下さい。

遺伝子工学・植物工学