HOME>
受託サービス・特注品>
細胞・培養関連>
微生物の解析>
完全長16Sシークエンシング受託サービス（Zymo Research社）
HOME>
受託サービス・特注品>
ゲノミクス・エピジェネティクス>
DNAシークエンシング>
完全長16Sシークエンシング受託サービス（Zymo Research社）
HOME>
受託サービス・特注品>
試料分析>
微生物>
完全長16Sシークエンシング受託サービス（Zymo Research社）
細菌株の分類学的解析を種レベルで行えます！ 完全長16Sシークエンシング受託サービス（Zymo Research社）
掲載日情報：2024/02/29 現在Webページ番号：70858
PacBio社のロングリードシークエンシングと、バイオインフォマティクス解析によるエラー修正を組み合わせることにより、微生物叢試料（土壌、糞便など）からエラーのない完全長16S rRNA遺伝子のシークエンシングを実施し、迅速に解析結果を納品する受託サービスです。
※ Zymo Research社はPacBio社の認証サービスプロバイダーです。
※ ショートリードタイプの次世代シークエンサーを用いた微生物叢のメタゲノム解析受託サービスについては、☞ Microbiomics Serviceをご覧下さい。
※ 本製品は研究用です。研究用以外には使用できません。
追加しました。
完全長16Sシークエンシングの優位性について
ショートリードシークエンシングの問題点について
マイクロバイオーム組成プロファイリングでは、16S rRNA遺伝子の特定の可変領域を解読するターゲットシークエンシングが一般的な手法となっており、従来はショートリードシークエンスプラットフォーム（Illumina MiSeqなど）を使用していました（☞ Microbiomics Service）。しかし、ショートリードシークエンシングのリード長の制限により、解析対象は16S rRNA遺伝子中のV4、V3-V4、V1-V3、V1-V2およびV4-V5などの可変領域のうちの1つまたはいくつかに限定されるため、微生物の分類において限界がありました。
ロングリードシークエンスプラットフォームについて
ロングリードシークエンスプラットフォーム（PacBio社Sequel ⅡやOxford Nanopore Technologies社シークエンサーなど）の導入によって、完全長16S rRNA遺伝子を対象とした完全な分類解析を活用することが可能になりました。完全長16Sシークエンシングは、ロングリード技術を用いた最新の解析法です。
Zymo Research社は、PacBio社の認証サービスプロバイダーであり、PacBio社のHiFiシークエンシングとバイオインフォマティクス解析によるエラー修正（DADA2など）を組み合わせることにより、微生物叢試料（土壌や糞便など）からエラーのない完全長16Sシークエンシングを行います。
 |
|||||
 |
 |
 |
 |
 |
 |
| V1-V9 （Full-length） |
V1-V2 | V1-V3 | V3-V5 | V4 | V6-V9 |
完全長16Sシークエンシングのケーススタディ
近縁種細菌の識別におけるシークエンシング方式の比較
従来のショートリードによる可変領域（V4、V3-V4、V1-3、V4-V5）のシークエンシングが断片的な情報しか得られないのと比較して、完全長16Sシークエンシングは、16S rRNA遺伝子全体を調べることにより近縁種の識別が可能となります（下表で属名または複数種名が書かれている箇所は、それ以上の識別が不可）。
| 細菌種 | 完全長16S | ショートリード | ||
|---|---|---|---|---|
| V1-V3 | V3-V4 | V4 | ||
| Bacillus subtilis | ✔ | Bacillus mojavensis - subtilis |
Bacillus sp. | Bacillus sp. |
| Listeria monocytogenes | ✔ | ✔ | Listeria sp. | Listeria sp. |
| Enterococcus faecalis | ✔ | ✔ | ✔ | Enterococcus sp. |
| Lactobacillus fermentum | ✔ | ✔ | ✔ | ✔ |
| Escherichia coli | ✔ | ✔ | ✔ | Escherichia coli-fergusonil-vulneris |
| Salmonella enterica | ✔ | ✔ | ✔ | Enterobacteriaceae sp. |
| Psuedomonas aeruginosa | ✔ | ✔ | ✔ | Pseudimonadales sp. |
| Staphylococcus aureus | Staphilococcus argenteus-aureus |
Staphylococcus argenteus-aureus |
Staphylococcus argenteus-aureus-simiae |
