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同一FFPE試料からDNAとRNAを両方精製できます！ Mag-Bind FFPE DNA/RNA 96 Kit

掲載日情報：2021/07/21 現在Webページ番号：70452

オメガ バイオテック /
Omega Bio-tek, Inc.
[メーカー略称：OMG]

同一のホルマリン固定パラフィン包埋（Formalin Fixed Paraffin Embedded、FFPE）組織試料からDNAおよびRNAを順次精製するキットです。磁気ビーズによる精製を採用しており、自動化装置への組み込みにも対応しています。有害なキシレンは使用しません。DNAのみ、またはRNAのみを精製することも可能です。

※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。

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FFPE由来DNAの新たな利用法（がん家族歴研究）について

FFPE由来DNAを用いた様々な試みがなされています。英国マンチェスター大学セントメアリーズ病院ゲノム医学センターのギャレス・エヴァンス教授のグループは、従来のリンパ球の代わりに、死亡した罹患者由来の180個のFFPE試料を用い、得られたDNAから次世代シークエンシングに基づく遺伝子パネルの開発・検証を行いました。内訳は、乳がん・卵巣がん患者（BRCA1/BRCA2遺伝子の生殖細胞変異を調査）、大腸がん・胃がん・卵巣がん・子宮内膜がん患者（遺伝性大腸がん・胃がんに関連する13遺伝子のパネルで調査）で、140例（78％）の解析が成功し、がんの家族歴に関連する29の生殖細胞変異が同定されたことを報告しました。病気にかかって亡くなった方のFFPE試料が、近親者の将来の健康管理に有効である可能性を示しています。

参考文献

  • Bennett, S., et al., Eur. J. Hum. Genet., 29(5), 861-871(2021). [PMID:33654310]

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特長

  • FFPE試料の脱パラフィン操作では、有害なキシレンを用いた溶解・除去の代わりに、ミネラルオイルを加えて加熱処理をします。
  • 1つのFFPE試料から、溶出液を変えてDNAとRNAの両方を精製できるため、貴重な試料から包括的な解析が行えます。
  • 精製には磁気ビーズを用いるため、手動処理にも、ハイスループットな自動化装置への組み込みにも適しています。
  • 独自のバッファーにより、試料中のホルムアルデヒドによる架橋を部分的に脱架橋します。
  • 得られたDNA/RNAへの他方の混入はありません。
  • 5時間未満で、脱パラフィン化処理から2種類の核酸精製を行えます。
  • DNA、RNAいずれかのみの精製も可能です。
  • 得られたDNAとRNAは、NGS、PCR、qPCR、リアルタイムRT-PCR、マイクロアレイ解析、microRNA解析などに使用できます。

仕様

  • 出発材料：FFPE組織
  • 溶出液量：50～200 μl
  • 試料量：厚さ10 μm未満のFFPE切片3枚
  • 処理能力：最大96試料
  • 精製法：磁気ビーズ

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DNAおよびRNA精製のプロトコル

画像内容説明
  1. FFPE試料にミネラルオイル（脱パラフィン化試薬）＊1を添加する。
  2. 90℃で3分間加熱し、脱パラフィンを行う。
  3. 試料にFDR bufferを添加し、2,000×gで1分間遠心分離する。
  4. 90℃で30分間、加温および300 rpmで撹拌しながらインキュベーションする。
  5. Proteinase K solutionを添加し、室温で30分間Proteinase K処理を行う。
  6. 90℃で60分間、加温および300 rpmで撹拌しながら脱架橋処理する。
  7. 脱架橋後、2,000×gで1分間遠心分離する。
  8. 下層のライセートを回収する。
  9. 磁気ビーズを用いて各種核酸＊2を精製する。以降の核酸精製処理は自動化装置が使用できる。

＊1 別途、ご用意下さい。
＊2 DNAのみを精製する場合は約1時間、RNAのみを精製する場合は約1.5時間、DNAおよびRNAを順次精製する場合は約2.5時間を要します。目的の核酸に応じたプロトコルの詳細はデータシートをご確認下さい。


