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16S rRNA解析（細菌叢解析）受託サービス
16S rRNA解析（細菌叢解析）受託サービス
掲載日情報：2022/01/20 現在Webページ番号：64845
糞便、皮膚、唾液などの試料内にどのような種類の細菌がどれだけ存在しているのか、細菌の多様性について、次世代シーケンサーを用いた手法により解析します。
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特長
- 試料からDNAを抽出して、リボソーム16Sサブユニット領域をPCRで増幅した後、次世代シーケンサーを用いて高速かつ大量にDNA配列を読み取ります。
- 16S rRNA配列データベースに対する相同性解析により、菌種の帰属を行います。
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サービス概要
- DNA抽出および試料のクオリティチェック（QC）を行う。
- PCRベースのプロトコールに従って増幅する。
- MiSeqによるシーケンス解析を行う。
- データベースによる相同性検索、検体の菌叢を構成する帰属分類群の推定を行う。
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データ解析
- プライマー配列の除去、ペアエンド配列アセンブル
- データベースによる相同性検索、検体の菌叢を構成する帰属分類群の推定
- オプション解析：
・α多様性解析および統計解析
・β多様性解析および統計解析
・ヒートマップ・クラスター分析 - 最終結果レポートの作成
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納品物
- 試料のクオリティチェック（QC）結果
- シーケンスデータ（fastaファイル、fastqファイル）
- ドーナツグラフ（csvファイル、htmlファイル）
- 検体間比較グラフおよび対応表（csvファイル、htmlファイル）
- 主成分分析（csvファイル、pngファイル、htmlファイル）
- クラスター解析結果（pngファイル）
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納期
- 試料QC通過後、約2か月（データ解析を含む場合は約2.5か月）。
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試料送付について
| 検体の種類 | 必要量 | 送付方法・その他 | |
|---|---|---|---|
| 糞便、腸内容物 | 採便容器（保存液なし） | 0.2～0.5 g | 冷凍保存 |
| 採便容器（保存液あり） | 冷凍保存 | ||
| 唾液 | スワブ | 0.2～1 ml | 冷凍保存 |
| 皮膚拭取物 | ご相談下さい | 綿棒などで広範囲を拭い 少量のPBSなどに移し 冷蔵保存 |
|
| FFPE由来組織 | ご相談下さい | 冷蔵輸送 | |
| DNA抽出物 | － | 200 ng以上 | 冷凍または冷蔵輸送 分解が進んでいる試料は 解析できない場合があります。 |
※ 試料量が上記に満たない場合はお気軽にご相談下さい。
※ 抽出時に使用している有機溶媒が混入していないDNAをご送付下さい。
※ FFPEスライドなどは「DNA/RNA抽出」をご確認いただくか別途お問い合わせ下さい。
※ 送付方法は「サンプル送付方法」をご確認下さい。
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ご注文方法／価格
詳細は当社受託・特注品担当までお問い合わせ下さい。
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