試薬記事カテゴリー

フナコシ(株)
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[掲載日情報:2017/07/03 現在]

メチル化DNAやアセチル化/メチル化/リン酸化ヒストンなどの研究に! エピジェネティクスカタログ -メチル化DNA・ヒストン・ChIP解析など-


エピジェネティクスとは,DNAの塩基配列によらない遺伝子発現制御に関わる機構で,遺伝子の発現やDNAの複製,組換えなど様々な生命現象に関与しています。エピジェネティクスには,DNAのメチル化(メチレーション),ヒストン修飾,クロマチン再構成,ノンコーディングRNAによる制御が関わっています。エピジェネティックな制御に変異が起こると,がんや神経変性疾患,発生学的異常を引き起こす可能性が示唆されています。
エピジェネティクスカタログ メチル化DNA,アセチル化ヒストンなどの研究に!
ZYRサンプルモニターキャンペーン
エピジェネティクスカタログ メチル化DNA,アセチル化ヒストンなどの研究に! メチル化/ヒドロキシメチル化DNA/メチル化RNA
メチル化DNA/RNAに関連する研究用製品・受託サービスをご紹介します。
メチル化DNA関連製品の詳細
5-hmC関連製品の詳細
5-fC定量キットの詳細
メチル化RNA関連製品の詳細


エピジェネティクスカタログ メチル化DNA,アセチル化ヒストンなどの研究に! ヒストン修飾
各種修飾ヒストン(アセチル化,メチル化,リン酸化)やヒストン修飾に関わるタンパク質(Histone Acetyltransferase, Histone Deacetylase, Bromodomainなど)に関する製品をご紹介します。
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エピジェネティクスカタログ タンパク質-DNA相互作用やChIPについて DNA/ヒストン免疫沈降・ChIP
核抽出物の精製,メチル化DNA/修飾ヒストン/クロマチン免疫沈降(ChIP)などに関連する製品をご紹介します。
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エピジェネティクスカタログ エピジェネティクス研究用抗体のイメージ図 エピジェネティクス研究用抗体
メチル化/ヒドロキシメチル化DNAや修飾ヒストン,およびそれら修飾に関わるタンパク質の検出・免疫沈降などに有用な各種抗体をご紹介しています。
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エピジェネティクスカタログ NGSイメージ 次世代シークエンス(NGS)用ライブラリー構築キット
DNAメチル化研究にも利用可能な次世代シークエンス用ライブラリー構築キットをご紹介します。
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エピジェネティクスカタログ 受託サービスイメージ図 受託サービス
各種メチル化解析受託サービス,創薬支援サービスがあります。メチル化サービスはフローチャートからご希望のサービスをお調べいただけます。
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エピジェネティクスカタログEpisonicの画像 超音波破砕装置
次世代ChIPアッセイ,次世代シークエンシング用のクロマチン/DNAせん断などの幅広い用途に使用できる破砕装置です。
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エピジェネティクスカタログ メチル化DNA,アセチル化ヒストンなどの研究に! その他オススメ製品 Direct-Zol
フェノール溶解液をそのままカラム精製できるRNA精製キットです。Small RNA・miRNAを含む幅広いサイズのRNA精製や,メチル化解析用RNAの精製などに最適です。
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製品掲載誌のご紹介

アオリ文 タイトル

実験医学別冊エピジェネティクス実験スタンダード(羊土社)にて
Zymo Research社 EZ DNA Methylation Kitが掲載されました


(株) 羊土社 実験医学別冊 エピジェネティクス実験スタンダード
もう悩まない! ゲノム機能制御の読み解き方 >>>http://bit.ly/2trIIzN

  
掲載
ページ
タイトル紹介製品
37領域特異的バイサルファイト
シークエンシング
EZ DNA Methylation Kit (#D5001)
45メチル化特異的PCR法EZ DNA Methylation Kit(#D5002)
77MassARRAYを用いたメチル化解析EZ DNA Methylation Kit
119Infiniumを用いたメチル化解析EZ DNA Methylation Kit
131PBAT法によるメチローム解析EZ DNA Methylation-Gold Kit (#D5005)

