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リアルタイムPCRでLncRNAを定量解析できるキット Lnc Profiler qPCR Array Kit

掲載日情報:2020/06/12 現在Webページ番号:5636

リアルタイムPCRでLncRNA(長鎖非翻訳RNA)を定量解析できるキットです。cDNAの調製用試薬およびプライマーセットが含まれており,癌および幹細胞に関連した90種類のLncRNAを解析できます。バイオマーカーとしてのLncRNA同定,およびLncRNA発現パターン解析に有用です。

本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。
疾病に関与する83種類のLncRNAをリアルタイムPCRで定量解析するためのプライマーセットDisease-related LncRNA Profilerについては,フナコシホームページをご覧下さい。


LncRNAとは

LncRNA(long non-coding RNA:長鎖非翻訳RNA)は,200 nt以上の長さを有するRNAで,ゲノム中の様々な領域から発現しています。

LncRNAは,胚の多分化能や分化の調節,体軸方向の形成,発生変化の促進などにおいて,主たる調節因子として機能しています。

また,アルツハイマー病,乾癬,癌などの幅広い疾患において,LncRNAの異常発現が観察されています。

LncRNAの発現パターンの解析は,多くのモデル系でのLncRNAの役割の解明において重要であると考えられています。

1. 情報伝達

XISTやAIRなどのLncRNAは,細胞ストレスや温度などの刺激に応答してその発現量を変化させ,分子シグナルとして機能します。そのため,バイオマーカーとしての利用が期待されています。

2. デコイ

MALAT1などのLncRNAは,標的タンパク質因子と結合します。例として,転写因子とクロマチン修飾因子の間で,「スポンジ」分子として機能します。

3. ガイド分子

HOTTIPなどのLncRNAは,特定のリボ核タンパク質を局在させ,標的のクロマチン部位と複合体を形成する際のガイド分子として機能します。これにより,遺伝子発現のcis(近傍),trans(遠方)の発現様式が変化します。

4. 足場

HOTAIRやANRILなどのLncRNAは,新たな機能を有するタンパク質複合体を組み立てます。

参考文献

Wang, K. C., Chang, H. Y., Mol. Cell., 43 (6), 904~914 (2011).


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特長

  • キットにはPolyA polymeraseが含まれており,Poly(A) tailを有さないLncRNAからもcDNA合成が行えます。
  • キットで用いているプライマーは,各LncRNAに特異的かつ,多種類の細胞から精製したRNAで使用できることを確認しています。
  • キットにはcDNA合成およびPCRを20回行うのに十分な量の試薬が含まれています。
  • 核小体,核,細胞質それぞれにおけるLncRNA発現を解析するために,対応したコントロールが含まれています(下記参照)。そのため,各画分から精製したRNAを出発試料として解析することも可能です。
  • 検出できるLncRNAの詳細およびデータ解析に便利なソフトウェアは,System Biosciences社ホームページの各製品ページにある『Literature』からダウンロードできます。

各LncRNAの詳細情報は,LncRNAデータベースをご覧下さい。
エキソソーム中のLncRNAについて発現解析を行う場合は,ExoQuick Exosome Precipitation Solutionでエキソソームを調製することをお勧めします。詳細は,フナコシホームページをご覧下さい。

細胞内小器官名キットで用いているコントロール
核小体SnoRNA RNU43(および18S rRNA)
Small Nuclear splicing snRNA U6B
細胞質GAPDH, Lamin A / C, 18S rRNA

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操作方法概略

キットに含まれるプライマーを用いてリアルタイムPCRを行い,それぞれのLncRNAおよびコントロールについて解離曲線を作製した。特異的に増幅していることがわかる。

各種細胞(ヒトES細胞株(H7),ヒトiPS細胞株,HFF細胞株)から精製したRNAを用いて,解析を行った。

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検出可能なLncRNA

123456789101112
A21A7SK7SLAirAK023948Alpha 280Alpha 250ANRILanti-NOS2AantiPeg11BACE1ASBC200
BCAR IntergenicDHFR upstreamDio3osDISC2DLG2ASE2F4 antisenseEgoAEGO BEmx2osEvf1 and EVF2GAS5-familyGomafu
CH19H19 antisenseH19 upstreamHAR1AHAR1BHOTAIRHOTAIRM1HOTTIPHoxa11asHOXA3asHOXA6asHULC
DIGF2ASIPWJpxKcnq1ot1KRASP1L1PA16p21RoRSFMBT2VLDLRLOC285194LUST
EMalat1mascRNAMEG3MEG9MER11CncR-uPARNDM29NEAT1NespasNRONNTTp53 mRNA
FPCGEM1PR antisensePRINSPSF inhibitingPTENP1RNCR3SAFSCA8snaRSNHG1SNHG3SNHG4
GSNHG5SNHG6Sox2otSRAST7OTTEA ncRNAsTmevpg1TncRNATsixTUG1UCA1UM9-5
HWT1-ASXistY RNA-1Zeb2NATZfas1Zfhx2as18S rRNARNU43GAPDHLAMIN A/CHuman U6No assay control

表中,緑色の網かけ部分はコントロール。

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キット内容

  • PolyA polymerase
  • PolyA polymerase buffer
  • MnCl2
  • ATP
  • Oligo dT adaptor
  • Reverse transcriptase buffer+random primer mix
  • Reverse transcriptase
  • Dithiothreitol (DTT)
  • dNTP mix
  • Array primers, dried down in primer plate
  • RNase-free water
  • 2×SYBR® Green master mix (#RA910A-1のみ)

#RA900A-1には,SYBR® Green master mixが含まれていません。Power SYBR® Master Mix(Thermo Fisher Scientific社)のご使用をお勧めします。

[在庫・価格 :2021年06月14日 16時51分現在]

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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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