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マイクロアレイ用の aRNA 増幅キットを改良! ExpressArt mRNA Amplification Kit, C&E Version

掲載日情報:2020/06/12 現在Webページ番号:3250

試料 RNA の鎖長を正しく反映した aRNA 増幅を行う ExpressArt シリーズが改良されて C&E( Convenience & Efficiency)Version となり、より簡便かつ増幅効率が高くなりました。
また、oligo(dT)の代わりに特別にデザインされたプライマーを用いて、分解の進んだ mRNA(TR inucleotide Kit)やバクテリア mRNA(Bacterial Kit)から RNA を増幅するキットもあります。

C&E Version はここが変わりました!!

  • より簡便(Convenience)に!
    エタノール沈殿が不要となり、1 回目の増幅に必要な操作数が 9 から 4 ステップに減りました。また、1 キット当たりの反応回数が 24 回から 30 回に増加しました。
  • より増幅効率が高く(Efficiency)!
    1 回目の増幅での RNA 増幅効率が最大 3 倍に、2 回目は最大 10 倍になり、合計での RNA 増幅効率は最大 30 倍となりました。
  • Amino allyl 標識 RNA の作製や、ビーズ固定 cDNA テンプレートの作製に必要な試薬は別売りのモジュールとなりました。
    従来は上記用途専用のキットが個別に発売されていましたが、キット本体とモジュールを組み合わせる方式に変更され、用途に応じた組み合わせが可能になりました。

■TRinucleotide mRNA Amplification Kit と通常のOligo(dT)プライマーを用いたリニア増幅法の比較

TRinucleotide mRNA Amplification Kit と通常のOligo(dT)プライマーを用いたリニア増幅法の比較

ほぼ無傷の RNA(RIN=9.5)と分解の進んだ RNA(RIN=2.2)をそれぞれの方法で増幅し、マイクロアレイ解析に用いた。通常の Oligo(dT)プライマーを使用した場合(左)は結果のずれが大きい(r=0.793)が、TRinucleotide mRNA Amplification Kit(右)ではほとんど変わらない結果が得られた(r=0.993)。

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特長

  • 本製品は、ExpressArt Kit は、1st strand cDNA を合成する際に T7 プロモーター配列を含まない oligo(dT)プライマーを、2nd strand cDNA を合成する際にはユニークな BOX-random-trinucleotide 配列から成る TRINUCLEOTIDE primer を使用しています。これにより Eberwine らが考案したリニア増幅法で見られる aRNA の鎖長が短くなる問題を解決しています。
  • mRNA を特異的に増幅できるため、rRNA を除去する必要がありません。また、バクテリア用キットでは真核生物の rRNA の除去も必要ありません。
  • 試料中の RNA 量をあらかじめ測定する必要がありません。
  • in vitro 転写反応のテンプレートにのみ T7 プロモーター配列を付加することにより、T7 プロモーター/oligo(dT)プライマーによるアーティファクトを抑えています。
  • TRINUCLEOTIDE primer を使用することによって 5' 末端を欠く RNA の増幅を軽減しています。
  • 両端にプライマー配列を付加した cDNA を合成するため、増幅回数を重ねても増幅 RNA の鎖長が短くなることはほとんどありません。
  • 試料 RNA がごく微量の場合は増幅した RNA をテンプレートにして cDNA を合成し、2 回または 3 回の増幅を行うことでアレイハイブリダイゼーションに十分な量の RNA を増幅できます。
  • TRinucleotide Kit は、分解の進んだ RNA や、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)試料から精製した RNA からの増幅に適しています。また増幅した aRNA は、Exon Array、Gene Array(共に Affymetrix 社)などの全転写産物アレイでの使用に適しています。
  • 別売りのモジュールを組み合わせることで、Amino allyl 標識 RNA、ビーズ固定 cDNA テンプレートや、次世代シークエンスの使用に適した二本鎖 cDNA の作製ができます。

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(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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