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BioDynamics Laboratory Inc.(株式会社バイオダイナミクス研究所)
バイオダイナミクス / BioDynamics Laboratory Inc.(株式会社バイオダイナミクス研究所)
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[掲載日情報:2013/10/03 現在]

大腸菌ゲノムのコンタミネーションが検出限界以下のPfu DNAポリメラーゼ Pfu DNA polymerase, UltraPure

高いFidelity(正確性)を必要とするPCR反応に広く使用されているPfu DNA polymeraseは,Pyrococcus furiosus由来の耐熱性DNA polymeraseです。 3'→5'エキソヌクレアーゼ活性による高い校正活性を有しています。
しかし,PCR酵素のFidelityは,バッファー条件によって容易に変動することが知られています。本製品のPfu DNA polymeraseは,各ロット毎に添付の反応BufferとdNTPを用いてFidelityを検定し,Taq DNA polymeraseの10倍以上であることを確認しています。
また,PCR酵素へのホスト大腸菌ゲノムのコンタミネーションが,しばしば実験を混乱させる要因になることが報告されています。本製品は高度に精製されており,発現宿主である大腸菌ゲノムDNAは検出されません。

Pfu DNAポリメラーゼ(Pfu DNA Polymerase)の特長

  • 高いをFidelityを要求するPCR反応に適しています。
  • 添付の酵素と10 × Reaction Buffer,dNTPの組み合わせで各ロット毎のPCR反応における増幅能を確認しています(図1参照)。
  • ホストである大腸菌ゲノムのコンタミネーションは,現在のBioDynamics Laboratory社の検定基準の下限値である0.05分子/unit未満を保証しています(図2及び図3参照)。
大腸菌ゲノムのコンタミネーションが検出限界以下のPfu DNAポリメラーゼ Pfu DNA polymerase, UltraPure

図1: 本製品を用いて,λDNAを鋳型として種々のサイズのDNA断片を増幅した結果
0.8%アガロースゲル電気泳動。分子量マーカーは,Dynamaker DNA High D (#DM112)

大腸菌ゲノムのコンタミネーションが検出限界以下のPfu DNAポリメラーゼ Pfu DNA polymerase, UltraPure

図2: 本製品とA社製品のDNA polymerase中の大腸菌ゲノムのコンタミネーションの比較
各1 unit酵素中の大腸菌16S rRNA領域を40サイクルの高感度のPCR反応にて増幅した結果。矢印は大腸菌16S rRNA領域からの増幅断片(366 bp)の位置を示す。A社製品のPfu DNA polymeraseとすべてのPfu関連製品から,大腸菌ゲノムが検出されていることがわかる。”Native”はPyrococcus furiosusより精製されたものであるが,検出された増幅断片をTAクローニングし,シークエンスを行った結果,Pyrococcus由来ではなく大腸菌由来のrRNAであることが確認された。精製過程で汚染されたものと思われる。
3.5%アガロースゲル電気泳動。分子量マーカーは,DynaMarker DNA Low D (#DM112)

大腸菌ゲノムのコンタミネーション検定法

各製品ロット毎のコンタミネーションを,direct PCR法により高感度に検定しています。このアッセイ法では,大腸菌ゲノムを1分子まで検出可能です。
大腸菌ゲノムのコンタミネーションが検出限界以下のPfu DNAポリメラーゼ Pfu DNA polymerase, UltraPure

図3: 大腸菌ゲノムのコンタミネーションの検定

1 unitのPfu DNA polymeraseに,外部から量の異なる大腸菌ゲノム(0分子~1分子)を添加し,大腸菌16S rRNA領域検出用プライマーを用いて40 サイクルの direct PCRを行った。矢印で示した位置に,大腸菌16S rRNA領域由来のバンド(366 bp)が検出された。外部から添加した大腸菌ゲノムの平均分子数は,0分子~1分子と少ないことから各チューブの中にゲノムが存在する確率(0分子, 1分子, 2分子, 3分子…)は,ポアソン分布に従っている。40バッチ中何個のバッチで大腸菌ゲノムが検出されるかは,理論値として右端に示している。実際の実測値は,右から2列目に示している。これら実測値は,理論値に近く,本方法で1分子の大腸菌ゲノムが,検出できていることを示している。また,外部から大腸菌ゲノムを添加していない場合では,40バッチの検定でもバンドが検出されていない。このことから,大腸菌ゲノムのコンタミネーションは,1 unitあたり0.05分子未満(理論値1.95バッチ未満)であることがわかる。

[在庫・価格 : 2018年01月19日 10時50分 現在]
メーカー 商品コード 商品名 包装 価格 在庫 リスト
BDLバイオダイナミクス
BioDynamics Laboratory Inc.(株式会社バイオダイナミクス研究所)

データシート

DE131

Pfu DNA Polymerase, UltraPure (with dNTP)

1set

\6,2001個追加
BDLバイオダイナミクス
BioDynamics Laboratory Inc.(株式会社バイオダイナミクス研究所)

データシート

DE130

Pfu DNA Polymerase, UltraPure

1set

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説明文

大腸菌ゲノムのコンタミネーションが検出限界以下のPfu DNA ポリメラーゼ(Pfu DNA Polymerase)。セット内容:Pfu DNA polymerase (2.5 units/μl) 100 units, 10×Reaction Buffer 1000μl

保存条件-20℃法規制等
Genbank NoGene Accession NoProtein Accession No
掲載カタログ

ニュース 2014年6月15日号 p.10
ニュース 2013年12月1日号 p.40

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Pfu DNA polymerase, UltraPure

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DM112

DynaMarker, DNA Low D

1set

\15,000
キャンペーン
\10,500
2個以上追加
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メーカー 商品コード 商品名 包装 価格 在庫 リスト
BDLバイオダイナミクス
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DM112

DynaMarker, DNA Low D

1set

\15,000
キャンペーン
\10,500
2個以上追加
説明文

DNA分子量ラダーマーカー(DNA Ladder Marker)。Ready-to-LoadのDNA分子量マーカー。50~1,000 bp。6×BPB loading dye(1 ml)添付。容量:1 ml(5~10μl/lane)。容量:1 ml(5~10μl/lane)

保存条件-20℃法規制等
Genbank NoGene Accession NoProtein Accession No
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DynaMarker DNA Ladder Marker
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