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エキソン配列のみを選択的にクローニングするシステム Selective Cloning System Exontrap Kit

掲載日情報:2008/02/18 現在Webページ番号:2355

原核および真核細胞の複製用遺伝子を含むシャトルベクターpET01を用いて、真核細胞の大きなゲノムDNA断片からエキソン配列のみを選択的にクローニングするシステムです。
本キットを用いることで、発現時期が不明な遺伝子からもcDNAを得ることができます。
本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。


原理

pET01-Vector-Map

pET01には、ラットのプレプロインスリン遺伝子の二つのエキソンと、その間に挟まれた600 bpのイントロン配列があります。このイントロン配列中に、マルチクローニング部位を有するポリリンカーが存在し、目的DNAを挿入できます。クローン化したDNA断片に正しい方向でエキソンが含まれていれば、RNAが転写され、転写されたRNAからはスプライシングによりイントロン配列が除かれ、成熟したRNAが合成されます。3'-エキソンに特異的なプライマーを用いて逆転写反応を行い、得られたエキソン配列をPCRで増幅できます。
Exontrapシステムでは、5'-および3'-の両側にスプライス部位を有するエキソンのみがクローン化されます。したがって、三つ以上のエキソンを有する遺伝子の中央配列のみの同定と、クローニングができます。片側にのみスプライス部位のある1番目のエキソンおよび、最終エキソンはトラップされません。またベクターに挿入するために用いる制限酵素部位がエキソン内にあると、そのエキソンはトラップされません。


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操作方法概略

ExonTrap画像説明



  1. エクソンおよびイントロンを含むゲノムDNA断片をマルチクローニングサイト(MCS)に方向を揃えて挿入したプラスミドを構築し、大腸菌内で増幅する(方向が不明の場合は、挿入断片の方向が異なる2種類のプラスミドを構築する)。
  2. 市販のDNA精製キットにより本プラスミドを大量精製し、哺乳類細胞にトランスフェクションを行う(COS-7細胞など、SV40 large T Antigenを保持する細胞を推奨)。

ExonTrap操作方法概略1



  1. 哺乳類細胞内に導入されたプラスミドのプロモーターから目的断片を含む領域が転写され、細胞内でのスプライシングを経て、エクソンのみを含むmRNAが合成される。
  2. 本プラスミドが導入された細胞よりRNA抽出を行い、キットに付属するcDNA primer 01を用いて逆転写PCRによりcDNAを合成する。

ExonTrap操作方法概略2



  1. cDNAを鋳型とし、キットに付属のPCR primer 02(5’ PCR-primer)、PCR primer 03(3‘ PCR-primer)を用いてPCRによりcDNAを増幅する。

ExonTrap操作方法概略3



  1. 制限酵素BamHⅠおよびSmaⅠにより増幅断片を切断し、別の大腸菌用プラスミドベクターにクローニングを行う(BamHⅠ、SmaⅠが使用できない場合、Klenow Fragmentにより末端を平滑化し、平滑末端のベクターにクローニングを行う)。

ExonTrap操作方法概略4



  1. シークエンシングにより、挿入された配列を確認する。


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参考文献

  • Liu, P., et al., Science, 246, 813 (1989).
  • Corbo, L., et al., Science, 249, 652 (1990).
  • Duyk, G.M., et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87, 8995 (1990).
  • Auch, D. and Ruth, M., Nucl. Acids Res., 18, 6743 (1991).
  • Buckler, A.J., et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88, 4005 (1991).

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キット内容

  • Exontrap vector
  • cDNA primer
  • PCR primers

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価格

[在庫・価格 :2024年04月25日 00時00分現在]

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原核および真核細胞の複製用遺伝子を含むシャトルベクターpET01を用いて,真核細胞の大きなゲノムDNA断片からエキソン配列のみを特異的にクローニングするシステム。
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お問い合わせ先

(テクニカルサポート 試薬担当)

reagent@funakoshi.co.jp

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