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NGSに用いるDNA / RNAの精製用磁気ビーズ Mag-Bind Total Pure NGS

掲載日情報:2020/11/10 現在Webページ番号:68232

次世代シークエンシング(NGS)用ライブラリーの調製に用いるDNAまたはRNAを、簡便かつ高い回収率で精製するための磁気ビーズです。核酸試料と磁気ビーズの液量の比率に応じて、磁気ビーズに結合するフラグメントの長さを選択的に変えることができるため、目的サイズのDNAフラグメントよりも小サイズのフラグメントの除去(left-sided size selection)、大サイズのフラグメントの除去(right-sided size selection)、大小双方のサイズのフラグメントの除去(double-sided size selection)を行うことができます。
本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。


Library-Preparation
試料番号DNAの平均サイズ
(bp)
DNA濃度
(ng/μl)
142730.4
243133.7
342628.5
442437.4
541938.7

本製品と自動液体分注ロボットを用いて精製したゲノムDNAからNGSライブラリーを調製した例
せん断したゲノムDNA試料350 ngを本製品(使用比率:0.8×と1.0×の2回)と自動液体分注ロボットMicrolab STAR(Hamilton社)を用いて精製した。その後、HyperPrep Kit(KAPA Biosystems社、#KK8504)を用いてNGSライブラリーを調製し、TapeStation 2200(Agilent社)で確認した。
本製品と自動液体分注ロボットの組合せで得られた精製DNAの再現性が高いことが分かる。


特長

  • PCR産物を含めたDNA、およびRNAの精製に使用できます。
  • 100 bpを超えるフラグメントに選択的に結合し、過剰なヌクレオチド、プライマー、およびプライマーダイマーなどの小さい目的外の産物を除去します。
  • マニュアル操作のほか、自動液体分注ロボットを用いた自動精製にも使用できます。
  • 磁気ビーズ法のため、精製スケールやプレートサイズの調整が可能です。
  • 精製したDNAおよびRNAは、NGSライブラリーの調製のほか、マイクロアレイ、蛍光シークエンシング、制限酵素消化などの様々な用途に使用できます。

本製品には、PCRプレート、磁気スタンド、バッファー類などは含まれていません。詳細は製品プロトコルをご覧下さい。


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操作方法概略

Protocol

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使用例

目的サイズのDNAよりも大小双方のサイズのフラグメントを除去(double-sided size selection)した例

Double-Sized-Selection

せん断したゲノムDNA試料を、本製品(使用比率:0.8×と0.7×の2回)およびA社キット(メーカー推奨条件)でサイズ選択し、25μlで溶出した。得られたDNAをTapeStation 2200(Agilent社)で確認した。


試料DNAに対する本製品の使用比率と精製DNAのフラグメント長について

DNA-Size-Selection-Image

A:50 bp DNAラダー25μlを20倍希釈したものを試料として、本製品(使用比率:それぞれ0.6×、0.8×、1.0×、1.2×)と自動液体分注ロボットFluent780(Tecan社)を用いて精製した後、10 mM Tris-HCl(pH8.5)30μlで溶出した(n=4)。得られたDNAをTapeStation 2200(Agilent社)で確認した。


DNA-Size-Selection-Graph

B:図Aで得られた結果をTapeStation 2200 Softwareで解析し、各条件で得られたDNAについて、それぞれのフラグメント長における除去された比率(精製DNA/試料DNA、v/v%)をグラフとした。

DNA-Size-Selection-Heat-Map

C:本製品の使⽤⽐率、フラグメント⻑をそれぞれ縦横の軸とし、表の各カラムにはそれぞれの条件においてフラグメントが除去された⽐率(%)を記した。
上段:同様の実験(参考文献1)の結果。
下段:図Bで得られた結果。

本実験およびOmega Bio-Tek社と無関係な者による実験(参考文献1)のいずれでも、本製品の使用比率の調整により、目的外の長さのフラグメントを効率的に除去できることが示された。
なお、本実験は実験系の構築の際に、参考文献1を参考とした。

■ 参考文献:
1. "Evaluation of Omega Mag-Bind® TotalPure NGS Beads for DNA Size Selection"
Maggie Weitzman, M.Sc. (University of Oregon / GC3F)


本製品を用いてtotal RNAを精製した例

total-RNA-Purification

50 ng /μl(左側4レーン)および5 ng /μl(右側4レーン)のtotal RNA各10μlを、本製品で精製し、20μlで溶出した。得られたRNAをTapeStation 2200(Agilent社)で確認した。RNAの回収率はそれぞれ85~92%だった。


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[在庫・価格 :2024年04月26日 13時15分現在]

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(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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