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ターゲットRNAを短時間・高効率に濃縮できます RNA Seq MagIC Beads Kit

掲載日情報：2023/01/13 現在Webページ番号：68446

エレメントゼロ バイオラボ /
ElementZero Biolabs
[メーカー略称：ELZ]

次世代シークエンス（NGS：Next Generation Sequence）によるターゲットシークエンスを行うために、ターゲットRNAを濃縮する製品です。ターゲットRNAを捕捉するプローブをビーズ表面上に直接合成した磁気ビーズを用いることで、特定のRNAのみを短時間に高効率で濃縮できます。
この磁気ビーズを用いることで、完全長のRNAを濃縮することが可能となるため、Illumina社（ショートリードシークエンス）だけでなく、Oxford Nanopore Technologies社などの第3世代ロングリードシークエンスでの解析にも対応しています。
また、カタログ製品の他に、任意のRNAに対する濃縮キットのカスタム作製も承ります。
※ RNA－タンパク質複合体を磁気ビーズで濃縮するキットについてはこちらをご覧下さい。
※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。


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Magnetic Instant Capture Beads（MagIC Beads）について

MagIC Beadsの構造

図：MagIC Beadsの構造
1：磁性粒子
2：長い分子リンカー
3：捕捉用DNAプローブ
　（通常25～40 nt）

本キットに使用されているMagnetic Instant Capture Beads（MagIC Beads）は、磁性ナノ粒子の表面上で、捕捉用のDNAプローブが直接合成されています。DNAプローブは、長いリンカーを介して5’側がビーズに共有結合しており、この長いリンカーを使用することで、ビーズ表面とプローブの間に十分な距離を取ることができ、立体障害による結合阻害が起きにくい設計になっています。ビオチン標識オリゴヌクレオチドプローブとストレプトアビジン標識ビーズを組み合わせて核酸を濃縮する従来のアプローチと比較して、MagIC Beadsは以下の優位点があります。

  • 磁気ビーズ上にプローブが直接結合しているため、従来法で必要なビーズへの結合ステップが不要であり、操作時間・ステップが簡略化されます。

  • MagIC Beadsは、ターゲットRNA分子中の複数の領域をターゲットとする異なる配列を有する複数のプローブ配列を、ビーズの表面に有するように設計されており、これらのプローブが互いに近接して存在していることで、ターゲットRNAとの結合において相乗効果を発揮します。この効果により、ターゲットRNA分子を迅速かつ非常に安定に捕捉できます。

  • ビオチン標識プローブ法では、インキュベート時にビオチン―ストレプトアビジンの相互作用を安定的に保つために高塩濃度の条件で反応を行う必要がありますが、RNAの二次構造の形成により、高次構造を有したRNAや、長鎖の非断片化RNAを捕捉することが難しくなります。一方、MagIC Beadsは、比較的低濃度の条件で反応させることが可能で、長さや二次構造に関係なく、非断片化RNAでも効率良く捕捉することが出来ます。

  • カオトロピック試薬が低濃度だと、プローブ―RNA試料間での非特異的な結合が増加したり、RNaseによるRNA試料の分解が生じます。その一方で、高濃度のカオトロピック試薬は、ビオチン―ストレプトアビジンの相互作用を阻害するため、従来法では適切なカオトロピック試薬濃度での操作が行えませんでした。MagIC Beadsは、カオトロピック試薬を最適な濃度で使用できるため、その特性を活かして優れた特異性と効率性を実現しています。

表：MagIC Beadsと従来（ビオチン標識プローブ）法のRNA濃縮における比較

手法処理時間RNAの二次構造の影響得られるRNA
ビオチン標識プローブ法長い受ける主に断片化したRNA
MagIC Beads短い受けない非断片化RNAも得られる

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特長

  • 独自の技術を用いたMagIC Beadsを利用することで、対象のRNAを非常に高収量かつ特異的に濃縮します。
  • 実験操作は簡潔で、インキュベーション時間を含めて約2時間と短時間で完了します。
  • 完全長RNAの濃縮も可能のため、ロングリードシークエンスにも適用できます。
  • カタログ製品の他に、任意のRNAに対する濃縮キットのカスタム作製も承ります。

