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ターゲットRNAに結合するタンパク質を短時間で回収できます RNA-Protein Interactome MagIC Beads Kit

掲載日情報：2023/02/21 現在Webページ番号：68447

エレメントゼロ バイオラボ /
ElementZero Biolabs
[メーカー略称：ELZ]

ターゲットRNAに結合しているタンパク質を濃縮する製品です。ターゲットRNAを捕捉するプローブをビーズ表面上で直接合成した磁気ビーズを用いることで、特定のRNAに結合をしたタンパク質を短時間に高効率で濃縮できます。リボ核タンパク質複合体（RNP：Ribonucleoprotein）研究に有用です。
また、カタログ製品の他に、任意のRNAとタンパク質の複合体を濃縮するキットのカスタム作製も承ります。
※ NGSに用いるターゲットRNAを磁気ビーズで濃縮するキットについてはこちらをご覧下さい。
※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。


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Magnetic Instant Capture Beads（MagIC Beads）を用いたRNA Interactome解析について

特定の転写産物が形成するリボ核タンパク質複合体（RNP）の組成の同定は、RNA研究において非常に重要です。この解析を行うには、細胞にUV照射することでRNAとタンパク質を架橋し、さらにアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いて、RNA配列特異的にターゲットを捕捉する必要があります。
一般的には、目的のRNA配列に相補的なビオチン標識オリゴヌクレオチドプローブとストレプトアビジン標識ビーズを組み合わせて、対象のRNA-タンパク質複合体を回収します。しかしこの手法では、反応時間を要することや高塩濃度バッファー下で形成されるRNAの二次構造による影響などの制約がありました。

ElementZero Biolabs社では、RNA捕捉用プローブをビーズ表面上で直接合成した磁気ビーズMagnetic Instant Capture Beads（MagIC Beads）＊を用いることでこの問題を解決し、RNA－タンパク質間相互作用研究用のツールとしてRNA Interactome MagIC Beads Kitを提供しています。
＊ MagIC Beadsの詳細についてはこちらをご覧下さい。

本キットは、ターゲットRNAに特異的なプローブを有するMagIC Beadsと最適化されたバッファーのセットで構成されており、細胞溶解条件、捕捉条件、捕捉プローブの特性を標準化し、RNAの長さや二次構造に関係なく、様々なターゲットに対して一様に高い濃縮効率を示します。また、ターゲットRNAと共捕捉されたタンパク質は、質量分析、ウエスタンブロッティング、銀染色などの様々な方法で解析することができます。


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特長


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ターゲットRNAの濃縮の確認例

ターゲットRNAの濃縮の確認例MALAT1

UVクロスリンクしたHEK293細胞のライセートに、Non-targetingおよびMALAT1に対するMagIC Beadsを加えて、インキュベーションした。その後、各ビーズに結合をしたRNA－タンパク質複合体を洗浄し、溶出した。溶出したRNAおよび未処理RNA（Input）からcDNAを合成し、濃縮前（Input）および濃縮後の試料中のMALAT1、ACTB、GAPDHおよび18S rRNAの量をqPCRで測定をした。それぞれの試料において、MALAT1のGAPDH、ACTB、18S rRNAに対する量比を算出し、Non-targetingビーズを用いた場合と比較したところ、MALAT1に対するビーズを使用した場合、10,000倍以上に濃縮されることが示された。



ターゲットRNAの濃縮の確認例CDR1AS

UVでクロスリンクしたマウス脳のライセートに、CDR1ASに対するMagIC Beadsを加えて、インキュベーションした。その後、ビーズに結合をしたRNA－タンパク質複合体を洗浄し、溶出した。溶出したRNAおよび未処理RNA（Input）からcDNAを合成し、濃縮前（Input）および濃縮後の試料中のCDR1AS、GAPDHおよび18S rRNAの量をqPCRで測定をした。CDR1ASのGAPDH、18S rRNAに対する量を比較したところ、CDR1ASに対するビーズを使用した場合、100,000倍以上に濃縮されることが示された。