注目の新製品

    • 製品名
    • 備考
    • 詳細
    • Anti-Histone PTM Site Specific Antibody
    • ユニークなヒストンの翻訳後修飾(Post-translational Modification:PTM)に対する特異的抗体をご紹介いたします。リシンのacetyl化(Kac), methyl化(Kme), butyryl化(Kbu), propionyl化(Kpro) succinyl化(Ksucc),crotonyl化(Kcr), β-hydroxybutyryl化(Kbhb), 2-hydroxyisobutyryl化(Khib)などさまざまな翻訳後修飾対する特異的抗体があります。
    • 詳細

フナコシニュース連載企画 「FRONTIERS」 EpiGentek Group社の紹介

アオリ文 タイトルFrontiers_EPG

Epigentek Group Inc. は,2005 年に米国ニューヨーク州に設立された,エピジェネティクス研究用試薬の開発やサービスを提供しているメーカーです。今回は同社のWilliam Lee 氏(VP.Operation)に,同社の歴史や主力製品についてお話を伺いました。
詳細はこちらをご覧下さい。

PDF版カタログ

DNAメチル化研究用製品カタログ
(5-mC・5-hmC)

エピジェネティクス研究用製品カタログ(ChIP・MeDIP編)

メチル化DNA,アセチル化ヒストンなどの研究に! エピジェネティクスカタログ
メチル化DNA,アセチル化ヒストンなどの研究に! エピジェネティクスカタログ
DNAメチル化解析用の各種製品を,手法ごとにまとめてご紹介しています。A4版 12ページ [日本語カタログ] クロマチン免疫沈降法(ChIP) 用の細胞破砕装置・アッセイキット・抗体・クロマチン抽出キットに併せて,MeDIP / hMeDIPキットをご紹介しています。A4版 12ページ [日本語カタログ]

ZYMO RESEARCH社 2017-2018カタログ

ZYMO RESEARCH社 エピジェネティクス関連解析受託サービス

5-mC & 5-hmC Sequencing エピジェネティクスカタログ -メチル化DNA・ヒストン・ChIP解析など-
5-mC & 5-hmC Sequencing エピジェネティクスカタログ -メチル化DNA・ヒストン・ChIP解析など-
ZYMO RESEARCH社のエピジェネティクス研究用製品,核酸抽出キットなどをご紹介したカタログです。11.8 MB [英語版カタログ] ZYMO RESEARCH社のエピジェネティクス解析関連受託サービスをまとめてご紹介したチラシです。3.59 MB [英語版カタログ]

ZYMO RESEARCH社 ニュースレターPeanuts

フナコシ エピジェネティクス解析受託サービス

5-mC & 5-hmC Sequencing エピジェネティクスカタログ -メチル化DNA・ヒストン・ChIP解析など-
5-mC & 5-hmC Sequencing エピジェネティクスカタログ -メチル化DNA・ヒストン・ChIP解析など-
エピジェネティクスの基礎知識や関連製品について特集された,Zymo Research社ニュースレターです。2.64 MB [英語版カタログ] DNAやRNAメチル化など,あらゆる解析手法に対応した受託サービスをご提供します。314 KB [日本語版フライヤー]

Novus Biologicals社 エピジェネティクス研究用抗体

GeneTex社 エピジェネティクス研究用抗体

Novus Biologicals社エピジェネティクス研究用抗体
GeneTex社エピジェネティクス研究用抗体
エピジェネティクス研究用の抗体について多数ご紹介しています。 GeneTex社のエピジェネティクス研究用抗体をご紹介しています。0.9 MB [英語版カタログ]

GeneTex社 ヒストン研究用抗体

Novus Biologicals社 ヒストンH3/H4修飾マップ

GeneTex社 ヒストン研究用抗体
Novus Biologicals社 ヒストンH3/H4修飾マップ
GeneTex社のヒストン研究用抗体をご紹介しています。3.3 MB [英語版カタログ] エピジェネティクス研究用の抗体について多数ご紹介しています。7.8 MB [英語版カタログ]

その他関連カタログ

フェノール溶解液を,そのままカラム精製できるRNA抽出・精製キット Direct-Zol

核酸精製・DNAメチル化検出キットサンプルモニター

フェノール溶解液を,そのままカラム精製できるRNA抽出・精製キット

酸性グアニジン・フェノール試薬で試料を溶解後,溶解液をそのままスピンカラムにアプライすることにより,高品質かつ高濃度のtotal RNAを迅速かつ効率的に抽出・精製できるキットです。 (A4 2ページ 日本語版フライヤー)