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使用例

ビオチン標識DNAプローブ法との比較

ビオチン標識DNAプローブ法との比較

SARS-CoV-2を感染させた培養細胞より抽出した非断片化total RNAから、ビオチン標識DNAプローブ法および本キットを用いてSARS-CoV-2由来RNAの濃縮を実施した。それぞれの方法で濃縮したRNAからcDNAを合成し、SARS-CoV-2由来RNAおよび細胞由来RNA（GAPDH）の量をRT-qPCRにて比較した。ビオチン標識プローブ法ではRNA濃縮はほぼ見られなかったのに対して、本製品では非断片化total RNAからでもRNA濃縮が出来ることが示された。


ターゲットRNAの濃縮の確認例

ターゲットRNAの濃縮の確認例

HEK293から抽出した非断片化total RNAに、ヒトGAPDH、LINC00086、およびMALAT1のRNAに対するMagIC Beadsを加えて、インキュベーションした。その後、各ビーズにより濃縮されたRNAおよび未処理RNA（Input）からcDNAを合成し、MALAT1、GAPDH、ACTB、18S rRNAの量をRT-qPCRを用いてそれぞれの試料で測定した。それぞれの試料において、MALAT1のGAPDH、ACTB、18S rRNAに対する量比を算出し、未処理試料中での量比と比較することで、それぞれの試料におけるMALAT1の濃縮度合いを調べた。GAPDHおよびLINC00086に対するビーズを使用した場合、MALAT1 RNAの濃縮はほぼ見られなかったが、MALAT1に対するビーズを使用した場合、10,000倍以上に濃縮されることが示された。


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操作方法概略


操作方法概略

  1. 精製RNA試料（DNA-free）にMagIC Beadsを加え、インキュベートする。
  2. ビーズ上のDNAプローブにターゲットRNAが結合して、ターゲットRNAが濃縮される。
  3. 磁石を用いてビーズを回収し、洗浄をする。
  4. ビーズに捕捉されたRNAを溶出し、試料からビーズを除く。
  5. 回収したRNAは下流の解析へと使用できる。

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キット内容

  • MagIC Beads
  • Hybridization buffer
  • MagIC wash bufferⅠ

※ RNA溶出用バッファー（Nuclease-free、10 mM Tris-HCl、pH 7.5）、磁気ラック、NGSライブラリー調製キット、加温しながらの撹拌が可能な振とう式ブロックインキュベーター（例：Thermo Shaker TS-100シリーズ）などが別途必要です。


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カスタムRNA Seq MagIC Beads Kit作製受託サービス

カタログ製品がない任意のRNA（シングルおよびプールに対応）を濃縮するカスタムキットの構築を承ります。下記の項目などについてご確認の上、お問い合わせ下さい。

ご確認いただく項目の例

  • キットの反応数（24、48、96 reactionsからご選択）＊
  • 対象RNAの生物種名（ヒト、マウス、ラット、その他）
  • 対象となるRNAの数
  • 対象となるRNAの因子名および配列情報（FASTA fileのご提供が望ましい）