核酸精製に用いるFFPE試料について

標準的なホルマリン固定およびパラフィン包埋の手順では、核酸の著しい断片化が起こります。DNA/RNAの断片化の程度を抑えるために、以下のガイドラインを推奨します。

  1. 組織試料の固定に、4～10%ホルマリンを使用する。
  2. 固定時間を14～24時間にする。
  3. 試料を完全に脱水してから包埋する。


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使用例

各種FFPE腫瘍組織から精製したDNAおよびRNAの平均収量

画像内容説明

画像内容説明

図1. 本製品と他社製品を用いて各種FFPE腫瘍組織から精製したDNAおよびRNAの平均収量の比較
それぞれの臓器由来FFPE腫瘍組織ブロックより薄切した3×10 μm切片（n＝5）から、各社製品それぞれの推奨プロトコルに従い、DNAおよびRNAを順次精製し、精製したDNAおよびRNAをTapeStation解析により定量した。
A：DNAの平均収量比較
B：RNAの平均収量比較


各種FFPE腫瘍組織から精製したDNAおよびRNAの純度

画像内容説明

画像内容説明

図2. 本製品と他社製品を用いて各種FFPE腫瘍組織から精製したDNAおよびRNAの純度の比較
各社製品を用いて回収したDNAおよびRNAの純度を分光光度法にて評価した。
A：DNAの純度比較
B：RNAの純度比較



各種脱パラフィン化試薬に対する適合性

画像内容説明

表1. 各種脱パラフィン化試薬に対するDNAおよびRNAの平均収量および純度の比較
4種類の脱パラフィン化試薬をそれぞれ使用した試料から本製品で精製したDNAおよびRNAの平均収量および純度を比較した。本製品は、試験したすべての脱パラフィン化試薬で同等の平均収量および純度が得られた。


FFPE大腸がん組織と対応する新鮮凍結（FF）大腸がん組織それぞれから精製したDNAおよびRNAのCt値比較

画像内容説明

表2. 本製品と他社製品を用いてFFPE大腸がん組織と対応する新鮮凍結（FF）大腸がん組織それぞれから精製したDNAおよびRNAのCt値
各社製品を用いてDNAおよびRNAを精製し、Ct値を比較した。本製品を用いて得られたRNAでは、新鮮凍結（FF）大腸がん組織試料に対するΔCt値が理論値である0に近く、FFPE処理される前の実際の組織試料の状態をより反映していることを示している。


各種FFPE腫瘍組織から精製したDNAおよびRNAを用いたPCR解析

画像内容説明

画像内容説明

図3. 本製品と他社製品を用いて各種FFPE腫瘍組織から精製したDNAおよびRNAのPCR解析の比較
それぞれの臓器由来のFFPE腫瘍組織ブロックより薄切した3×10 μm切片（n＝5）から、各社製品それぞれの推奨プロトコルに従い、DNAおよびRNAを順次精製し、精製したDNAおよびRNAを10倍希釈した試料の平均Ct値。DNAのCt値（A）は各キット間で同等、RNAのCt値（B）は本製品で有意に低く、A社製品およびB社製品と比較して、RNA収量が高いことを示している。



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キット内容

  • FDR buffer
  • Proteinase K solution
  • MB4 buffer
  • Mag-Bind particles CH
  • RMP buffer
  • Elution buffer
  • DNase digestion buffer
  • Mag-Bind DNase I
  • PHM buffer
  • Nuclease-free water

※ ミネラルオイル、シーリングフィルムなどが別途必要です。



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Webinar：同一FFPE試料からDNAとRNAを包括的に分析するための抽出方法



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[在庫・価格 ：2026年06月20日 13時55分現在]

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保存条件 室温,4℃,-20℃ 法規備考
掲載カタログ ニュース2024年11月15日号 p.7
ニュース2025年6月15日号 p.12
ニュース2022年1月合併号 p.10

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お問い合わせ先

（テクニカルサポート 試薬担当）

reagent@funakoshi.co.jp

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核酸の分離・精製