[ZYR]核酸精製・DNAメチル化検出キットサンプルモニター

核酸精製・DNAメチル化検出キットの小包装のサンプルをご提供いたします。是非この機会をご利用下さい。
サンプル在庫がなくなり次第終了いたします。あらかじめご了承下さい。

エピジェネティクス用語解説

DNAのメチル化/ヒドロキシメチル化(5-mC, 5-hmC)

■ DNAのメチル化(メチレーション)

DNAは,DNAメチルトランスフェラーゼと呼ばれる酵素の働きによって,5’-CG-3’のシトシン基(CpG)がメチル化されます。DNAのメチル化によって,遺伝子の発現や細胞の分化,発生といった様々な細胞内の働きを制御しています。また,DNAのメチル化は様々な疾患のバイオマーカーとしても注目されています。

■ 5-ヒドロキシメチルシトシン(5-hmC)

5-ヒドロキシメチル化シトシン(5-hmC)は,様々な生物種に存在するシトシン修飾体の一つで,ヒトやマウスの神経組織では高レベルでその存在が確認されています。幹細胞の自己複製,がんの発症や進行,神経疾患など多くの分野においてエピジェネティックな潜在因子として注目を集めています。ここ数年,DNAのヒドロキシメチル化についての研究が行われてきましたが,その生物学的な役割については未だ不明な点が多く残されています。
“6種類目の塩基”と考えられている5-hmCは,DNA脱メチル化経路において中間体としての役割を担っていると推測されていますが,それ自体が新たなエピジェネティックな調節を担っている可能性があります。

ヒドロキシメチル化DNAの研究に!エピジェネティクスカタログ 5-hmC
カテゴリ因子名
DNAメチル基転移酵素 Dnmt1
Dnmt3a
Dnmt3b
メチル化DNA結合タンパク質
MBD(Methyl-CpG binding protein)タンパク質ファミリー
MeCP2
Mbd3
Mbd1
Mbd4
Mbd2
メチル化DNA結合タンパク質
メチル化DNA結合Znフィンガータンパク質ファミリー
Kaiso
Zbtb38
Zbtb4
Zfp57
DNA脱メチル化酵素 TET (Ten-Eleven Translocation)
IDH1/2

DNAメチル化/脱メチル化に関わる因子

物質名CAS No
5-アザシチジン(5-Azacytidine)320-67-2
ゼブラリン(Zebularine)3690/10/6
RG-10848208-26-0

DNAメチルトランスフェラーゼ(DNMT)阻害物質

■ TET(Ten-Eleven Translocation)

TET(Ten-Eleven Translocation)はエピジェネティクス研究における新しい因子で,5-mCを5-hmCへ変換する反応を触媒します。TET1/TET2はES細胞で,TET3は卵細胞で高発現しており,転写調節において重要な役割を果たしていると考えられています。

2009年に,TET1(Ten-eleven translocation 1)タンパク質が,DNAの脱メチル化に関与している可能性がある因子として同定されました。5-メチル化シトシン(5-mC)の脱メチル化において,中間体として5-ヒドロキシメチル化シトシン(5-hmC)を経由すると考えられており,TET1は5-mCを5-hmCに酸化する反応を触媒します。TET1は最初,急性骨髄性白血病に関与する遺伝子転座から発見されました。TET1の変異は様々な悪性腫瘍や発達障害に関与していると考えられています。また胚性幹細胞において,多能性に関わる因子のプロモーターを脱メチル化することで,多能性の維持にも関与しているという報告もあります。

DNA脱メチル化関連タンパク質TET1に対する抗体 抗TET1抗体

RNAのメチル化

RNAのメチル化はmRNA, tRNA, miRNAなどの様々なRNA種の中で起こると考えられています。翻訳後修飾としてこのRNAのメチル化は,エピジェネティクス機構において重要な役割があると考えられています。N6-メチルアデノシトシン(m6A)が様々なRNA種の中で最も共有した豊富なメチル化修飾として知られています。また,5-メチルシトシン(5-mC)のメチル化も様々なRNA種に共通して見られます。最近の研究では,m6Aや5-mCのRNAメチル化がRNAの安定性やmRNAの翻訳のような様々な過程の制御に影響を与えていることや,RNAのメチル化の異常が疾患の原因となっていることが示唆されています。