＊ 対象のRNAの存在量やアプリケーション等によって、実際の使用反応数は変わります。

ご注文方法

ご依頼内容に応じてお見積もりします。詳細は、当社受託・特注品担当（jutaku@funakoshi.co.jp）までお問い合わせ下さい。


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カタログ製品のラインナップ

商品コードをクリックすると各製品の価格表をご覧いただけます。

カテゴリー キット名 濃縮対象 商品コード
ヒトRNA Homo sapiens GAPDH ヒトGAPDHのmRNA RS16hsgapdh
Homo sapiens MALAT1 ヒトMALAT1のmRNA RS16hsmlt1
Homo sapiens Myotic Dystrphy Related CUG Repeat 筋強直性ジストロフィーに関連するCTGリピート配列のRNA
（CUGリピート配列）		 RS16hscugre
マウスRNA Mus musculus cdr1as マウスcdr1asのmRNA RS16mmcdras
Mus musculus GAPDH マウスGAPDHのmRNA RS16mmgapdh
植物RNA Arabidopsis thaliana DOG1 シロイヌナズナDOG1のmRNA RS16atdog1
哺乳類感染
ウイルス
RNA		 Chikungunya Virus チクングニアウイルス（CHIKV）のRNA RS16chikv
Dengue Virus デングウイルス（DENV）のRNA RS16denv
Ebola エボラウイルス（EBOV）のRNA RS16ebov
Hepatitis C C型肝炎ウイルス（HCV）のRNA RS16hcv
Hepatitis E E型肝炎ウイルス（HEV）のRNA RS16hev
HIV ヒト免疫不全ウイルス（HIV-1）のRNA RS16hiv
MERS-CoV 中東呼吸器症候群コロナウイルス（MERS-CoV）のRNA RS16mcov
SARS-CoV-2 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）のRNA RS16scov2
Yellow Fever Virus 黄熱ウイルス（YFV）のRNA RS16yfz
Zika Zirus ジカウイルス（ZIKV）のRNA RS16zikv
昆虫感染
ウイルス
RNA		 Deformed Wing Virus (DWV) チヂレバネウイルス（DWV）のRNA RS16dww
植物感染
ウイルス
RNA		 Cassava Brown Streak Virus (CBSV) キャッサバ褐色条斑ウイルス（CBSV）のRNA RS16cbsv
Ugandan Cassava Brown Streak Virus (UCBSV) ウガンダキャッサバ褐色条斑ウイルス（UCBSV）のRNA RS16ucbsv
East African Cassava Mosaic Virus (EACMV) 東アフリカキャッサバモザイクウイルス（EACMV）のRNA RS16eacmv
その他の
RNA		 MS2 バクテリオファージMS2のRNA RS16ms2
Negative Control Beads - LacZ LacZ遺伝子を対象としたネガティブコントロール用 RSNC16lacz

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価格

ヒトRNA

[在庫・価格 ：2024年05月02日 19時55分現在]

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RNA Seq MagIC Beads Homo sapiens(Human) GAPDH Kit(16 reactions)
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RNA Seq MagIC Beads Homo sapiens(Human) GAPDH Kit(16 reactions)

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マウスRNA

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RNA Seq MagIC Beads Mus musculus(Mouse) cdr1as Kit(16 reactions)

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植物RNA

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哺乳類感染ウイルスRNA

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RNA Seq MagIC Beads Dengue virus Kit(16 reactions)
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RNA Seq MagIC Beads Ebola Kit(16 reactions)
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RNA Seq MagIC Beads Ugandan cassava brown streak virus (UCBSV) Kit(16 reactions)

文献数： 0

説明文 精製したRNA試料からウガンダキャッサバ褐色条斑ウイルス（UCBSV）のRNAをプローブ付き磁気ビーズを用いて特異的かつ短時間で濃縮するキット。
法規制等
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RNA Seq MagIC Beads East African cassava mosaic virus (EACMV) Kit(16 reactions)

文献数： 0

説明文 精製したRNA試料から東アフリカキャッサバモザイクウイルス（EACMV）のRNAをプローブ付き磁気ビーズを用いて特異的かつ短時間で濃縮するキット。
法規制等
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その他のRNA

[在庫・価格 ：2024年05月02日 19時55分現在]

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 納期 文献数
RNA Seq MagIC Beads MS2 Kit(16 reactions)
 ご照会下さい ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
説明文
精製したRNA試料からバクテリオファージMS2のRNAをプローブ付き磁気ビーズを用いて特異的かつ短時間で濃縮するキット。
法規制等
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Seq Negative Control Beads LacZ beads Kit(16 reactions)
 ご照会下さい ※※ 表示されている納期は弊社に在庫がなく、取り寄せた場合の目安納期となります。 0
説明文
LacZ遺伝子を対象としたRNA Seq MagIC Beads Kitのネガティブコントロール用キット。
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[在庫・価格 ：2024年05月02日 19時55分現在]

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RNA Seq MagIC Beads MS2 Kit(16 reactions)

文献数： 0

説明文 精製したRNA試料からバクテリオファージMS2のRNAをプローブ付き磁気ビーズを用いて特異的かつ短時間で濃縮するキット。
法規制等
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Seq Negative Control Beads LacZ beads Kit(16 reactions)

文献数： 0

説明文 LacZ遺伝子を対象としたRNA Seq MagIC Beads Kitのネガティブコントロール用キット。
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