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デジタルPCR受託サービス

掲載日情報:2022/01/20 現在Webページ番号:65425

Bio-Rad QX200を用いたデジタルPCR受託サービスです。限界希釈した試料をマイクロ流路技術により,微小区画(water-in-oilのドロップレット)に分散させてエンドポイントPCRを行います。

特長

  • ターゲット遺伝子を含むドロップレットでは増幅シグナル(ポジティブ)とターゲット遺伝子を含まないドロップレット(ネガティブ)の微小区画をカウントし,試料の濃度を測定します。
  • ポジティブの数とコピー数をポワソン分布で補正することにより最終濃度を算出します。
  • Bio-Rad QX200デジタルPCRシステムは,加水分解プローブと二本鎖DNAにインターカレートするEvaGreen色素のどちらでも測定することができます。
  • 希少変異解析,CNV(コピー数多型 ),低発現の遺伝子や miRNA 定量のほか,マイクロアレイ,次世代シーケンス解析などの実験系で絞り込んだ遺伝子の検証実験等にもご利用いただけます。

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デジタルPCRの利点

  • PCR増幅効率に左右されない
  • 限界希釈を行うため,試料中のPCR阻害要因を軽減
  • PCR阻害要因の軽減と飽和するまでの増幅により感度が高い
  • 検量線を利用せずに定量可能

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サービス概要

  1. 試料のクオリティチェック(QC)を行う(必要に応じて実験のご提案を柔軟に行います)。
  2. PCRマスターミックスと試料混合を調整し,専用オイルを用いてドロップレットを作成する。
    RNAの場合,cDNA合成を行う。
  3. PCR終了後,専用のReader(QX200)にセットし,シースフローにより一つ一つのドロップレットを流路内に移動させ,ポジティブドロップレットとネガティブドロップレットの数をカウントする。
  4. ポアソン分布にあてはめることにより,試料の濃度を測定する。

プライマー ・ プローブをお持ちでない場合,プローブの検索 ・ 設計を行います。検索は PrimePCR ddPCR Assays(Bio-Rad社) ,TaqMan Assays(Thermo Fisher Scientific社)またはLBx Probe(理研ジェネシス社)となります。

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データ解析

デジタルPCRでは試料の単位容量当たりにターゲット遺伝子が何コピー 存在するかを算出しますが,限界希釈であっても微小区画当たりの断片数が1以上になる場合があります。これを補正するため,ポジティブの数と微小区画の数をポアソン分布にあてはめて最終濃度を算出します。この補正は微小区画数が多いほど精度が高くなり,ばらつきをおさえるには1試料当たり10,000区画以上が必要とされています。

ポアソン分布は独立した事象の発生確率が一定の分布を示すことにもとづ いていますが,デジタルPCRで考えるとこのようになります。



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納品物

●試料QC結果(品質検査結果)

  • RNA images / DNA images(ゲル電気泳動波形画像)
  • Sample Data(試料濃度情報)

●Raw Data(数値データ)

  • QX200 Droplet Reader エクスポートデータ

●解析結果(コピー数測定結果表など)

レポートの例1

ターゲットのコピー数を定量的にカウントし,対象変異数または対象遺伝子のコピー数を算出します。



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試料送付について

詳細は当社受託・特注品担当(下記参照)までお問い合わせ下さい。

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ご注文方法/価格

詳細は当社受託・特注品担当(下記参照)までお問い合わせ下さい。

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製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
表示価格に、消費税等は含まれていません。一部価格が予告なく変更される場合がありますので、あらかじめご了承下さい。

ポアソン分布は独立した事象の発生確率が一定の分布を示すことにもとづ いていますが、デジタルPCRで考えるとこのようになります。 解析結果の例1
(画像をクリックすると拡大図をご覧いただけます)
試料中のターゲット遺伝子コピー数が多くなるほど,複数個のターゲッ トを含む微小区画も増加するので,これをポアソン分布で補正してコピー 数を算出します。 解析結果の例2
(画像をクリックすると拡大図をご覧いただけます)