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（株）RNAi
アールエヌエーアイ / （株）RNAi
[掲載日情報：2008/03/31 現在]

株式会社 RNAi／siRNA・キメラ型RNAi 配列設計システム 創薬・診断研究用siDirect(R)

創薬・診断研究用siDirect(R)は東京大学西郷薫教授，程久美子准教授，森下真一教授等の基礎研究成果1），2），3）に基づき開発された，遺伝子発現抑制効果が高く，非標的遺伝子に対するオフターゲット作用の防止と共に，標的遺伝子の二次構造，non-coding RNA に対するオフターゲット作用，siRNA のmiRNA 様挙動を考慮した，創薬・診断研究に適したsiRNA の配列設計システムです。

特長

基礎研究から創薬・診断マーカー探索研究において多くの研究者を悩ませてきた
  • 細胞実験に10nM 以上の高濃度siRNA を用いている
  • 非標的遺伝子への副作用が気になる
  • 適切なネガティブコントロール配列を選択できない
  • バリデーション済みsiRNA の副作用が分からない
  • non-cording RNA への影響は不明である
  • siRNA のmiRNA 様挙動は考慮できない
  • アレル遺伝子，疾患関連遺伝子と正常遺伝子の配列が類似していて配列設計できない
  • siRNA は動物実験・創薬には不適当だ
  • 網羅的研究にsiRNA は高価すぎる
  • BLAST では短鎖配列の特許検索はできない
  • RNAi 実験の方法が分からない
等の多様な問題の解決策を提供いたします。株式会社RNAi のホームページをご利用下さい。

キメラ型RNAi

キメラ型 RNAi は東京大学西郷薫教授，程久美子准教授等の研究成果4）であり，siRNA の弱点を克服した二本鎖 RNA/DNA です。キメラ型 RNAi は，血中安定性が siRNA に比べ二桁向上（株式会社RNAi 実験比），代謝産物が天然物，医薬品とする際の製造コストが半減，特許が成立済み等の動物実験，創薬に適した特長を有しています。
創薬・診断研究用siDirect<sup>(R)</sup>
キメラ型RNAi とは，上記のようにsiRNA の一部をDNA に変えたものです。大文字（黒）の部分が通常のsiRNA 配列，小文字部分（赤）をDNA に入れ替えるとキメラ型RNAi の配列になります。

参考文献

  1. Yuki Naito, et al., Nucleic Acids Res., 32（ Web Server issue），W124 〜 W129（2004）
  2. Kumiko Ui-Tei, et al., Nucleic Acids Res., 32 , 936 〜 48（2004）．
  3. Tomoyuki Yamada, et al., Bioinformatics , 21, 1316 〜 1324（2005）
  4. Kumiko Ui-Tei, et al., Nucleic Acids Res., Advanced AccessFeb. 11（2008）．

siRNA 配列検索方法（siDirect(R)アカデミック版の場合）

※大学・官公庁にご所属の方は，株式会社RNAi のホームページから利用者登録をすることによりアカデミック版を無料でご利用いただけます。
※企業・営利団体にご所属の方は，アカデミック版をご利用いただけません。企業・営利団体向けの創薬・診断研究用siDirect(R)商用版をご利用になる場合は，ライセンス契約を締結していただく必要があります。商用版にはnon-cording RNA，miRNA 様オフターゲット，アレル遺伝子のような類似配列の遺伝子抑制などの高度な機能を実装しています。詳細はお問い合わせ下さい。
  1. siDirect(R) ホームページ上に標的遺伝子のAccession Number を入力して下さい。“配列取得”ボタンを押して標的遺伝子の塩基配列を表示させて下さい。
    ※Accession Number が分からない場合には，NCBI ホームページでお調べ下さい。
    ※GenBank に登録されていない未公開の遺伝子については，塩基配列を直接入力して下さい。
  2. オフターゲット検索を行う生物種を選択の上，“設計”ボタンを押して検索して下さい。
  3. オフターゲット効果を考慮して選抜した候補配列（検索結果画面上）と候補配列の位置（検索結果画面下）が色別で表示されます。特異性の高い候補配列は，より濃い色で表示されます。
  4. 各候補配列をクリックすると，選択した配列に部分的に一致した配列を含む遺伝子の一覧が表示されます。
  5. 部分的に一致した配列がより少ない候補配列を選択して下さい。選択方法の詳細については上記参考文献をご参照下さい。

お問い合わせ先（受託・特注品業務担当）

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