DNAメチル化分析のターゲットを絞った次世代バイサルファイトシークエンシング ターゲットNGSメチル化解析受託サービス

• EpigenDx社のメチル化解析受託サービスについて
• 受託サービスの流れ
• 特長
• アプリケーション
• 受託サービス内容
• お問い合わせ／ご注文方法／価格

EpigenDx社のメチル化解析受託サービスについて

解析方法	ターゲットNGS法	パイロシ－クエンス法
共通の特長	・標的CpG部位を挟むPCRプライマーをデザイン
実験操作概略	・未標識のPCR プライマーによる増幅後、すべての増幅産物のシークエンシングを行う	・HPLC精製後にビオチン標識した1組のPCRプライマーペアを使用 ・最大シークエンス長：100 bp
PCRおよび シークエンシング の条件	・マルチプレックスPCR ・パラレルシークエンシング	・シングルプレックスPCR ・シングルプレックスシークエンシング
納品データ	・FASTQ file形式のSequencing Raw Data ・標的遺伝子のメチル化に特化したデータベースによるアライメント ・メチル化率（％）＝メチル化されたリード／全リード	・パイロシ－クエンスのRaw DataのPDFファイル ・QCpGまたはPyroMark Q96ソフトウェアによる解析データ ・メチル化率（％）＝メチル化C（C）/C + 非メチル化C（T）
特異性	・平均500×のカバー率を目指す ・＞100×のカバー率が許容範囲 ・＞30×のカバー率について結果を出す	・＞50 RLU ・データ解析後、Blue or Yellow Scoresを表示

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受託サービスの流れ

1. 検証済みのMethylation Panelからご選択いただくか、デザインサービスを利用してお客様の関心のあるターゲットをカバーするカスタムパネルを設計することもできます。
2. Ion Torrent™ technologyを使用して、ターゲットを絞った遺伝子シークエンシングとメチル化解析を行います。

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特長

• ターゲットを絞った次世代バイサルファイトシークエンシングは、全ゲノムメチル化解析（WGBSまたはRRBS）と比較して、経済的で納期が早いのが特徴です。
• 興味のある領域や遺伝子のみを解析することができ、各CpGサイトのカバー率が格段に高いため、高品質なデータを得ることができます。
• DNA抽出、バイサルファイト修飾、ライブラリ調製、ハイスループットシークエンシング、データ解析、パイロシーケンス法によるアッセイバリデーションを行います。

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アプリケーション

■DNAメチル化解析

• 1回で複数の標的領域（PCRアンプリコン）および複数の試料のメチル化率を測定することができます。
• 1つの遺伝子の多くの領域、または複数の遺伝子にまたがる多様な領域をカバーするDNAメチル化解析を行うことができます。

■IlluminaのMethylationEPIC BeadChip Assayによる検証

• IlluminaのMethylationEPICまたは450 Kマイクロチップアレイで得られたメチル化データを検証します。
• ターゲット次世代バイサルファイトシークエンシング（tNGBS）を使用して、一度に25～500の遺伝子座を選択して検証します。

■検証済みのMethylation Panelを使用しての解析

• がん、幹細胞および免疫などに関連する遺伝子のメチル化レベルを解析します。

■カスタムパネルの設計

• ご希望の遺伝子を含むカスタムターゲット領域をお知らせ下さい。カスタムでMethylation Panelを設計します。

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受託サービス内容

受託サービス項目	お客様からご提供いただくもの	EpigenDx社の作業
カスタムNGS Assay Design	希望するターゲット領域情報	ターゲット領域に基づくアッセイを設計 ※ オリゴの費用が含まれます。
Targeted Next-Gen Sequencing - Standard	PCRアンプリコン	Ion Torrent™を使用したカスタムターゲット遺伝子シークエンシング： ・ライブラリを構築し、次世代シークエンシング（NGS）を実行
Targeted Next-Gen Sequencing - Premium	組織試料または単離されたDNA	下記の内容とカスタムターゲット遺伝子シークエンシング： ・DNA抽出 ・バイサルファイト修飾 ・マルチプレックスPCR ・ライブラリーの構築 ・次世代シークエンシング
NGSデータ解析	－	NGSで生成されたシークエンシングデータの予備データ分析

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お問い合わせ／ご注文方法／価格

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