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GenXPro GmbH
ジェンエックスプロ / GenXPro GmbH
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[掲載日情報:2017/02/17 現在]

高精度な3’末端mRNA-Seq測定キット MACE Kit

3'末端解析手法 MACE(Massive Analysis of cDNA Ends)のライブラリー構築キットです。mRNAの3’末端の選択的ポリアデニル化の解析をはじめ,遺伝子型決定,対立遺伝子発現頻度解析に有用です。3'末端のみを解析できるため,低いシーケンス深度で正確なmRNAコピー数の定量解析が可能です。

本製品は研究用です。臨床用途には使用できません。

MACE Kit専用の解析サービスもあります。詳細はお問い合わせ下さい。

most effectively

MACE(Massive Analysis of cDNA Ends)を用いたSNP解析の原理

cDNA合成後,平均350 bp程度のランダムフラグメントに切断し,MACEアダプターとイルミナフォーマットのバーコードを導入する。3’末端特異的に増幅を誘導するPCRにより3’末端選択的なライブラリーを構築する。最大800 bpまで末端配列が読み取り可能で,ポリAテイルも解析可能。

most effectively

MACE Kitと一般的なRNA-Seq調製キットとの比較

ダミーRNA試料にERCCコントロールRNAを微量spik-inし,MACEキットおよび他社の一般的なRNA-Seq調製キットでライブラリーを調製した後,各手法で検出できたERCCコントロールRNAの数を定量した。MACE Kitは6 Mリード,RNA-Seqは50 Mリードでシークエンスを行ったところ,MACE Kitは約1/10のシークエンス深度であるにもかかわらず,より多くのspik-in ERCCコントロールRNAを検出できていることが分かる。このデータは一般的なRNA-seqに比べ微量RNA種の検出に優れていることを示す。

GenXPro社(GXP社)のMACEおよびTrueQuantを用いた遺伝子型決定

表題のビデオプレゼンテーションを下の画像をクリックすることによりご覧いただけます。

MACEおよびTrueQuantを用いた遺伝子型決定動画 MACEキット

MACEを用いた20Mシークエンシングリード実施例。対立遺伝子が明確に示された。

20Mシークエンシングリード実施例

MEMO MACE, TrueQuantおよびTranSNIptomicsとは

MACE Kitの特長

  • 低発現率の転写因子やレセプターなどの転写産物を正確に解析できます。
  • 独自の定量技術TrueQuantにより,PCR由来のバイアスの影響を回避できます。
  • 高いシークエンスカバレッジにより信頼性の高いSNP検出および遺伝子型解析が行えます。
  • 数百試料のハイスループットな同時解析が可能です。
  • 頻出タグはコンティグとしてアライメントでき,全タグにアノテーションが付けられてデータベースに入力およびカウントされ,SNP(一塩基多型:Single Nucleotide Polymorphism)が同定できます。
  • MACEは,1コピーの転写物あたり1分子の配列のみが読み取られるため,全長RNA-Seqと比べて短いものや低コピーの転写物を10~20倍低いシーケンス深度で同定でき,また鎖長の正規化も不要となるなどの様々な優位性を有します。
  • イルミナのMiSeq(6 MACEライブラリー)用(#16046.1)およびHiSeq/NextSeq(24 MACEライブラリー)用(#160424.1)キットがあります。
  • HiSeq/NextSeq を4キット使用して96 MACE同時解析を行う場合には,別売りのバーコードを含むAdditional adapter set (#160424.3)を併せてご購入下さい。

MACE Kitの適用

  • 対立遺伝子の特異的発現(ASE:Allele Specific Expression)解析
  • 高精度医療研究
  • 植物育種研究
  • 選択的ポリアデニル化(APA:Alternative Poly-Adenylation)解析

MACE Kitの操作方法概略

  1. cDNAの合成
  2. cDNAの精製とプール
  3. cDNAの断片化
  4. ビーズの洗浄
  5. 3’末端の修復
  6. アダプターのライゲーション
  7. ビーズの洗浄
  8. PCRによる増幅
  9. ビーズの洗浄

MACE Kitのキット内容

操作 キットコンポーネント
For all reactions ・Nuclease-free water
・TE buffer
First strand reaction ・Oligo ID 1, 2, 3, 4, 5, 6
・Solution 1
・Enzyme mix 1/2
Second strand reaction ・Solution 2/3/4
・Enzyme mix 3/4/5
End repair ・Solution 5
・Enzyme mix 6
Ligation ・MACE adapter
・Enzyme mix 7
PCR amplification ・Solution 7
・Enzyme mix 8

MACE Kitの種類と価格

[在庫・価格 : 2017年08月17日 18時50分 現在]
メーカー 商品コード 商品名 包装 価格 在庫 リスト
GXPジェンエックスプロ
GenXPro GmbH

データシート

16046.1

MACE kit (6 reactions)

1kit

\97,000
(未発注)
追加
GXPジェンエックスプロ
GenXPro GmbH

データシート

160424.1

MACE kit (24 reactions)

1kit

\330,000
(未発注)
追加
GXPジェンエックスプロ
GenXPro GmbH

160424.3

Additional adapter set

1set

\40,000
(未発注)
追加
[在庫・価格 : 2017年08月17日 18時50分 現在]
メーカー 商品コード 商品名 包装 価格 在庫 リスト
GXPジェンエックスプロ
GenXPro GmbH

16046.1

MACE kit (6 reactions)

1kit

\97,000
(未発注)
追加
説明文

MACE (massive analysis of cDNA End) kit はmRNAの3'末端構造解析に特化した次世代RNA-Seqライブラリーの調製キットです。イルミナ社のプラットフォームに対応しており,3' UTR配列の解析,選択的ポリアデニル化(alternative polyadenylation; APA),SNP解析,低コピー数RNAの定量などに有効です。本製品#16046.1はMiSeqに対応しています。HiSeqのご使用の場合は#160424.1をご使用下さい。

保存条件-20℃法規制等
Genbank NoGene Accession NoProtein Accession No
掲載カタログ

製品記事

MACE Kit

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GenXPro GmbH

160424.1

MACE kit (24 reactions)

1kit

\330,000
(未発注)
追加
説明文

MACE (massive analysis of cDNA End) kit はmRNAの3'末端構造解析に特化した次世代RNA-Seqライブラリーの調製キットです。イルミナ社のプラットフォームに対応しており,3' UTR配列の解析,選択的ポリアデニル化(alternative polyadenylation; APA),SNP解析,低コピー数RNAの定量などに有効です。本製品#160424.1はHiSeqに対応しています。MiSeqのご使用の場合は#16046.1をご使用下さい。

保存条件-20℃法規制等
Genbank NoGene Accession NoProtein Accession No
掲載カタログ

製品記事

MACE Kit

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GXPジェンエックスプロ
GenXPro GmbH

160424.3

Additional adapter set

1set

\40,000
(未発注)
追加
説明文

MACE kit (24 reaction; 商品コード#160424.1) を用いてHiSeqで96 reaction 同時測定するための追加アダプターセットです。

保存条件-20℃法規制等
Genbank NoGene Accession NoProtein Accession No
掲載カタログ

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