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操作方法概略


操作方法概略

  1. 別途クロスリンクした細胞・組織のライセートにMagIC Beadsを加え、インキュベートする。
  2. ビーズ上のDNAプローブがターゲットのRNA－タンパク質複合体へと結合する。
  3. 磁石を用いてビーズを回収し、洗浄をする。
  4. ビーズに捕捉されたRNA－タンパク質複合体を溶出し、ビーズを試料から除く。
  5. 回収したRNA－タンパク質複合体は下流の解析へと使用できる。

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キット内容

  • MagIC Beads
  • MagIC lysis buffer UV
  • MagIC lysate dilution buffer FA
  • MagIC wash bufferⅠ FA
  • MagIC wash bufferⅡ FA

※ 溶出用バッファー（nuclease-free、10 mM Tris-HCl、pH 7,5）、磁気ラック、加温しながらの撹拌が可能な振とう式ブロックインキュベーター（例：Thermo Shaker TS-100シリーズ）、クロスリンク試薬（例：4-Thiouridine）およびUV照射装置（例：UVクロスリンカーCL-3000シリーズ）などが別途必要です。
※ UVクロスリンク法の他に、ホルムアルデヒド固定試料にも使用できます。各プロトコルはメーカーホームページのRNA-protein interactome - RNA Interactome MagIC BeadsおよびChemical cross-linkingよりご覧下さい。


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カスタムRNA-Protein Interactome MagIC Beads Kit作製受託サービス

カタログ製品がない任意のRNA（シングルおよびプールに対応）とタンパク質の複合体を濃縮するカスタムキットの構築を承ります。下記の項目などについてご確認の上、お問い合わせ下さい。

ご確認いただく項目の例

  • キットの反応数（8、16、32 reactionsから選択）＊
  • 対象RNAの生物種名（ヒト、マウス、ラット、その他）
  • 対象となるRNAの数
  • 対象となるRNAの因子名および配列情報（FASTA fileのご提供が望ましい）

＊対象のRNAの存在量やアプリケーション等によって、実際の使用反応数は変わります。

ご注文方法

ご依頼内容に応じてお見積もりします。詳細は、当社受託・特注品担当（jutaku@funakoshi.co.jp）までお問い合わせ下さい。


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カタログ製品のラインナップ

商品コードをクリックすると各製品の価格表をご覧いただけます。

カテゴリー キット名 濃縮対象 反応数 商品コード
ヒトRNA Homo sapiens GAPDH ヒトGAPDHのmRNAに結合したタンパク質 8 RI8hsgapdh
Homo sapiens MALAT1 ヒトMALAT1のmRNAに結合したタンパク質 8 RI8hsmlt1
Homo sapiens Myotic Dystrphy
Related CUG Repeat		 筋強直性ジストロフィーに関連するCUGリピート配列を有する
mRNAに結合したタンパク質		 8 RI8hscugre
18S Human ヒト18S rRNAに結合したタンパク質 16 RRh18s16
48 RRh18s48
28S Human ヒト28S rRNAに結合したタンパク質 16 RRh28s16
48 RRh28s48
マウスRNA Mus musculus cdr1as マウスcdr1asのmRNAに結合したタンパク質 8 RI8mmcdras
Mus musculus GAPDH マウスGAPDHのmRNAに結合したタンパク質 8 RI8mmgapdh
18S Mouse マウス18S rRNAに結合したタンパク質 16 RRm18s16
48 RRm18s48
28S Mouse マウス28S rRNAに結合したタンパク質 16 RRm28s16
48 RRm28s48
哺乳類
感染
ウイルス
RNA		 Chikungunya Virus チクングニアウイルス（CHIKV）のウイルスRNAに
結合したタンパク質（感染細胞試料）		 8 RI8chikv
Dengue Virus デングウイルス（DENV）のウイルスRNAに
結合したタンパク質（感染細胞試料）		 8 RI8denv
Ebola エボラウイルス（EBOV）のウイルスRNAに
結合したタンパク質（感染細胞試料）		 8 RI8ebov
Hepatitis C C型肝炎ウイルス（HCV）のウイルスRNAに
結合したタンパク質（感染細胞試料）		 8 RI8hcv
Hepatitis E E型肝炎ウイルス（HEV）のウイルスRNAに
結合したタンパク質（感染細胞試料）		 8 RI8hev
HIV ヒト免疫不全ウイルス（HIV）のウイルスRNAに
結合したタンパク質（感染細胞試料）		 8 RI8hiv
MERS-CoV 中東呼吸器症候群コロナウイルス（MERS-CoV）のウイルスRNAに
結合したタンパク質（感染細胞試料）		 8 RI8mcov
SARS-CoV-2 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）のウイルスRNAに
結合したタンパク質（感染細胞試料）		 8 RI8scov2
Yellow Fever Virus 黄熱ウイルス（YFV）のウイルスRNAに
結合したタンパク質（感染細胞試料）		 8 RI8yfz
Zika Virus ジカウイルスのウイルスRNAに
結合したタンパク質（感染細胞試料）		 8 RI8zikv
昆虫感染
ウイルス
RNA		 Deformed Wing Virus (DWV) チヂレバネウイルス（DWV）のウイルスRNAに
結合したタンパク質（感染細胞試料）		 8 RI8dww
植物感染
ウイルス
RNA		 Cassava Brown Streak Virus (CBSV) キャッサバ褐色条斑ウイルス（CBSV）のウイルスRNAに
結合したタンパク質（感染細胞試料）		 8 RI8cbsv
Ugandan Cassava Brown Streak Virus
(UCBSV)		 ウガンダキャッサバ褐色条斑ウイルス（UCBSV）のウイルスRNAに
結合したタンパク質（感染細胞試料）		 8 RI8ucbsv
East African Cassava Mosaic Virus
(EACMV)		 東アフリカキャッサバモザイクウイルス（EACMV）のウイルスRNAに
結合したタンパク質（感染細胞試料）		 8 RI8eacmv
その他の
RNA		 MS2 バクテリオファージMS2のRNAに結合したタンパク質 8 RI8ms2
Negative Control Beads - LacZ LacZ遺伝子を対象としたネガティブコントロール用 8 RNC8lacz

