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編集効率が格段に良いsgRNAを受託合成します CRISPRevolution sgRNA合成受託サービス(Synthego社)

掲載日情報:2019/08/23 現在Webページ番号:65681


CRISPRevolution画像

S. pyogenes に由来するCas9(SpCas9)用に最適化された「CRISPRevolution」と呼ばれるSynthego社のguideRNAの合成受託サービスです。
標的配列(17~23 nt)をご指定いただくだけで,最大97%の高いゲノム編集効率を持つ一本鎖guideRNA(sgRNA)を合成し,キットとしてお届けいたします。

核酸合成関連 受託サービス guide RNAによるゲノム編集ツール CRISPR-Cas9特集

合成guideRNAを使用するメリット

Speed
プラスミド由来guideRNAと比較して,Synthego社 CRISPRevolution Synthetic guide RNAはプラスミド配列デザイン・コンストラクト作製・シークェンス・プラスミドDNA精製が不要です。
また,高価なin vitro transcription(IVT)キットを使用して貴重な実験時間を費やす必要がありません。
  Quality
高品質な合成RNAは安定したCRISPRゲノム編集をもたらします。
Synthego社はトランスフェクションやマイクロインジェクションに用いるRNAの品質と正確な量をコントロールすることにより,最も的確なゲノム編集効率を達成しました。
Accuracy
Cas9タンパク質とのRNP複合体を導入することで,編集確率が格段に上昇します。
トランスフェクションしゲノム編集が起こった後,Cas9と外因性RNAは分解します。これにより,オフターゲット効果の可能性は大きく減少します。
  Price
プラスミドまたはin vitro transcription(IVT)法によるguideRNA作製と比較して安価です。
Throughput
合成RNAは,従来のguideRNA作製技術では実現不可能だった拡張性をもたらします。
guideRNAをプラスミドやin vitro transcription(IVT)法によって作製する際に伴うコストや労力といった負担を回避するために,数千ものguideRNAがあるライブラリーをオーダーできます。
  Easy to Use
Synthego社のサイト「CRISPR Knockout Guide Designer」より,120,000種以上のゲノムと9,000の生物種から選択することで,遺伝子ノックアウト用CRISPR guideRNAを簡単にデザインできます。
製品はすぐにトランスフェクション可能な状態でお届けします。


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特長

  • in vitro transcription(IVT)で作製されたsgRNAに比べ,編集効率が格段に良いsgRNAです。
  • SpCas9向けに最適化されています。
  • sgRNAを作製する際の面倒なアニーリング操作が不要です。
  • 100% DNAフリーです。
  • シングルオリゴヌクレオチドです。
  • 様々な細胞種に対応します。
  • 幹細胞および編集困難な細胞の編集用に,先頭3箇所の5’と3’末端RNA残基に2’-O-methyl analogsと3’phosphorothioate internucleotideを結合した化学修飾sgRNAもあります。

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合成RNA(sgRNA)とプラスミドおよびIVTの比較

  Synthego(sgRNA) Plasmid in vitro Transcription (IVT)
guideRNA作製過程 1. 標的シークエンスを選択する。
2. 合成RNAを注文する。
1. 標的シークエンスを選択する。
2. DNAプライマーを準備する。
3. プラスミド内へguideRNAをPCRする。
4. 細胞内へトランスフェクトする。
5. 細胞をスクリーニングする。
6. シークエンスを検証する。
7. プラスミドDNAを精製する。
1. 標的シークエンスを選択する。
2. DNAプライマーを準備する。
3. PCRでguideRNAを作製する。
4. IVTを行う。
5. guideRNAを精製する。
製品購入後の
トランスフェクション
開始時間
納品後すぐ 1~2週間 1~3日
作業時間 数分 数日 1日
編集効率 最大90% 中~高 様々
品質 非常に高い 様々 低い(不純物があり,不一致もみられる)
初代細胞および幹細胞への効率 非常に良い 悪い 悪い
オフターゲット効果 非常に低い 様々(宿主ゲノム内へのDNA混入の可能性あり) 様々(IVT用酵素がエラーを引き起こす可能性あり)

