会員ID：
パスワード：

キーワード	：

キーワード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
製品区分	：	中止製品	：

キーワード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
中止製品	：

抗原種ヘルプ	：	交差性ヘルプ	：	免疫動物ヘルプ	：
標識ヘルプ	：	適用ヘルプ	：	性状ヘルプ	：
吸収処理ヘルプ	：	クラスヘルプ	：	クローンヘルプ	：

製品区分	：	一致条件	：	中止製品	：

メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：
メーカー略称	：選択	商品コード	：

CAS番号	：

メーカー略称	：選択	中止製品	：

メーカー：	Horizon社Dharmacon製品 OriGene Technologies
	Horizon社Dharmacon製品(メーカー略称：DHA)のRNAiコレクション，cDNAコレクション，Yeastコレクションなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら OriGene Technologies社(メーカー略称：ORI)のTrueClone / TrueORF / TrueORF Gold cDNAクローンなど，遺伝子機能研究に有用な遺伝子リソースを検索することができます。クローンコレクション検索の使い方はこちら
キーワード	：

WEBページ番号検索	：

HOME > 試薬 > 遺伝子工学 > 核酸の分離・精製 > ゲノムDNAの分離・精製 > Mag-Bind FFPE DNA / RNA 96 Kit
HOME > 試薬 > 遺伝子工学 > 核酸の分離・精製 > RNAの分離・精製 > Mag-Bind FFPE DNA / RNA 96 Kit

1つのFFPE組織試料からRNA/DNAを抽出できるキット Mag-Bind FFPE DNA / RNA 96 Kit

掲載日情報：2021/07/21 現在Webページ番号：70452

オメガバイオテック /
Omega Bio-tek, Inc.
[メーカー略称：OMG]

磁気ビーズを用いて、1つのキットでホルマリン固定パラフィン包埋（Formalin Fixed Paraffin Embedded, FFPE）組織試料からDNAまたはRNAをそれぞれ抽出します。汎用型の自動分注装置による自動化にも利用できます。有害なキシレンは使用しません。

※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。

FFPE由来DNAの新たな利用法（がん家族歴研究）
Webinar：同一FFPE試料からDNAとRNAを包括的に分析するための抽出ストラテジー
特長
仕様
操作方法概略
各種実験例
キット内容
価格

FFPE由来DNAの新たな利用法（がん家族歴研究）

FFPE由来DNAを用いた様々な試みがなされています。英国マンチェスター大学セントメアリーズ病院ゲノム医学センターのギャレス・エヴァンス教授のグループは、従来のリンパ球の代わりに、死亡した罹患者由来の180個のFFPE試料を用い、得られたDNAから次世代シークエンシングに基づく遺伝子パネルを開発・検証を行いました。内訳は、乳がん・卵巣がん患者（BRCA1/BRCA2遺伝子の生殖細胞変異を調査）、大腸がん・胃がん・卵巣がん・子宮内膜がん患者（遺伝性大腸がん・胃がんに関連する13遺伝子のパネルで調査）で、140例（78％）の解析が成功し、がんの家族歴に関連する29の生殖細胞変異が同定されたことを報告しました。病気にかかって亡くなった方のFFPE試料が、近親者の将来の健康管理に有効である可能性を示しています。

参考文献

Bennett, S., et al., Eur. J. Hum. Genet., 29(5), 861～871 (2021). PMID: 33654310

目次に戻る

Webinar：同一FFPE試料からDNAとRNAを包括的に分析するための抽出ストラテジー

目次に戻る

特長

FFPE試料の脱パラフィン操作では、有害なキシレンを用いた溶解・除去の代わりに、ミネラルオイルを加えて加熱処理をします。
1つのFFPE試料から、溶出液を変えてDNAとRNA両方を抽出するため、貴重な試料から包括的な解析が行えます。
精製には磁気ビーズを用いるため、自動化装置への組み込みに適しています。
独自のバッファーにより、試料中のホルムアルデヒドによる架橋を部分的に脱架橋します。
得られたDNA/RNAへの他方の混入はありません。
DNA、RNAいずれかのみの抽出も可能です。
得られたDNAとRNAは、NGS、PCR、qPCR、リアルタイムRT-PCR、マイクロアレイ解析、microRNA解析などに使用できます。