参考文献

  1. Mapping recently identified nucleotide variants in the genome and transcriptome, Chun-Xiao Song, Chengqi Yi & Chuan He, Nature Biotechnology, 30, 1107~1116 (2012). [PMID: 23138310]
  2. N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability, Wang X, et. al., Nature, 505 (7481), 117~120(2014). [PMID: 24284625]
  3. Long non-coding RNAs as targets for cytosine methylation, Amort T, et. al., RNA Biology, 10(6), 1003~1008(2013). [PMID: 23595112]

ヒストン修飾

ヒストンは,DNA 鎖が巻きつくコイルのような形状をした,染色体の主要なタンパク質成分です。 ヌクレオソームには4種類のコアヒストン(H2A, H2B, H3, H4)が含まれ,クロマチンの主要な 構成要素になっています。コアヒストンのN末端は,細胞のシグナル刺激に応答してアセチル化/脱アセチル化, リン酸化,メチル化など様々な転写後修飾を受け,遺伝子発現に直接影響を与えます。

■ ブロモドメインとは

ブロモドメインはヒストンのアセチル化リジンを認識し,制御タンパク質を集めてクロマチン構造や遺伝子発現を制御する機能が知られているタンパク質ドメインです。

■ ヒストン脱アセチル化酵素(HDACs)とは

ヒストン脱アセチル化酵素(HDACs)は,ヒストンのε-N- アセチルリジン残基からアセチル基を除去するタンパク質です。ヒストンのアセチル化/脱アセチル化は遺伝子発現の亢進/抑制に強く相関しています。

■ ヒストンアセチルトランスフェラーゼ(HAT)とは

ヒストンアセチルトランスフェラーゼ(HAT)は,ヒストンのN末端にあるリジン残基へアセチル基を付加する酵素で,遺伝子調節,DNA合成および修復を含む数多くの細胞機能に関与しています。

■ ヒストン脱メチル化酵素とは

ヒストンのリジン残基のメチル化は重要なエピジェネティックな制御機構のひとつです。特にヒストンH3の27番目のリジン残基(H3K27)はゲノムの抑制領域との関連で注目されています。当初H3K27のメチル化は不可逆反応と考えられていましたが,その後多くの脱メチル化酵素が発見されたことにより,H3K27の脱メチル化がヒストン動態で重要であると考えられるようになりました。現在までにH3K27特異的ヒストン脱メチル化酵素(JMJD3(KDM6B)およびUTX(KDM6A))などが同定されており,これらは,がん遺伝子との関連も明らかになっています。例えば前立腺がんでのJMJD3の遺伝子増幅,腎臓がんや多発性骨髄腫など複数のがんにおけるUTX遺伝子変異の報告があります。JMJD3 / UTX活性の測定や阻害物質の発見は,エピジェネティックな遺伝子の活性化/不活性化の制御機構の解明や,がんの診断,治療への応用に重要であると考えられます。

■ SIRTとは

SIRT(Sirtuin)は,クラスⅢHDAC(ヒストン脱アセチル化酵素)に属するトリコスタチンA非感受性のリジン脱アセチル化酵素で,NAD+依存的にタンパク質のリジン残基を脱アセチル化します。ヒトでは7種類のSIRT(SIRT1~SIRT7)が存在することがわかっています。

■ EZH2(Enhanced of Zeste Homolog 2)とは

ヒストンメチル基転移酵素であるEZH2は,EED,SUZ12,RbAp48,AEBP2とともにポリコーム抑制複合体2(PRC2)を形成し,ヒストンH3の27番目のリジン(H3K27)をジメチル化およびトリメチル化することによって,遺伝子転写を抑制します。EZH2の過剰発現は,様々な固形腫瘍形成に関与しているとされています。 近年では,EZH2変異体Y641F/N/S/H/Cがリンパ腫に存在し,この変異によるH3K27のトリメチル化が亢進していることが報告されています。

■ JMJD2Aとは

JMJD2Aは,ヒストン脱メチル化酵素の一群JMJD2クラスに属するタンパク質で,ヒストン脱メチル化ドメインJmjN,JmjCに加え,2つのPHDフィンガー,2つのTudorドメインから構成されます。
JMJD2Aは,クラスⅠヒストン脱アセチル化酵素およびpRbと複合体を形成し,転写抑制を引き起こします。 この複合体中のJMJD2AのTudorドメインにより,H3K4メチル化状態のクロマチンへと複合体が選択的にリクルートされます。