■高品質

他社sgRNAとの比較

Synthego社のCRISPRevolution guideRNAは高純度(単一ピーク)であるのに対し,IVTで作製したguideRNAは不純物が含まれる(複数のピークが見られる)。不純物はオフターゲットの原因となる。

■高効率と一貫性

他社sgRNAとの比較

HEK293T細胞におけるsgRNAの編集効率と一貫性の比較
3種類の異なるターゲット遺伝子に対して,CRISPRevolution guideRNAとIVTでゲノム編集を行った。どの遺伝子においても,IVTによって作製されたguideRNAに比べ,Synthego社guideRNAが高効率に安定した塩基の挿入/欠損(Indel formation)が確認できた。

合成sgRNAでのトランスジェニックマウス作製率の比較

合成sgRNAでのトランスジェニックマウス作製率の比較 (クリックで開閉します)
Exon Deletion Rate

エクソン欠損ノックアウトマウスの作製の比較
Cas9タンパクとSynthego社合成sgRNAを事前に組み合わせてゲノム編集を行った際に,高効率でエクソン欠損によるノックアウトマウス作製ができた。IVT由来のguideRNAとSynthego社合成sgRNAについて,同一のguideRNA配列を用いてマウスゲノムのエクソンの切断能力を比較した。Synthego社の合成sgRNAはIVT由来のsgRNAより約2倍近くの編集効率を示し,ノックアウトマウス作製の成功確率が向上した。

ノックインマウス

ノックインマウスの作製の比較
Synthego社合成sgRNAはIVT由来のguideRNAに比べ,約3倍の確率でノックインマウスの作製を行えた。

Exon Deletion Rate

合成sgRNAを持つトランスジェニックマウスの作製割合の比較
IVT由来のguideRNAは70%の成功確率で,残り30%は適切ではない編集が起こっていたのに対し,Synthego社合成sgRNAを用いた際には100%の成功確率だった。測定方法:100個の受精卵についてマイクロインジェクションを行い,生まれてきた最低1匹のマウス胎児について適切なゲノム編集が行われているかを確認した。

Exon Deletion Rate

生存率および編集効率の比較
IVT由来sgRNAと,Synthego社合成sgRNAでエビの一種であるParhyale hawaiensisの幼体にあるUbx遺伝子をノックアウトし,分節化の変化と付属肢の同一性について結果を得た。この実験では,200個の胚にRNP複合体をマイクロインジェクションし,ノックアウト効率と生存率をカウントした。Synthego社合成sgRNAはIVT由来sgRNAに比べ3倍もの生存率を示し,低い毒性かつ高いゲノム編集効率があることがわかった。

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CRISPR Guide RNAデザインツール

120,000種以上のゲノムと9,000の生物種から選択することで,遺伝子ノックアウト用CRISPR guideRNAを簡単にデザインできます。最小限のオフターゲット効果でノックアウト用の自動推奨デザインを調べることができます。下記デザイン画像をクリックして下さい。

CRISPRevolution画像


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キット内容

  • CRISPRevolution synthetic guide RNA 3 nmol
  • TE buffer 1.5 ml
  • Nuclease-free water 1.5 ml

オプション品(単品購入不可,詳細はお問い合わせ下さい)

  • Cas9 Protein 300 pmol, 1,000 pmol
  • Annealing buffer 1.5 ml
  • Tris-EDTA buffer 1.5 ml
  • Nuclease-free water 1.5 ml
  • Transfection Optimization Kit(Multi-guide)
  • CRISPRevolution Controls Kit, Human
  • Positive Control sgRNA(modified), Human RELA (1 nmol)
  • Positive Control sgRNA(modified), Human CDC42BPB (1 nmol)
  • Negative Control sgRNA(modified) #1 (1 nmol)
  • Negative Control sgRNA(modified) #2 (1 nmol)

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ご注文方法/価格

標的配列(17~23 mer)をご指定下さい。
例.5′-AAUUUCACAGCUGCACAUA+Synthego Scaffold-3′

専用注文書に必要事項をご記入の上,電子メールに添付して当社受託・特注品業務担当(e-mail:jutaku@funakoshi.co.jp)までお送り下さい。

[在庫・価格 :2021年09月25日 00時14分現在]

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sgRNA (unmodified) Kit, 1.5nmol
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Annealing Buffer

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