目次に戻る

仕様

出発材料：FFPE組織
液量：50～200μl
試料量：厚さ10μm未満のFFPE切片3枚
処理能力：最大96試料
抽出法：自動または手動

目次に戻る

操作方法概略

FFPE試料にミネラルオイル（別途用意）を加え、56℃でのインキュベートと遠心分離でパラフィンを溶解・除去する。
FDR bufferおよびProteinase Kを加え、56℃でのインキュベートでFFPE試料を溶解する。
ライセートを90℃に加熱して、Proteinase Kの失活と、核酸中の架橋の回復を行う。
ライセートにMB4 bufferとMag-Bind particles CHを加えてDNAを結合させ、精製・溶出を行う。
RNAを含む上清にイソプロパノール（別途用意）を加え、これに新たなMag-Bind particles CHを加えてRNAを結合させ、精製・溶出を行う。

■核酸抽出に用いるFFPE試料について

標準的なホルマリン固定、パラフィン包埋の手順では、核酸の著しい断片化が起こります。DNA / RNAの断片化の程度を抑えるために、以下のガイドラインを推奨します。

組織試料の固定に、4～10%ホルマリンを使用する。
固定時間を14～24時間にする。
試料を完全に脱水してから包埋する。

目次に戻る

各種実験例

実験例1：がんFFPE試料から得られた核酸の平均収量

3種類のがん組織（乳がん、肺がん、大腸がん）の1 x 10 μm切片について、3種類のキット（Omega Bio-tek社、A社、B社）にてそれぞれの推奨プロトコルに従い核酸抽出操作を行い、平均収率（n=3）を求めた。定量化には NanoDrop 2000cシステム（Thermo Fisher Scientific社）、QuantiFluor dsDNA and RNAシステム（Promega社）を使用した。いずれの場合も、Omega Bio-tek社キットの収率は、A社やB社キットの収率よりも勝っていた。

実験例2：各種がんのFFPE試料から得られたDNAおよびRNAの純度の比較

各社のキットを用いて単離したDNA（図A）およびRNA（図B）の純度を、分光光度法にて検討した。
A₂₆₀ / A₂₈₀の比は実線の棒グラフで、A₂₆₀ / A₂₃₀の比は斜線の棒グラフで示した。Omega Bio-tek社キットによるDNAおよびRNAのA₂₆₀ / A₂₈₀の平均値は、それぞれ純粋なDNAおよびRNAを示す理論値である1.8および2.0に近い値であり、抽出プロトコルによりDNAとRNAが別々の溶出液に効率よく分離されたことを示した。一方、A社およびB社の場合、抽出したDNAのA₂₆₀ / A₂₈₀の比が2.0に近かったことから、DNA溶出液にRNAが混入している可能性が示された。A₂₆₀ / A₂₃₀比により二次的な純度の測定を行ったところ、精製されたDNAおよびRNAの値は、Omega Bio-tek社が1.33～1.72、A社が0.64以下であった。B社については、A₂₆₀ / A₂₃₀比は、DNAでは2.0以上、RNAでは0.60未満であり、Omega Bio-tek社のキットで抽出された核酸が、他の2社のキットで抽出された核酸よりも高品質であることが示された。

実験例3：得られたDNAおよびRNAを用いたReal-time PCR分析

3社のキットのプロトコルに従って得られたDNAおよびRNAの品質と下流の実験への適用に関し、qPCRから得られたThreshold Cycle（C_t）値を比較することによって評価した。10倍希釈したDNA（A）およびRNA（B）の溶出液を用い、ヒト由来DNAおよびRNAに特異的なプライマーを用いたリアルタイムPCRを各メーカーの推奨プロトコルに従い3回行い、得られた平均C_t値を示した。それぞれのFFPE試料からA社およびB社キットで抽出されたDNAやRNAと比べて、Omega Bio-tek社のキットで得られた核酸は、より少ないサイクル数で増幅され、優れた増幅能力と感度の高さを示した。例えば、乳がん組織試料からOmega Bio-tek社キットで精製されたDNAは、A社キットの場合よりも～1.34サイクル、B社キットの場合より～2.35少ないサイクルで増幅され、高収量であることが示された。

実験例4：各種がんのFFPE試料から抽出したRNAに含まれる長鎖断片の比率

FFPE試料の由来	メーカー	RNAのDV₂₀₀
胸部	Omega Bio-tek社	74.90％
	A社	70.54％
	B社	59.38％
肺	Omega Bio-tek社	76.86％
	A社	69.85％
	B社	60.28％
結腸直腸	Omega Bio-tek社	70.97％
	A社	66.75％
	B社	38.40％