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ヒトRNA

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RNA Interactome MagIC Beads Homo sapiens(Human) GAPDH Kit(8 reactions)

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RNA Interactome MagIC Beads Homo sapiens(Human) MALAT1 Kit(8 reactions)

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rRNA interactome capture 18S Human Kit(16 reactions)

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rRNA interactome capture 18S Human Kit(48 reactions)

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マウスRNA

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RNA Interactome MagIC Beads Mus musculus(Mouse) GAPDH Kit(8 reactions)
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rRNA interactome capture 28S Mouse Kit(16 reactions)
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RNA Interactome MagIC Beads Mus musculus(Mouse) cdr1as Kit(8 reactions)

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説明文 マウスGAPDHのmRNAに結合しているタンパク質をRNA-タンパク質複合体としてプローブ付き磁気ビーズを用いて回収する製品。
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哺乳類感染ウイルスRNA

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新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）感染細胞から，同ウイルスRNAに結合しているタンパク質をRNA-タンパク質複合体としてプローブ付き磁気ビーズを用いて回収する製品。
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RNA Interactome MagIC Beads MERS-CoV Kit(8 reactions)

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説明文 中東呼吸器症候群コロナウイルス（MERS-CoV）感染細胞から，同ウイルスRNAに結合しているタンパク質をRNA-タンパク質複合体としてプローブ付き磁気ビーズを用いて回収する製品。
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RNA Interactome MagIC Beads SARS-CoV-2 Kit(8 reactions)

文献数： 0

説明文 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）感染細胞から，同ウイルスRNAに結合しているタンパク質をRNA-タンパク質複合体としてプローブ付き磁気ビーズを用いて回収する製品。
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RNA Interactome MagIC Beads Yellow fever virus Kit(8 reactions)

文献数： 0

説明文 黄熱ウイルス（YFV）感染細胞から，同ウイルスRNAに結合しているタンパク質をRNA-タンパク質複合体としてプローブ付き磁気ビーズを用いて回収する製品。
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RNA Interactome MagIC Beads Zika virus Kit(8 reactions)

文献数： 0

説明文 ジカウイルス感染細胞から，同ウイルスRNAに結合しているタンパク質をRNA-タンパク質複合体としてプローブ付き磁気ビーズを用いて回収する製品。
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昆虫感染ウイルスRNA