■ BRG1とは

SWI / SNFファミリーはヒストンとDNAの結合性を変化させるATP依存性のクロマチン再構成因子です。哺乳動物のSWI / SNFは,1.5 MDaを超える大きな複合体を形成しており,BRG1は触媒サブユニットとしてこの複合体に含まれています。BRG1は,中心的な触媒活性を担うsnf2 helicase様ドメインに加え,ヒストンのアセチル化残基に結合するブロモドメインをC末端領域に有しており,このBRG1ブロモドメインの結合活性は,通常のBETファミリーブロモドメイン阻害物質では阻害されないことが知られています。また,SWI / SNF複合体に含まれるいくつかのサブユニットはがん抑制活性を示し,非小細胞肺がんの多くの症例においてBRG1の変異や発現欠損が報告されています。

■ LSD1とは

LSD1(lysine-specific demethylase1)は,ヒストン H3 のメチル化またはジメチル化されたリジンから,特異的にメチル基を除去するクロマチン修飾酵素の1 つです。創薬ターゲットの候補因子として注目されています。

クロマチンモジュレーター

細胞ごとにクロマチンの状態は,さまざまな修飾によって制御されています。修飾を担う酵素“Writer”,修飾されたタンパク質を認識する酵素“Reader”,脱修飾する酵素“Eracer”が関与し,細胞の分化・発達を調節しています。

クロマチンモジュレーター

クロマチンのアクセシビリティ

クロマチンにおける遺伝子調節エレメントのアクセシビリティは,様々な遺伝子制御において重要です。 遺伝子調節エレメントが被覆されたヌクレオソームは,DNAへの転写因子のリクルートを阻害します。 ヌクレオソームは,DNA約147塩基がヒストンオクタマーに巻きついた構造物で,クロマチンの基本ユニットです。
クロマチンと転写因子の相互作用に関する機能解析をする上では,ゲノムに配位されたヌクレオソームについてクロマチンアクセシビリティをマッピング解析することが重要です。概して,転写因子やDNA結合タンパク質のDNAへのアクセシビリティはクロマチンの状態に依存し,遺伝子の転写活性に影響をおよぼします。 近年,DNAのメチル化修飾により,ヌクレオソーム構造をコンパクトに圧縮させることが報告されています。また,ヌクレオソームの配位の仕方により,DNAのメチル化パターンが変化することも明らかになっています。このことから,DNAメチル化修飾とヌクレオソームの配位の情報を,同一のDNA分子から得ることは,遺伝子発現を調節するクロマチンアクセシビリティの理解を深めることに繋がります。

お役立ち情報(外部リンク)

ZYMO RESEARCH社やEpigentek Group社では,エピジェネティクス研究に関連する製品や,文献情報を豊富に取り揃えています。下記の画像をクリックすると該当ページへと移動することができます。

メチル化DNA,アセチル化ヒストンなどの研究に! エピジェネティクスカタログ Epigenetics Overview (ZYMO RESEARCH)
Zymo Research understands the need for high-quality and reliable products for epigenetics research, and we offer an extensive and continually growing line of products, kits, and genome-wide services to facilitate investigations into epigenetic regulation of cellular processes. We are committed to continue meeting the needs of epigenetic researchers into the future.
メチル化DNA,アセチル化ヒストンなどの研究に! エピジェネティクスカタログ Epi Beat (ZYMO RESEARCH)
EpiBeat is a new epigenetics resource and community for you to stay up-to-date and join the conversation on the rapidly expanding field of epigenetics. Here, you can read and discuss summaries of some of our favorite new epigenetic publications, each presented succinctly so you can keep current with the literature without having to read every paper in detail.
メチル化DNA,アセチル化ヒストンなどの研究に! エピジェネティクスカタログ What Is Epigenetics? (Epigentek Group)
What Is Epigenetics is an educational website devoted to learning about the field of epigenetics and the news, publications, and technologies associated with it. Learn about: DNA Methylation, Chromatin Remodeling, Histone Modification, Non-coding RNA.
メチル化DNA,アセチル化ヒストンなどの研究に! エピジェネティクスカタログ Histone Post translational Modification chart (Rockland)
Post translational modifications (PTM) like methylation, acetylation and phosphorylation of histones are key components in the regulation of gene expression regulation, DNA repair, chromosome condensation and spermatogenesis. Many proteins have been identified to form complexes that function to regulate of the modification of histones. A list of known Histone PTM’s is shown in attached PDF.

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