それぞれの試料から各社キットで抽出したRNAについてTapeStation 2200（Agilent社）で解析し、3種のがん由来FFPE試料から抽出したRNAのDV₂₀₀値（200 nt以上のフラグメントの割合）を評価した。いずれの抽出方法でも、DV₂₀₀値は20%以上であり、Illumina社のNGS解析で必要とされるFFPE試料からのRNAの品質を満たしていた。しかし、Omega Bio-tek社製品で抽出したRNAは、A社およびB社のキットで抽出したRNAに比べて、200ヌクレオチド以上の断片の割合が有意に高く、高品質なRNAであることが判明した。

実験例5：大腸がん組織のFFPEおよび新鮮凍結組織試料から抽出したDNAのΔCq値

メーカー	結腸直腸試料	Cq（or Ct）	ΔCq値／凍結組織試料
Omega Bio-tek社	FFPE	25.42	3.10
A社	FFPE	26.39	4.06
B社	FFPE	27.64	5.32
n/a	新鮮凍結試料	22.33	n/a

大腸がん患部から摘出した組織を、そのまま新鮮凍結保存した試料とFFPE試料で、Omega Bio-tek社、およびA社、B社のキットを用いて精製したDNAについて、ΔCq値を求めた。Omega Bio-tek社製品の場合、ΔCq値はA社およびB社のキットを用いて得られたものよりも低値であった。このことは、得られた核酸の品質が高く、FFPE処理される前の実際の組織試料をより忠実に再現していることを示している。TruSight Tumor 170（Illumina社）ライブラリの最適なパフォーマンスのためには、ΔCq ＜5が推奨されており、Omega Bio-tek社とA社製品で抽出したDNAはこの要件を満たしているのに対し、B社製品で精製したDNAはこの基準を満たしていなかったことを示した。

実験例6：各種がん由来FFPE試料から抽出したDNAのシークエンス指標値

FFPE試料の由来	メーカー	インサートサイズの中央値	Exon bases（％）	Aligned reads（％）
胸部	Omega Bio-tek社	165	96.8	84.9
	A社	164	94.5	84.6
	B社	161	94.0	82.5
肺	Omega Bio-tek社	162	93.9	83
	A社	162	89.4	83.5
	B社	149	79	53.8
結腸直腸	Omega Bio-tek社	160	96.1	82
	A社	157	95.2	80.3
	B社	156	91.8	77.8
	凍結試料	176	95.9	89.5

異なるキットで抽出したDNAについて、シークエンス指標（インサートサイズの中央値（bp）、Exon basesの割合（250xカバレッジ）、Aligned readsの割合）を追跡した。インサートサイズの中央値は、TruSight 170パネル（Illumina社）用に定められた品質閾値79 bpを満たしていた。Omega Bio-tek社キットの性能は、A社のものと同等であり、B社製品と比べると、ほとんどの指標で優れていると思われた。大腸がん試料の場合では、Omega Bio-tek社製品によるFFPE試料由来DNAの品質指標は、新鮮な凍結試料に近いものであった。例えば、インサートサイズの中央値は、凍結試料では176、Omega Bio-tek社製品では160であったのに対し、A社とB社ではそれぞれ157、156と低めであった。また、Exon bases（%）とAligned reads（%）に関しても同様であった。これは、Omega Bio-tek社製品を用いたFFPE試料からのDNA抽出法がより高品質であることを示しており、よって新鮮凍結試料から抽出したDNAの値をより正確に反映していると考えられる。

実験例7：大腸がん組織FFPE試料由来DNAにおける変異検出と新鮮凍結コントロールとの比較

Omega Bio-tek社およびA社、B社のキットを使用して大腸がん組織FFPE試料から抽出したDNAについて、TP53遺伝子とPIK3R1遺伝子の2つの報告された変異を解析した小規模な変異検出（バリアントコーリング）分析で、新鮮な凍結組織（対照）と比較した。いずれのキットでも、同じ変異が検出されたことを示している。しかし、ここで報告された変異について、新鮮な凍結組織由来試料とFFPE試料の対立遺伝子頻度とカバー率を比較すると、Omega Bio-tek社の抽出物が対照試料由来抽出物と最も一致していた。乳がんおよび肺がんのFFPE組織試料をシークエンスした場合も、同様の結果が得られた（結果は省略）。

目次に戻る