[在庫・価格 ：2025年02月13日 20時55分現在]

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RNA Interactome MagIC Beads Deformed wing virus (DWV) Kit(8 reactions)
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説明文
チヂレバネウイルス（DWV）感染細胞から，同ウイルスRNAに結合しているタンパク質をRNA-タンパク質複合体としてプローブ付き磁気ビーズを用いて回収する製品。
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[在庫・価格 ：2025年02月13日 20時55分現在]

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RNA Interactome MagIC Beads Deformed wing virus (DWV) Kit(8 reactions)

文献数： 0

説明文 チヂレバネウイルス（DWV）感染細胞から，同ウイルスRNAに結合しているタンパク質をRNA-タンパク質複合体としてプローブ付き磁気ビーズを用いて回収する製品。
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植物感染ウイルスRNA

[在庫・価格 ：2025年02月13日 20時55分現在]

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RNA Interactome MagIC Beads Cassava brown streak virus (CBSV) Kit(8 reactions)
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説明文
キャッサバ褐色条斑ウイルス（CBSV）感染細胞から，同ウイルスRNAに結合しているタンパク質をRNA-タンパク質複合体としてプローブ付き磁気ビーズを用いて回収する製品。
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RNA Interactome MagIC Beads Ugandan cassava brown streak virus (UCBSV) Kit(8 reactions)
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ウガンダキャッサバ褐色条斑ウイルス（UCBSV）感染細胞から，同ウイルスRNAに結合しているタンパク質をRNA-タンパク質複合体としてプローブ付き磁気ビーズを用いて回収する製品。
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RNA Interactome MagIC Beads East African cassava mosaic virus (EACMV) Kit(8 reactions)
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説明文
東アフリカキャッサバモザイクウイルス（EACMV）感染細胞から，同ウイルスRNAに結合しているタンパク質をRNA-タンパク質複合体としてプローブ付き磁気ビーズを用いて回収する製品。
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[在庫・価格 ：2025年02月13日 20時55分現在]

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RNA Interactome MagIC Beads Cassava brown streak virus (CBSV) Kit(8 reactions)

文献数： 0

説明文 キャッサバ褐色条斑ウイルス（CBSV）感染細胞から，同ウイルスRNAに結合しているタンパク質をRNA-タンパク質複合体としてプローブ付き磁気ビーズを用いて回収する製品。
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RNA Interactome MagIC Beads Ugandan cassava brown streak virus (UCBSV) Kit(8 reactions)

文献数： 0

説明文 ウガンダキャッサバ褐色条斑ウイルス（UCBSV）感染細胞から，同ウイルスRNAに結合しているタンパク質をRNA-タンパク質複合体としてプローブ付き磁気ビーズを用いて回収する製品。
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RNA Interactome MagIC Beads East African cassava mosaic virus (EACMV) Kit(8 reactions)

文献数： 0

説明文 東アフリカキャッサバモザイクウイルス（EACMV）感染細胞から，同ウイルスRNAに結合しているタンパク質をRNA-タンパク質複合体としてプローブ付き磁気ビーズを用いて回収する製品。
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その他のRNA

[在庫・価格 ：2025年02月13日 20時55分現在]

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 納期 文献数
RNA Interactome MagIC Beads MS2 Kit(8 reactions)
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バクテリオファージMS2に結合しているタンパク質をRNA-タンパク質複合体としてプローブ付き磁気ビーズを用いて回収する製品。
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Interactome Negative Control Beads LacZ beads Kit(8 reactions)
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LacZ遺伝子を対象としたRNA Interactome MagIC Kitのネガティブコントロール用キット。
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RNA Interactome MagIC Beads MS2 Kit(8 reactions)

文献数： 0

説明文 バクテリオファージMS2に結合しているタンパク質をRNA-タンパク質複合体としてプローブ付き磁気ビーズを用いて回収する製品。
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Interactome Negative Control Beads LacZ beads Kit(8 reactions)

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説明文 LacZ遺伝子を対象としたRNA Interactome MagIC Kitのネガティブコントロール用キット。
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