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土壌試料からのマイクロバイオーム解析に適したゲノムDNAを効果的に抽出するキット SPINeasy DNA Pro Kit for Soil
掲載日情報：2023/04/21 現在Webページ番号：70829
土壌試料は、フミン酸、重金属、その他の芳香族化合物などのPCR阻害物質が存在する複雑な環境であり、下流の解析が難しいとされています。SPINeasy DNA Pro Kit for Soilは、バイオマスの少ない土壌や高度に汚染された土壌などのゲノムDNAの抽出が困難な土壌試料から、キットに含まれる破砕用ビーズLysing Matrix YBと ☞ 試料破砕装置FastPrep装置の組み合わせにより、土壌中の微生物を効果的に破砕し、マイクロバイオーム解析に適した高純度のゲノムDNAを抽出できるキットです。
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特長
- バクテリア、真菌、ウイルス、原生生物などのさまざまな微生物を効果的に溶解し、バイアスがないDNAが得られます。
- 得られたDNAは、PCRで阻害を示さず、PCR阻害物質の除去操作は必要ありません。
- ☞ FastDNA SPIN Kit for Soilと同様の収量が得られ、さらに純度の向上および処理時間の短縮をもたらします。
- 得られたDNAは、長鎖断片PCR、qPCR、および次世代シークエンシング（16Sおよび全ゲノム）を含む下流のアプリケーションにそのまま使用できます。
製品仕様
| DNA吸着法 | シリカメンブレン |
|---|---|
| フォーマット | ミニスピンカラム |
| バキュームマニホールド | 使用可 |
| 試料 | 土壌（砂／堆肥／堆積物／表土など） |
| 試料量 | 最大500 mg |
| 標準収量 | 最大50 μg（試料により異なります） |
| 溶出液量 | 30～100 μl | 所用時間 | 30 min（6 preps） |
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操作方法概略
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使用例
各種土壌試料から得られたDNA品質の比較
バイオマス／PCR阻害物質（高、中、低）がさまざまな土壌試料（各250 mg）から、本製品および他社キットでゲノムDNAを抽出した。バイオマス（中）の土壌試料は、-20℃で12～24ヶ月間保存したものであり、抽出したDNAの収量と完全性に悪影響を及ぼすものが含まれている可能性がある。DNAの収量と純度（A260/280とA260/230比）は、分光光度計で4重測定して評価した。プロットの各ドットは、1回の抽出を示す。水平バーは中央値を示す。DNAの完全性は、ゲル電気泳動で評価した。バイオマス（低）の土壌試料の場合、本製品と他社キットの性能を比較するために同量のDNA溶出液をゲルにアプライした。
DNAの増幅能によるPCR阻害物質存在の評価
未希釈のDNAを用いて、PCRと定量的PCRで、PCR阻害物質の存在の有無を評価した。
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図3．DNAの増幅能によるPCR阻害物質存在の評価
16S rRNA解析による微生物プロファイリング
図中に記載した4種類の抽出キットを使用し、高バイオマスの土壌試料から抽出したDNAについて、バクテリアの16S rRNA遺伝子の超可変領域V4（hypervariable region V4）に対するプライマーを使用して増幅した。NovaSeq PE250プラットフォーム（Illumina社）でNGS解読を行い、☞ Qiime 2パイプラインで解析を行った。
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キット内容
- Lysing matrix YB
- RNase A solution
- Buffer S1～S6
- Column S
- 2.0 ml collection tube
- 2 ml microcentrifuge tube
- 1.5 ml microcentrifuge tube
※ 試料破砕操作には、☞ FastPrep-24 5G Instrumentまたは☞ ボルテックスが必要です。その他の必要な試薬・装置類は、製品マニュアルをご確認下さい。
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価格
[在庫・価格 ：2025年04月25日 20時55分現在]
| 詳細 | 商品名 |
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SPINeasy DNA Pro Kit for Soil, 50 preps |
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[在庫・価格 ：2025年04月25日 20時55分現在]
SPINeasy DNA Pro Kit for Soil, 50 preps
文献数： 12
- 商品コード：6546-050
- メーカー：GEN
- 包装：1kit
- 価格：¥48,600
- 在庫：2個
- 納期：1週間程度 ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。
- 法規制等：
| 説明文 | 国内に在庫がなく，海外から取り寄せの場合は納期が異なります。 DNA抽出が困難な土壌試料からマイクロバイオーム解析に適した高純度かつバイアスのないゲノムを抽出するキット。試料破砕装置FastPrep装置によりバクテリア，真菌類，ウイルス，原生生物を含む幅広い生物を効率的に溶解した後，精製用カラムでゲノムDNAを精製する。SKU：116546050 |
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| 法規制等 | |||
| 保存条件 | 4℃ | 法規備考 | |
| 掲載カタログ |
ニュース2024年6月1日号 p.23 ニュース2023年7月1日号 p.23 ニュース2025年3月1日号 p.9
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| 製品記事 | DNA / RNA の抽出・精製および細胞ライセート調製システム FastPrep システム特集 |
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