メチル化特異的（Methylation-specific ： MS）PCRとは，メチル化配列と非メチル化配列（シトシンをウラシルに置換したもの）のそれぞれに特異的なプライマーを用意し，試料の増幅の有無によりメチル化DNAを検出する手法です。
多くの遺伝子の転写調節領域にはグアニンの 5' 側にシトシンが並んだ配列（CG）が存在しており，このような配列の多い領域は CpG アイランドと呼ばれています。CpG アイランドのメチル化は遺伝子の転写調節と関連しており，癌抑制遺伝子のメチル化による転写不活性化が癌細胞の不死化に関与していると考えられています。

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