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マルチガイドの合成sgRNAライブラリー CRISPR Screening Libraries

掲載日情報:2020/05/29 現在Webページ番号:68161

guide RNAによるゲノム編集ツール CRISPR-Cas9特集

マルチウェルプレートの各ウェルに個々の遺伝子を標的とした化学合成sgRNAを添加したライブラリーです。各標的遺伝子に対して最大3種類のsgRNAのセット(マルチガイド)を用い,共同でノックアウトすることにより,標的遺伝子の機能をノックアウトする効率を高めています。


Multi-guide-sgRNAのデザイン

マルチガイドsgRNAによる信頼性高いノックアウト
マルチガイドsgRNAは,同じエクソンを標的として大きな断片の欠失を誘導するように設計されており,単一のsgRNAや,sgRNAをプールした手法と比較して最も信頼性の高いノックアウト戦略となります。
上図では,マルチガイドsgRNAによりもたらされる可能性がある3種類の断片欠失のうちの1つを示しています。Synthego社のマルチガイドsgRNAデザインには,各遺伝子を標的とした複数の修飾sgRNA(灰色のバー)が特定の順序で含まれます。3種類のsgRNAを同時にトランスフェクトして,特定の同時二本鎖切断(DSB:縦の点線)を標的ゲノム上に作成します。


特長

  • マルチガイドsgRNAにより,特異的な大きな断片の欠失を作成し,機能的ノックアウトを確実にする一方,オフターゲット効果を最小限に抑えます。
  • sgRNAをプールした手法で必要なNGSを用いた複雑なデータ解析を行う必要がありません。
  • さまざまな表現型アッセイ法と互換性があり,得られた表現型と遺伝子型のノックアウトとの直接的なリンクが可能になります。
  • 自動化プラットフォームに最適であり,要する時間は最小限です。
  • 初代細胞を含むあらゆるタイプのヒト細胞に使用できます。
  • sgRNAのデザインには,50以上のデータベースを参照し,遺伝子機能と経路に関する最新のゲノム情報を反映しています。
  • ヒトゲノム全体,創薬標的部位,GPCR,キナーゼ,免疫腫瘍学ターゲットなどを対象としたライブラリーがあります。また,カスタムライブラリーも作製します。
マルチガイドsgRNAによる高い頻度でのインデル

マルチガイドsgRNAによる高い頻度でのインデル(挿入欠失)
左:それぞれの遺伝子に対してマルチガイドsgRNA(3種類)と各sgRNA個別を用いた結果,マルチガイドsgRNAがより効率的なゲノム編集を行えることが示された。
右:大規模実験として,ランダムに選択したヒト遺伝子100種類を標的とした300種類のsgRNAをマルチガイドおよび個別(シングルガイド)で用いた。マルチガイドsgRNAでのゲノム編集は,87.3%の確率でシングルガイドよりもインデル(挿入欠失)の頻度が高くなり,多くの場合に相乗効果があった。このことにより,CRISPRを用いた機能欠失スクリーニングにおいて,Synthego社のマルチガイドsgRNAデザインが最適であることが示された。


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ライブラリー一覧

ライブラリー名の後ろの数字は標的遺伝子数です。

Protein FamilyProtein FunctionOther Classifications
Complete Kinase Library (1,035)Apoptosis Pathway Library (1,997)Metabolic Activity Library (11,448)Cell Surface Proteins Library (2,738)
Cytokines and Chemokines Library (310)Autophagy Library (461)p53 Pathway Library (319)Complete Druggable Library (8,478)
Deubiquitinating Enzymes Library (117)B-Cell Activation Pathway Library (242)Pattern Recognition Pathway (305)Essential Genes Library (2,559)
G-Protein Coupled Receptors Library (1,046)Cell Adhesion Genes Library (1,479)T-Cell Activation Pathway Library (524)Secreted Proteins Library (5,300)
Helicases Library (154)Cell Cycle Regulators Library (1,251)Transcription Factors Library (2,359)Druggable SARS-CoV-2 Interactome Library (63)
Ion Channels Library (687)Cytoskeleton Genes Library (1,746)Tumor Suppressors Library (1,056)SARS-CoV-2 Interactome Library (330)
Nuclear Hormone Receptors Library (192)DNA Repair Pathway Library (530)Ubiquitin Ligases Activity (E1, E2, E3) Library (1,159)Whole Human Genome Library (19,753)
Phosphatases Library (344)Epigenetic Regulators Library (827)Whole Mouse Genome Library (近日発売予定)
Serine Proteases Library (264)Extracellular Matrix Genes Library (363)
Tyrosine Kinases Library (152)Immunology / Immuno-Oncology Library (3,101)
Ubiquitin Protein Ligases Library (340)JAK-STAT Pathway Library (194)

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ウェビナー資料

2020年5月に開催されたウェビナーの資料です。
演題:How CRISPR technologies are being applied to fight the COVID-19 pandemic

Synthego社Webinar資料

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メーカー動画

マルチガイドsgRNAによる効率的なノックアウト



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ユーザーのコメント

さまざまな試薬をテストし,Synthego社のCRISPR Screening LibrariesのマルチガイドsgRNAデザインが優れたゲノム編集とノックアウト効率をもたらすことを発見して,スクリーニングプロジェクトに採用しました。この優れたノックアウト効率により,ノックアウトに起因する表現型,特に弱い表現型の検出が強化され,スクリーニングの感度が向上しました。
Marco Jost, Ph.D.(米国UCSF)


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