Staphylococcus sp. |
| ✔ 細菌種レベルまでの完全な解析が可能 | 属レベルまたは複数種レベルまでの部分的な解析が可能 |
追加しました。
特長
- 微生物叢（Microbiome、マイクロバイオーム）標準品および、試料の前処理・保存、核酸精製、NGSライブラリーの構築の各ステップにZymoBIOMICSシリーズの高品質かつ検証済みの微生物叢研究用試薬を用いることで、バイアスや外来性DNAの混入がなく、信頼性の高い試料調製を行えます。
- 調製した試料をロングリードでシークエンシング解読後、最先端のバイオインフォマティクスで解析します。
- 論文に使用可能なデータ形式で、解析結果を納品いたします。
- 納品するレポートは、プロジェクトまたはアプリケーションに応じて完全にカスタマイズが可能です。
 |
|  |
||
| 種レベルでの分類が可能 PacBio社のHiFiシークエンシングとZymo Research社のバイオインフォマティクス解析技術を使用して、完全長16S rRNA遺伝子を解析します。 |
バイアスなしでの試料調製 Microbial Standardsを使用した厳格な品質管理による標準化された手順により、正確で信頼性の高いデータが得られます。 |
迅速な納期 完全長16Sシークエンシングの解析結果は、試料の受領後、最短で3週間で納品されます。 |
完全長16S rRNA遺伝子シークエンシング受託サービスの詳細
| シークエンシングのプラットホーム | PacBio社Sequel Ⅱe |
|---|---|
| シークエンシングの方式 | SMRT Cell 8M |
| 標的アンプリコン | 27f（AGRGTTYGATYMTGGCTCAG）と1492r（RGYTACCTTGTTACGACTT）により増幅した完全長16S rRNA遺伝子 |
| お送りいただく試料 | ゲノムDNA抽出物、または生体／環境試料 |
| DNA抽出方法 （Zymo Research社で抽出する場合） |
|
| ライブラリー調製方法 | ☞ PacBio社の推奨プロトコルを遵守 |
| 品質管理 | ポジティブコントロールとして、☞ ZymoBIOMICS Microbial Community Standard（#D6300；DNA抽出時）および☞ ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standard（#D6305；ライブラリー調製時）を品質管理に使用し、解析結果を最終プロジェクトレポートで報告します。また、ご要望に応じてDNA抽出時およびqPCR時にネガティブコントロールを用いてリアルタイムPCRでモニタリングを行うこともできます。 |
| シークエンシング解析 | DADA2を使用したアンプリコン配列バリアント（ASV；Amplicon Sequence Variant）ベースの分析を使用して、データの精度と解像度を向上させます。 |
| 参照データベース | 独自に収集したデータベースを使用。 ※ 一般に公開されているデータベース（Greengenes、UNITEなど）には、多数のエラー、一貫性のないアノテーション、質の低い配列が含まれているため。 |
| データの視覚化 |
|
| 統計データベース | LEfSe分析により、既知試料のグループ間において分布が異なる分類群／形質を明らかにします。 |
追加しました。
適用分野
以下の試料および研究分野における完全長16Sシークエンシングに有用です。
追加しました。
Zymo Research社の微生物叢プロファイリングのワークフロー
試料の採取
⇩
高分子量DNAの抽出および品質管理
⇩
完全長16S／rRNA遺伝子の増幅
⇩
SMARTbellライブラリーの構築および品質管理
⇩
PacBio Sequel Ⅱシークエンシング
⇩
データ解析および報告
追加しました。
納品されるレポートの例
完全長16S rRNAシークエンスサービスのレポートは、微生物組成プロット（棒グラフ）、微生物存在度ヒートマップ、α多様性およびβ多様性プロット、およびLEfSeとの統計的グループ比較を納品いたします。☞ サンプルレポートについてはこちらをご覧下さい。
追加しました。
ご注文方法／価格
サービスの詳細、ご注文方法については、☞ 当社受託・特注品担当までお問い合わせ下さい。なお、お送りいただく試料は、☞ DNA/RNA Shieldにより核酸の安定化およびウイルスなどの感染因子の不活性化を行っていただきます。
※ ご依頼内容に応じて個別にお見積りいたします。お気軽にお問い合わせ下さい。
 |
 |
 |
お問い合わせ | 試料送付 | 報告書の納品 |
追加しました。
関連した特集記事
追加しました。
製品情報は掲載時点のものですが、価格表内の価格については随時最新のものに更新されます。お問い合わせいただくタイミングにより製品情報・価格などは変更されている場合があります。
表示価格に、消費税等は含まれていません。一部価格が予告なく変更される場合がありますので、あらかじめご了承下さい。